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- PDB-4zlf: Cellobionic acid phosphorylase - cellobionic acid complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zlf
タイトルCellobionic acid phosphorylase - cellobionic acid complex
要素Putative b-glycan phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / (alpha/alpha)6 barrel / glycoside hydrolase family 94 / oxidative cellulose degradation system / intracellular enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


hexosyltransferase activity / cellulose catabolic process / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Cellobionic acid phosphorylase, N-terminal / : / Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyltransferase family 36 / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 36 superfamily, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 65, N-terminal domain superfamily / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4-O-beta-D-glucopyranosyl-D-gluconic acid / Putative b-glycan phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharophagus degradans 2-40 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Nam, Y.W. / Arakawa, T. / Fushinobu, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Science and Technology Research Promotion Program for Agriculture, Forestry, Fisheries and Food Industry25010A 日本
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure and Substrate Recognition of Cellobionic Acid Phosphorylase, Which Plays a Key Role in Oxidative Cellulose Degradation by Microbes.
著者: Nam, Y.W. / Nihira, T. / Arakawa, T. / Saito, Y. / Kitaoka, M. / Nakai, H. / Fushinobu, S.
#1: ジャーナル: FEBS LETT. / 年: 2013
タイトル: Discovery of cellobionic acid phosphorylase in cellulolytic bacteria and fungi
著者: Nihira, T. / Saito, Y. / Nishimoto, M. / Kitaoka, M. / Igarashi, K. / Ohtsubo, K. / Nakai, H.
履歴
登録2015年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22015年8月5日Group: Database references
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_site / struct_site_gen / Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative b-glycan phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,82910
ポリマ－89,7831
非ポリマー1,0469
水14,556808
1
A: Putative b-glycan phosphorylase
ヘテロ分子

A: Putative b-glycan phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,65920
ポリマ－179,5662
非ポリマー2,09318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_645y+1,x-1,-z1
Buried area9530 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area51030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.189, 107.189, 186.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1382-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Putative b-glycan phosphorylase / Cellobionic acid phosphorylase


分子量: 89782.922 Da / 分子数: 1 / 変異: M1G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharophagus degradans 2-40 (バクテリア)
株: 2-40 / 遺伝子: cep94B / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus / 参照: UniProt: Q21MB1, EC: 2.4.1.321
#2: 糖 ChemComp-CEZ / 4-O-beta-D-glucopyranosyl-D-gluconic acid / cellobionic acid / 4-O-beta-D-glucosyl-D-gluconic acid / 4-O-D-glucosyl-D-gluconic acid / 4-O-glucosyl-D-gluconic acid / セロビオン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 358.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H22O12

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非ポリマー , 4種, 816分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 808 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 % / 解説: hexagonal bypyramid
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate, 0.1 M Li2SO4, 0.6 M (NH3)2SO4, 5%(v/v) glycerol
PH範囲: 5.6-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月10日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 163884 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 37.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→31.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.267 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17722 8191 5 %RANDOM
Rwork0.15611 ---
obs0.15719 155047 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.972 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→31.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6228 0 65 809 7102
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0196470
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5591.9478779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.221313686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6215788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.0724.565322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.048151032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.041533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1720.2925
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0217434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0932.0323143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0762.0313142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6053.0423928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6043.0433929
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6822.3383327
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6822.3373327
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2853.3744850
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.38418.0948172
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.20717.2687694
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 613 -
Rwork0.221 11297 -
obs--99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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