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- PDB-4zk0: Psoriasis pathogenesis - Pso p27 constitute a compact structure f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zk0
タイトルPsoriasis pathogenesis - Pso p27 constitute a compact structure forming large aggregates. High pH structure
要素Serpin B4
キーワードIMMUNE SYSTEM / hydrolase inhibitor / Autoimmunity / pathogenesis / Pso p27 / Pso p27-complex / psoriasis / SCCA1 / SerpinB3
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptidase activity / autocrine signaling / positive regulation of endopeptidase activity / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of JUN kinase activity / paracrine signaling / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of proteolysis ...negative regulation of peptidase activity / autocrine signaling / positive regulation of endopeptidase activity / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of JUN kinase activity / paracrine signaling / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of proteolysis / serine-type endopeptidase inhibitor activity / azurophil granule lumen / virus receptor activity / protease binding / cytoplasmic vesicle / vesicle / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Helland, R. / Lysvand, H. / Slupphaug, G. / Iversen, O.J.
引用ジャーナル: Biochem Biophys Rep / 年: 2015
タイトル: Psoriasis pathogenesis - Pso p27 constitutes a compact structure forming large aggregates.
著者: Lysvand, H. / Helland, R. / Hagen, L. / Slupphaug, G. / Iversen, O.J.
履歴
登録2015年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serpin B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7513
ポリマ－44,6201
非ポリマー1312
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area14930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.808, 68.273, 105.773
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serpin B4 / Leupin / Peptidase inhibitor 11 / PI-11 / Squamous cell carcinoma antigen 2 / SCCA-2


分子量: 44620.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINB4, PI11, SCCA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: P29508
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 22% PEGMME 5K, 0.1 M Bicine pH 8.5, 0.06 M Zn acetate, 4.5% Hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→57.36 Å / Num. all: 20716 / Num. obs: 20716 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 29.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/av σ(I): 8.4 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZV6

2zv6


解像度: 2.15→57.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.464 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23435 1059 5.1 %RANDOM
Rwork0.17441 ---
obs0.17741 19608 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.403 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.83 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→57.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2979 0 2 111 3092
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193039
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7061.9524091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83136701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5115364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.58725.333150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.915568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2061510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5013.0151465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4993.0141464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5664.5021826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5674.5021827
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6733.5061574
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6693.5051574
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6075.0642265
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.15124.6613443
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.13924.6053429
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 74 -
Rwork0.222 1430 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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