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- PDB-4zjp: Structure of an ABC-Transporter Solute Binding Protein (SBP_IPR02... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zjp
タイトルStructure of an ABC-Transporter Solute Binding Protein (SBP_IPR025997) from Actinobacillus Succinogenes (Asuc_0197, TARGET EFI-511067) with bound beta-D-ribopyranose
要素Monosaccharide-transporting ATPase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Solute binding protein / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


monosaccharide-transporting ATPase / ABC-type monosaccharide transporter activity / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-ribopyranose / Monosaccharide-transporting ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Actinobacillus succinogenes (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Glenn, A.S. / Chamala, S. ...Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Glenn, A.S. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of an ABC-Transporter Solute Binding Protein (SBP_IPR025997) from Actinobacillus Succinogenes (Asuc_0197, TARGET EFI-511067) with bound beta-D-ribopyranose
著者: Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Glenn, A.S. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / ...著者: Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Glenn, A.S. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2015年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.d_res_low / _struct_keywords.text
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monosaccharide-transporting ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0373
ポリマ－30,8241
非ポリマー2122
水6,341352
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area540 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area11590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.261, 37.416, 48.165
Angle α, β, γ (deg.)95.200, 101.030, 97.090
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Monosaccharide-transporting ATPase


分子量: 30824.338 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-292 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacillus succinogenes (strain ATCC 55618 / 130Z) (バクテリア)
株: ATCC 55618 / 130Z / 遺伝子: Asuc_0197 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6VKT0, monosaccharide-transporting ATPase
#2: 糖 ChemComp-RIP / beta-D-ribopyranose / beta-D-ribose / D-ribose / ribose / RIBOSE(PYRANOSE FORM) / β-D-リボピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DRibpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-ribopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-RibpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein (40 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-ribose); Reservoir (22.7 %(w/v) PEG 3350, 0.1M BisTris pH 8.0); Cryoprotection (80% reservoir,20% ethylene glycol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54056 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年4月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→20 Å / Num. obs: 26483 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 15.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 2.926 / Net I/av σ(I): 39.482 / Net I/σ(I): 30 / Num. measured all: 69277
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.63-1.662.60.16512390.9520.1180.2042.89881.5
1.66-1.692.60.15912470.9490.1150.1972.87983.2
1.69-1.722.60.13513010.9660.0980.1672.72583.6
1.72-1.762.70.12112840.9740.0870.152.83485.8
1.76-1.792.70.10512780.9790.0760.132.61384.1
1.79-1.842.60.09712940.9820.0710.1212.86685.1
1.84-1.882.60.08313230.9870.060.1032.91986.1
1.88-1.932.60.07412960.9870.0540.0922.80285.3
1.93-1.992.60.0712990.9890.0510.0873.12986.4
1.99-2.052.60.06213170.990.0450.0773.04587.6
2.05-2.132.60.05613560.9920.0410.0693.06186.9
2.13-2.212.60.0513310.9930.0370.0632.98688.1
2.21-2.312.60.04713330.9930.0350.0592.95687.8
2.31-2.432.60.04313600.9940.0310.0532.68588.9
2.43-2.592.60.04313540.9950.0310.0532.7589.6
2.59-2.792.60.03913720.9950.0290.0492.62490.1
2.79-3.062.60.03913860.9950.0280.0482.72191
3.06-3.512.60.03913650.9950.0290.0482.94190.4
3.51-4.412.60.03913900.9950.0290.0483.28190.9
4.41-202.50.04213580.9940.0320.0533.86889.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DRI

2dri


解像度: 1.63→20 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 18.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1849 1289 4.87 %
Rwork0.1415 25194 -
obs0.1436 26483 86.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.54 Å2 / Biso mean: 19.9305 Å2 / Biso min: 7.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.63→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1971 0 20 352 2343
Biso mean--24.94 33.28 -
残基数----270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9532795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.057771
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.63-1.69530.22271370.1662552268980
1.6953-1.77240.21261510.15522729288084
1.7724-1.86580.20131510.14832722287385
1.8658-1.98250.19871270.14522812293986
1.9825-2.13540.18011440.14612807295187
2.1354-2.350.19421310.14672849298088
2.35-2.68930.1911200.15392924304489
2.6893-3.38540.20691660.14212894306090
3.3854-19.61170.1491620.1232905306790
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5239-0.35090.71911.6743-0.25841.9291-0.0577-0.04180.1957-0.10070.08090.1723-0.1742-0.23570.00210.11330.006-0.00250.1385-0.04060.137519.57816.883440.262
21.63710.3016-0.00873.0164-1.08872.49510.00850.06650.0005-0.14010.06630.18960.0477-0.3741-0.07580.0941-0.0097-0.00280.166-0.02150.143214.2161-0.582734.1304
32.7404-0.36851.21095.5682-3.68955.0475-0.06310.08190.0416-0.14430.17680.4168-0.1623-0.1847-0.06410.1012-0.01910.00590.1063-0.01380.095420.7028-1.017332.9879
43.36440.83672.24592.73451.81593.90090.00270.1555-0.0575-0.1887-0.12080.191-0.0505-0.17560.12180.1157-0.0108-00.1085-0.02040.094122.5014-3.194526.9342
50.2901-0.30610.78610.7823-0.82161.6352-0.03450.0320.0125-0.0119-0.0459-0.10560.00230.16890.07630.0899-0.00380.01910.1286-0.00850.117434.5797-9.919348.6633
61.0503-0.18990.43371.6654-0.48381.27920.03540.0356-0.1274-0.0321-0.00750.05710.08450.0147-0.01770.0938-0.01570.01390.1054-0.02660.112429.8843-17.36854.0956
70.61070.61390.25592.0236-1.66572.70040.0346-0.0479-0.05560.1142-0.10.0255-0.04250.0380.05840.0904-0.0280.02330.1303-0.00420.107826.6255-14.14661.052
81.47911.0258-0.58112.2059-1.12052.33260.0417-0.29060.06910.1491-0.08780.0621-0.06680.0410.04080.0964-0.01290.00360.1562-0.02650.092128.5228-4.852161.3502
91.5173-0.4571.14121.9751-1.68414.5212-0.00450.06750.18050.0289-0.0916-0.1245-0.35990.35860.11990.1003-0.06170.00640.1081-0.02540.142232.41536.352940.1478
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 53 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 78 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 79 through 92 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 93 through 111 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 112 through 158 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 159 through 202 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 203 through 226 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 227 through 258 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 259 through 292 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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