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- PDB-4ziv: Crystal structure of AcrB triple mutant in P21 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ziv
タイトルCrystal structure of AcrB triple mutant in P21 space group
要素Multidrug efflux pump subunit AcrB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / AcrB RND efflux pump / Bacterial multidrug resistance / Export mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein ...Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Ababou, A. / Koronakis, V.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Plos One / : 2016
タイトル: Structures of Gate Loop Variants of the AcrB Drug Efflux Pump Bound by Erythromycin Substrate.
著者: Ababou, A. / Koronakis, V.
履歴
登録2015年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug efflux pump subunit AcrB
B: Multidrug efflux pump subunit AcrB
C: Multidrug efflux pump subunit AcrB
D: Multidrug efflux pump subunit AcrB
E: Multidrug efflux pump subunit AcrB
F: Multidrug efflux pump subunit AcrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)683,80115
ポリマ-680,5616
非ポリマー3,2409
00
1
A: Multidrug efflux pump subunit AcrB
B: Multidrug efflux pump subunit AcrB
C: Multidrug efflux pump subunit AcrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,9308
ポリマ-340,2813
非ポリマー1,6495
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
D: Multidrug efflux pump subunit AcrB
E: Multidrug efflux pump subunit AcrB
F: Multidrug efflux pump subunit AcrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,8717
ポリマ-340,2813
非ポリマー1,5914
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.278, 157.491, 219.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B


分子量: 113426.883 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224
#2: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Ni

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.11 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→109.75 Å / Num. obs: 176847 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.7 % / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3.16→3.33 Å / 冗長度: 17.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GIF
解像度: 3.16→19.979 Å / SU ML: 0.65 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3354 8759 4.98 %
Rwork0.27 --
obs0.2732 175873 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.16→19.979 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数47523 0 213 0 47736
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01448659
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.80166079
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.30317587
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0747809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0088421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1595-3.19530.40452910.34855447X-RAY DIFFRACTION98
3.1953-3.23270.42262900.34935570X-RAY DIFFRACTION100
3.2327-3.2720.40322970.34665595X-RAY DIFFRACTION100
3.272-3.31320.42922750.33845543X-RAY DIFFRACTION100
3.3132-3.35660.36293190.31585539X-RAY DIFFRACTION100
3.3566-3.40240.41312820.32955533X-RAY DIFFRACTION100
3.4024-3.45080.42970.32135559X-RAY DIFFRACTION100
3.4508-3.5020.38222900.31065629X-RAY DIFFRACTION100
3.502-3.55640.36342820.30795518X-RAY DIFFRACTION100
3.5564-3.61440.38572990.31235528X-RAY DIFFRACTION100
3.6144-3.67630.37952770.31075560X-RAY DIFFRACTION100
3.6763-3.74280.36292890.31155574X-RAY DIFFRACTION100
3.7428-3.81430.39733000.30895579X-RAY DIFFRACTION100
3.8143-3.89160.36612930.30125571X-RAY DIFFRACTION100
3.8916-3.97550.35662860.29265589X-RAY DIFFRACTION100
3.9755-4.06730.36212980.29175535X-RAY DIFFRACTION100
4.0673-4.16810.3712840.2835603X-RAY DIFFRACTION100
4.1681-4.27970.32293080.29255556X-RAY DIFFRACTION100
4.2797-4.40430.32762840.27715541X-RAY DIFFRACTION100
4.4043-4.54490.36742870.28025597X-RAY DIFFRACTION100
4.5449-4.70530.35343040.28495558X-RAY DIFFRACTION100
4.7053-4.8910.33892930.27715583X-RAY DIFFRACTION100
4.891-5.11010.34922930.26235607X-RAY DIFFRACTION100
5.1101-5.37450.32582910.2665543X-RAY DIFFRACTION100
5.3745-5.70390.34872860.26395612X-RAY DIFFRACTION100
5.7039-6.13250.34842960.25355622X-RAY DIFFRACTION100
6.1325-6.72810.30963030.24065585X-RAY DIFFRACTION100
6.7281-7.65340.28052890.21775638X-RAY DIFFRACTION100
7.6534-9.46850.2222960.18965652X-RAY DIFFRACTION100
9.4685-19.97920.30092800.23865548X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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