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- PDB-4zig: Crystal Structure of core/latch dimer of Bax in complex with BidB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zig
タイトルCrystal Structure of core/latch dimer of Bax in complex with BidBH3mini
要素
  • Apoptosis regulator BAX
  • BH3-interacting domain death agonist
キーワードAPOPTOSIS / Bax / BH3 domain / Structural Genomics / The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / positive regulation of reproductive process / T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of motor neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization ...cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / positive regulation of reproductive process / T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of motor neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Activation, translocation and oligomerization of BAX / spermatid differentiation / Activation and oligomerization of BAK protein / Sertoli cell proliferation / NTRK3 as a dependence receptor / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / development of animal secondary sexual characteristics / positive regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / B cell homeostatic proliferation / glycosphingolipid metabolic process / apoptotic process involved in mammary gland involution / retinal cell programmed cell death / B cell negative selection / BAK complex / positive regulation of fibroblast apoptotic process / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / mitochondrial permeability transition pore complex / Release of apoptotic factors from the mitochondria / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / Transcriptional regulation by RUNX2 / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / regulation of nitrogen utilization / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / B cell apoptotic process / regulation of epithelial cell proliferation / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / establishment of protein localization to membrane / calcium ion transport into cytosol / death receptor binding / fertilization / epithelial cell apoptotic process / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / motor neuron apoptotic process / myeloid cell homeostasis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / : / positive regulation of mitochondrial membrane potential / execution phase of apoptosis / thymocyte apoptotic process / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / hypothalamus development / hepatocyte apoptotic process / pore complex / odontogenesis of dentin-containing tooth / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / germ cell development / vagina development / B cell homeostasis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / regulation of T cell proliferation / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of mitochondrial membrane potential / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / BH3 domain binding / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to unfolded protein / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / Pyroptosis / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of protein binding / blood vessel remodeling / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / ovarian follicle development / negative regulation of fibroblast proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to salt stress / signal transduction in response to DNA damage / supramolecular fiber organization / release of sequestered calcium ion into cytosol / homeostasis of number of cells within a tissue / intrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest
類似検索 - 分子機能
BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. ...BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BH3-interacting domain death agonist / Apoptosis regulator BAX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Robin, A.Y. / Krishna Kumar, K. / Westphal, D. / Wardak, A.Z. / Thompson, G.V. / Dewson, G. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 4件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)Projects Grant 1079706 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)Projects Grant 1059331 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)Projects Grant 1023055 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)Program Grant 1016701 オーストラリア
引用ジャーナル: Cell Death Dis / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of Bax bound to the BH3 peptide of Bim identifies important contacts for interaction.
著者: Robin, A.Y. / Krishna Kumar, K. / Westphal, D. / Wardak, A.Z. / Thompson, G.V. / Dewson, G. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2015年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator BAX
B: BH3-interacting domain death agonist


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8232
ポリマ－20,8232
非ポリマー00
水63135
1
A: Apoptosis regulator BAX
B: BH3-interacting domain death agonist

A: Apoptosis regulator BAX
B: BH3-interacting domain death agonist


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6454
ポリマ－41,6454
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_778-y+2,-x+2,-z+7/21
Buried area3880 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.120, 100.120, 37.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator BAX / Bcl-2-like protein 4 / Bcl2-L-4


分子量: 18511.996 Da / 分子数: 1 / 変異: C62S, C126S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAX, BCL2L4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07812
#2: タンパク質・ペプチド BH3-interacting domain death agonist / p22 BID / BID


分子量: 2310.568 Da / 分子数: 1 / Fragment: BH3 motif / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55957
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Tri-sodium citrate, Sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.96 Å / Num. obs: 10108 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 7.8 % / Net I/σ(I): 15.18
反射 シェル解像度: 2.2→2.278 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.8454 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BD2

4bd2


解像度: 2.2→19.959 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 506 5.01 %
Rwork0.1808 --
obs0.1832 10107 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1346 0 0 35 1381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9811908
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.707534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038209
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004250
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.42110.2471230.1982331X-RAY DIFFRACTION100
2.4211-2.77070.25971240.20582360X-RAY DIFFRACTION100
2.7707-3.48770.24981260.19952392X-RAY DIFFRACTION100
3.4877-19.960.20611330.1612518X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.23450.73270.40531.71490.25791.74330.08250.03260.01120.0328-0.00970.17360.0165-0.2004-0.00050.16950.00680.00170.24840.04130.2245124.000899.417879.3159
20.36560.47060.22070.49550.22910.111-0.0315-0.0448-0.0396-0.1537-0.00320.0704-0.07180.06830.00010.2725-0.00590.00940.21720.03240.250199.439567.98786.0486
30.26720.0112-0.07650.2217-0.03920.0547-0.14760.69950.2276-0.6324-0.10370.2158-0.03120.1033-0.01990.3436-0.0523-0.04230.43130.10720.3146126.065599.832864.6304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 10:128 )A10 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 129:166 )A129 - 166
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 78:98 )B78 - 98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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