PDB-4zg1: Crystal structure of a nanobody raised against KDM5B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zg1

タイトル

Crystal structure of a nanobody raised against KDM5B

要素

NB17

キーワード

PROTEIN BINDING / Nanobody / Single domain antibody / CDR3 loop / beta sandwich

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Wiuf, A. / Kristensen, O. / Gajhede, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure and binding properties of a cameloid nanobody raised against KDM5B.
著者: Wiuf, A. / Kristensen, L.H. / Kristensen, O. / Dorosz, J. / Jensen, J. / Gajhede, M.

履歴

登録	2015年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月21日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2019年10月9日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.4	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell Item: _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4zg1.ent.gz	247.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4zg1_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zg1_full_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示
XML形式データ	4zg1_validation.xml.gz	34.5 KB	表示
CIF形式データ	4zg1_validation.cif.gz	50.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zg1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ezjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3dj3-4 1shm-3 2w1w-1 3kuj-d 5wbh-5 6dba-2 6dba-1 6xxn-7 1a7e-d 3qxw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NB17

B: NB17

C: NB17

D: NB17

E: NB17

F: NB17

74.9 kDa, 6 ポリマー
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1

A: NB17

登録者が定義した集合体
12.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: NB17

登録者が定義した集合体
12.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: NB17

登録者が定義した集合体
12.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: NB17

登録者が定義した集合体
12.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: NB17

登録者が定義した集合体
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6

F: NB17

登録者が定義した集合体
12.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.520, 91.520, 184.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-304- HOH
2	1	E-300- HOH
3	1	E-321- HOH

#1: 抗体	NB17 分子量: 12479.952 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pHEN6c / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 730 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.34 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 50mM Hepes, 150mM Nacl, 0,133 M NH4NO3 14% PEG4000 / PH範囲: 7,4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX II

/ ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.5 % / 数: 510190 / R_sym value: 0.11 / D res high: 1.85 Å / D res low: 41.206 Å / Num. obs: 67728 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
8.27	41.21	1	0.044	0.044	6.3
5.85	8.27	1	0.052	0.052	7.3
4.78	5.85	1	0.056	0.056	7.3
4.14	4.78	1	0.057	0.057	7.3
3.7	4.14	1	0.065	0.065	7.2
3.38	3.7	1	0.07	0.07	7.2
3.13	3.38	1	0.076	0.076	7.5
2.93	3.13	1	0.091	0.091	7.7
2.76	2.93	1	0.105	0.105	7.8
2.62	2.76	1	0.131	0.131	7.7
2.49	2.62	1	0.157	0.157	8
2.39	2.49	1	0.178	0.178	8.1
2.29	2.39	1	0.203	0.203	8.1
2.21	2.29	1	0.235	0.235	7.9
2.14	2.21	1	0.252	0.252	8.1
2.07	2.14	1	0.291	0.291	8.2
2.01	2.07	1	0.409	0.409	7.8
1.95	2.01	1	0.421	0.421	7.6
1.9	1.95	1	0.566	0.566	6.8
1.85	1.9	1	0.67	0.67	5.6

反射

解像度: 1.85→41.21 Å / Num. all: 67728 / Num. obs: 67728 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 20.15 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.118 / R_sym value: 0.11 / Net I/av σ(I): 5.513 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 510190

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.85-1.9	5.6	0.67	12.1	5674	896	0.306	0.67	24.6	99.8
8.27-41.21	6.3	0.044	11.4	10913	1503	0.02	0.052	25.5	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EZJ chain A

3ezj

解像度: 1.85→41.206 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2349	3308	4.89 %	Random Selection
R_work	0.186	64347	-	-
obs	0.1884	67655	99.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.43 Å² / B_iso mean: 27.013 Å² / B_iso min: 10.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→41.206 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5232	0	0	730	5962
B_iso mean	-	-	-	34.77	-
残基数	-	-	-	-	701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5577
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.156	7552
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	830
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	996
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.148	2031

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.85-1.8765	0.3006	134	0.2553	2643	2777
1.8765-1.9045	0.3229	148	0.2683	2610	2758
1.9045-1.9342	0.3336	161	0.2395	2604	2765
1.9342-1.9659	0.2457	140	0.2258	2629	2769
1.9659-1.9998	0.2782	152	0.2067	2639	2791
1.9998-2.0362	0.2643	131	0.2158	2627	2758
2.0362-2.0754	0.2884	111	0.2071	2664	2775
2.0754-2.1177	0.2448	148	0.1935	2641	2789
2.1177-2.1638	0.2167	129	0.1891	2655	2784
2.1638-2.2141	0.2828	129	0.1935	2655	2784
2.2141-2.2695	0.2923	107	0.212	2676	2783
2.2695-2.3308	0.2418	132	0.1941	2673	2805
2.3308-2.3994	0.2851	147	0.1914	2670	2817
2.3994-2.4768	0.25	146	0.1899	2642	2788
2.4768-2.5654	0.2294	131	0.1892	2669	2800
2.5654-2.668	0.2614	139	0.195	2665	2804
2.668-2.7894	0.2438	141	0.1907	2692	2833
2.7894-2.9365	0.233	143	0.183	2677	2820
2.9365-3.1204	0.2456	126	0.1881	2702	2828
3.1204-3.3612	0.2186	136	0.1716	2714	2850
3.3612-3.6993	0.1904	155	0.1619	2708	2863
3.6993-4.2341	0.1878	144	0.1571	2735	2879
4.2341-5.3327	0.1878	132	0.1499	2799	2931
5.3327-41.2158	0.2493	146	0.2021	2958	3104

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4049	1.4337	4.8151	2.4893	2.3835	2.0354	0.0364	0.5714	-0.504	-0.5643	0.1526	-0.0211	0.0064	0.76	-0.0374	0.2979	-0.0502	-0.0145	0.2159	-0.0572	0.2763	85.8917	11.7189	31.7856
2	7.4873	-2.4189	-2.4575	7.2748	0.9711	0.8105	-0.071	-0.4471	0.2255	0.0683	-0.3407	0.2665	-0.0297	-0.0195	0.4136	0.1934	-0.002	-0.098	0.1737	-0.017	0.1938	86.0315	16.0595	56.2707
3	1.5165	-0.2017	-0.5315	2.1041	2.0847	5.0776	0.0922	0.0197	-0.0567	-0.3361	0.1602	-0.2829	-0.6587	0.0997	-0.2936	0.2243	-0.0455	-0.0248	0.108	-0.002	0.2135	85.7902	18.4642	40.6706
4	1.2567	2.7961	0.6532	8.1335	-3.5886	2.0214	-0.5914	0.03	-0.4151	-0.9188	1.0279	0.4113	0.8722	-1.378	-0.4393	0.3943	-0.1149	-0.0222	0.3175	0.0591	0.2402	78.4377	19.1703	25.7526
5	1.4499	-1.0777	1.4237	7.5101	-4.6416	7.5896	-0.0119	0.0345	-0.1817	0.0101	0.1545	0.4936	0.1688	0.1604	-0.1435	0.1756	-0.0101	-0.0213	0.0953	0.0073	0.2038	75.8751	8.8332	43.946
6	4.0226	-1.08	-0.0813	3.3825	-0.3834	3.9152	-0.1239	-0.2981	0.2812	-0.2821	0.3403	0.4794	0.0421	-0.3329	-0.2009	0.1434	-0.0213	-0.0626	0.1477	0.0308	0.2485	71.6395	17.7668	42.0988
7	6.3564	1.6653	-3.7006	5.1837	-2.9457	2.2233	-0.2244	0.2776	0.8156	-0.279	0.4553	0.5781	-0.6004	-0.9996	-0.2757	0.2434	-0.0368	-0.0999	0.129	-0.0017	0.3164	76.6652	22.7814	44.8288
8	1.9718	-0.7998	0.3483	2.3197	1.2228	3.4654	-0.0396	-0.1052	0.0601	-0.1345	0.0302	0.0253	-0.2358	0.0694	0.0317	0.1335	-0.0197	-0.0202	0.1074	0.0022	0.1998	81.0772	16.8811	45.7373
9	7.9078	1.8718	7.7386	3.3558	1.4477	2.4253	-0.2798	0.0913	-0.6219	-0.3403	0.3741	-0.1167	-0.0375	0.2314	-0.0663	0.2136	-0.0109	0.0148	0.2507	0.0118	0.2375	77.1163	7.0526	33.3311
10	8.5586	-1.6552	-3.8263	9.9313	4.9214	2.0123	0.2291	-0.7201	-0.2194	0.6704	0.1059	0.0451	0.8359	0.2299	-0.4658	0.2062	-0.0314	-0.0236	0.1993	0.0519	0.2149	84.44	10.5036	54.6292
11	7.1703	-0.1046	2.5183	3.406	2.7404	3.836	-0.1217	0.6177	0.2512	0.1016	0.2262	-0.6244	-1.1105	0.7289	-0.0091	0.3835	-0.1642	-0.1139	0.3193	0.0109	0.2722	59.6475	32.4802	5.1843
12	5.8941	1.1535	-0.8326	2.0586	0.2419	1.7145	0.2255	-0.0488	-0.3927	-0.1631	-0.1693	0.2824	-0.1242	-0.1774	-0.0406	0.2283	0.0049	-0.0939	0.1437	-0.0039	0.2094	45.0292	27.4653	4.4637
13	8.7165	-3.2133	-6.7319	6.73	5.4912	1.9814	-0.7077	-1.3092	0.5575	0.5549	0.518	-0.0281	0.0728	1.8105	0.1156	0.2505	0.0638	-0.022	0.406	0.0341	0.3129	65.8947	25.0569	13.2031
14	6.4536	-1.1853	1.8499	3.1638	-1.0118	4.2285	0.0384	-0.4922	0.0485	0.1338	0.0553	0.0891	0.1137	-0.3029	-0.0687	0.2077	-0.0369	-0.0694	0.1718	-0.002	0.1528	48.0101	29.8388	17.4148
15	7.7869	0.5616	-4.0941	1.0787	-0.7484	4.4604	-0.2579	0.1901	-0.683	0.1222	0.0749	-0.059	0.5107	0.067	0.2005	0.256	-0.0148	-0.1037	0.1256	0.0034	0.3076	51.8246	21.847	8.9402
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11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1 through 7 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 8 through 26 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 27 through 32 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 33 through 66 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 67 through 82 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 83 through 90 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 91 through 96 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 97 through 110 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 111 through 117 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 1 through 7 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 8 through 17 )	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 18 through 26 )	C
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 27 through 39 )	C
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 40 through 45 )	C
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 46 through 52 )	C
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 53 through 63 )	C
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 64 through 72 )	C
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 73 through 82 )	C
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 83 through 96 )	C
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'C' and (resid 97 through 110 )	C
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'C' and (resid 111 through 117 )	C
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 1 through 7 )	D
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 8 through 17 )	D
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 18 through 26 )	D
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 27 through 39 )	D
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 40 through 45 )	D
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 46 through 56 )	D
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 57 through 66 )	D
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'D' and (resid 67 through 82 )	D
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'D' and (resid 83 through 96 )	D
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'D' and (resid 97 through 110 )	D
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'D' and (resid 111 through 116 )	D
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 1 through 26 )	E
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 27 through 44 )	E
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'E' and (resid 45 through 56 )	E
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'E' and (resid 57 through 66 )	E
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'E' and (resid 67 through 82 )	E
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'E' and (resid 83 through 110 )	E
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'E' and (resid 111 through 117 )	E
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 1 through 26 )	F
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52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'F' and (resid 46 through 66 )	F
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'F' and (resid 67 through 82 )	F
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55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'F' and (resid 97 through 110 )	F
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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