PDB-4zfo: J22.9-xi: chimeric mouse/human antibody against human BCMA (CD269)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zfo

タイトル

J22.9-xi: chimeric mouse/human antibody against human BCMA (CD269)

要素

(J22.9-xi Fab, Light ...) x 2
J22.9-xi Fab, Heavy Chain
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody Fab-ligand complex anti-BCMA anti-tumor

機能・相同性

機能・相同性情報

lymphocyte homeostasis / TNFs bind their physiological receptors / endomembrane system / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / adaptive immune response / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.895 Å

データ登録者

Marino, S.F. / Daumke, O. / Olal, D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Mol Oncol / 年: 2015
タイトル: Potent anti-tumor response by targeting B cell maturation antigen (BCMA) in a mouse model of multiple myeloma.
著者: Oden, F. / Marino, S.F. / Brand, J. / Scheu, S. / Kriegel, C. / Olal, D. / Takvorian, A. / Westermann, J. / Yilmaz, B. / Hinz, M. / Daumke, O. / Hopken, U.E. / Muller, G. / Lipp, M.

履歴

登録	2015年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zfo.cif.gz	215.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zfo.ent.gz	168.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zfo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4zfo_validation.pdf.gz	474.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zfo_full_validation.pdf.gz	480.8 KB	表示
XML形式データ	4zfo_validation.xml.gz	41.9 KB	表示
CIF形式データ	4zfo_validation.cif.gz	62.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3eo9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6o3l-1 1tjh-d 4xgz-7 5wna-1 3ghb-1 1u8o-d 4ris-d 4xc3-d 6o3g-1 4yaq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

F: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17

L: J22.9-xi Fab, Light Chain

H: J22.9-xi Fab, Heavy Chain

B: J22.9-xi Fab, Light Chain

A: J22.9-xi Fab, Heavy Chain

K: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17

ヘテロ分子

107 kDa, 6 ポリマー
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1

F: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17

B: J22.9-xi Fab, Light Chain

A: J22.9-xi Fab, Heavy Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.3 kDa, 3 ポリマー
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2

L: J22.9-xi Fab, Light Chain

H: J22.9-xi Fab, Heavy Chain

K: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.801, 110.139, 137.279
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FK

#1: タンパク質	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17 / B-cell maturation protein / BCMA / CD269 分子量: 5903.708 Da / 分子数: 2 断片: Extracellular (N-terminal) domain, UNP residues 1-54 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF17, BCM, BCMA / プラスミド: pGEX6p-1 詳細 (発現宿主): N-terminal glutathione-S-transferase (GST) fusion 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q02223

#1: タンパク質

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17 / B-cell maturation protein / BCMA / CD269

分子量: 5903.708 Da / 分子数: 2
断片: Extracellular (N-terminal) domain, UNP residues 1-54
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF17, BCM, BCMA / プラスミド: pGEX6p-1
詳細 (発現宿主): N-terminal glutathione-S-transferase (GST) fusion
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q02223

-
抗体 , 3種, 4分子 LHAB

#2: 抗体	J22.9-xi Fab, Light Chain 分子量: 23542.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fab Light Chain fragment of anti-BCMA antibody J22.9-xi 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pTT5 / 詳細 (発現宿主): 6x EBNA protein binding sites / 細胞株 (発現宿主): HEK293_6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	J22.9-xi Fab, Heavy Chain 分子量: 23641.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fab Heavy Chain fragment of anti-BCMA antibody J22.9-xi 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pTT5 / 詳細 (発現宿主): 6x EBNA protein binding sites / 細胞株 (発現宿主): HEK293_6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体	J22.9-xi Fab, Light Chain 分子量: 23471.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fab Light Chain fragment of anti-BCMA antibody J22.9-xi 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pTT5 / 詳細 (発現宿主): 6x EBNA protein binding sites / 細胞株 (発現宿主): HEK293_6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 774分子

#5: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#6: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER 分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.99 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1 microliter of the complex at 8 mg/ml with 2 microliters of 21% PEG 3350, 0.1 M BisTris pH 6.5 and 5 mM CuCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.895→42.268 Å / Num. obs: 87925 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 10.46
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PHASER	CCP4Interface 2.1.0	位相決定
XDS	July 4, 2012	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EO9

3eo9

解像度: 1.895→42.258 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209	4396	5 %
R_work	0.1762	-	-
obs	0.1779	87918	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.895→42.258 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7072	0	31	769	7872

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7365
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.202	9999
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.127	2653
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1120
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1287

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8955-1.917	0.3513	132	0.2951	2508	X-RAY DIFFRACTION	90
1.917-1.9396	0.2882	146	0.255	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9396-1.9632	0.2755	146	0.2384	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9632-1.9881	0.2781	143	0.2213	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9881-2.0142	0.2296	145	0.2144	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0142-2.0418	0.2426	147	0.2171	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0418-2.071	0.2666	145	0.2037	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.071-2.1019	0.2365	145	0.1899	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1019-2.1348	0.2099	145	0.1893	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1348-2.1698	0.2683	145	0.188	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1698-2.2072	0.2658	147	0.186	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2072-2.2473	0.2254	145	0.1887	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2473-2.2905	0.2287	146	0.1877	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2905-2.3373	0.2018	146	0.1769	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3373-2.3881	0.2085	145	0.1789	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3881-2.4436	0.2087	148	0.1749	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4436-2.5047	0.2319	147	0.1815	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5047-2.5724	0.2259	145	0.1798	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5724-2.6481	0.2052	146	0.1849	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6481-2.7336	0.2304	146	0.1824	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7336-2.8313	0.2283	148	0.1851	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8313-2.9446	0.1989	147	0.1738	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9446-3.0786	0.2006	147	0.1818	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0786-3.2408	0.2208	148	0.1744	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2408-3.4438	0.2127	148	0.1717	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4438-3.7096	0.1921	149	0.1625	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7096-4.0826	0.1753	149	0.152	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0826-4.6727	0.1477	150	0.1291	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6727-5.8846	0.1718	151	0.1359	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8846-42.2681	0.1558	159	0.1656	3021	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.9061	0.7299	-2.053	7.3758	-5.4492	4.3184	-0.4773	0.5155	1.0882	-0.657	0.3325	0.1841	-1.0118	-0.6456	0.1299	0.5118	0.0593	-0.1391	0.357	0.1843	0.4601	-56.2243	3.7372	-55.0693
2	5.5783	-2.1447	5.0497	3.9365	-1.6898	8.7554	-0.0917	0.2092	0.5536	-0.102	0.0069	0.1725	-0.3584	0.276	0.1629	0.1162	-0.0252	-0.0428	0.1138	0.031	0.203	-52.7153	-1.3948	-46.9005
3	5.7565	3.2538	2.9255	5.7378	1.7449	8.1854	-0.0312	0.5478	0.131	-0.5631	0.0745	0.4729	0.8937	-0.0726	0.0077	0.3381	-0.0209	-0.0563	0.201	0.0124	0.186	-52.715	-5.4574	-54.4699
4	5.2272	-1.8725	-2.6275	1.2111	0.2977	2.0873	-0.4066	0.9402	-0.504	-0.9124	-0.2063	0.7922	0.1711	-0.506	0.5586	0.582	-0.2012	-0.1341	0.4625	-0.0921	0.3919	-58.9223	-12.6131	-54.8218
5	3.3927	-1.8328	-1.0956	2.4129	-0.0758	4.4402	-0.0617	1.6049	0.2216	-1.1609	0.1491	1.3078	-0.0001	-1.1762	-0.1347	0.5785	-0.1353	-0.3243	0.636	0.1757	0.6719	-60.3512	-5.4566	-59.1391
6	2.9469	-3.5375	-0.7761	5.745	1.3461	1.3351	-0.0116	0.0231	0.2534	0.144	0.1155	-0.7609	-0.0418	0.149	-0.0957	0.1219	-0.0059	-0.0425	0.1584	0.0028	0.2575	2.4859	15.4441	-27.9193
7	0.2673	0.6144	0.5012	2.2058	0.5234	1.4292	0.0126	0.0858	0.0396	0.0799	-0.0138	-0.1042	-0.0507	-0.0332	0.0093	0.0703	0.0379	0.0204	0.1417	0.0236	0.1482	-5.9864	15.4461	-33.2842
8	1.2508	-1.1448	-1.7982	2.489	2.5281	3.6908	0.1155	0.0526	0.0244	0.0446	-0.0323	-0.2247	-0.1512	0.0285	-0.0722	0.0875	0.025	-0.0453	0.1286	0.0087	0.1554	-3.2514	14.3784	-23.3513
9	0.7863	0.6847	-0.7235	4.6383	-3.946	5.3591	-0.0613	-0.0534	0.0825	-0.1597	0.0198	0.0621	0.047	-0.0494	0.0858	0.1732	-0.0061	-0.0169	0.1329	-0.0353	0.0837	-12.9531	13.3502	3.436
10	0.3828	-0.2876	0.1328	3.5592	-1.8501	3.7986	0.1037	-0.0607	0.006	-0.2097	-0.0177	-0.0734	-0.0289	0.292	-0.0693	0.1005	-0.0234	0.0062	0.178	-0.0275	0.1054	-10.1416	15.1178	-4.1131
11	1.3812	1.3019	-0.7155	4.6455	-2.6926	3.9495	0.0615	-0.168	0.0386	0.2349	-0.1527	-0.0347	-0.2901	0.3305	0.0657	0.164	-0.0281	-0.0206	0.2039	-0.0097	0.106	-9.3549	13.5691	9.2893
12	0.4614	0.7155	-0.3913	3.3625	-3.5338	9.1313	0.0068	-0.0575	0.0033	-0.0798	0.307	0.3382	0.0614	-0.6872	-0.3474	0.1012	-0.0355	-0.0051	0.1587	-0.0189	0.159	-19.2782	-6.0886	-26.4897
13	1.3307	0.3222	-0.0271	2.6185	0.3308	2.1779	0.0974	0.1139	-0.1007	0.0159	0.037	-0.1462	0.3177	0.0459	-0.1391	0.1076	0.0226	-0.007	0.1338	-0.0064	0.0844	-10.8837	-3.8028	-35.0506
14	6.6827	1.3313	1.2133	2.3571	0.4841	3.4549	0.1339	-0.165	-0.4678	0.2034	-0.0028	-0.3398	0.5955	0.2423	-0.132	0.2352	0.0733	-0.0209	0.1303	-0.0162	0.1466	-7.5085	-10.8779	-33.3009
15	1.305	0.2328	-0.7372	3.132	-1.2356	3.8657	-0.0286	0.0649	-0.0679	0.06	-0.0091	-0.0308	0.1857	0.0429	0.0148	0.0743	0.0066	-0.0146	0.1179	-0.0281	0.0881	-12.89	-2.0357	-31.4705
16	0.9583	-0.4828	-0.3436	2.9301	0.2097	2.1612	-0.033	-0.0509	0.1264	-0.0531	-0.0128	0.1673	-0.1824	-0.1778	0.048	0.1316	0.0223	-0.0522	0.1564	-0.0182	0.1128	-24.0782	9.0741	-2.6603
17	4.7622	2.7804	2.9048	1.7709	1.7555	1.8642	0.0446	-0.4183	0.618	0.3952	-0.5621	0.8415	0.0913	-0.7265	0.4999	0.2611	0.0261	0.0244	0.2253	-0.0378	0.2111	-31.7328	7.8164	2.371
18	0.3328	0.3432	-0.4576	2.7687	-0.1271	1.399	0.0032	0.0476	-0.0455	-0.106	-0.0125	0.0345	0.0575	-0.0116	-0.0018	0.0798	-0.0033	-0.0443	0.1019	-0.0107	0.1382	-51.3488	-18.2294	-39.5295
19	0.6452	-1.0896	0.4605	4.2516	-1.5494	0.9862	0.0778	0.0804	0.0313	-0.2883	-0.0828	-0.0458	0.1501	0.0633	0.0122	0.0904	-0.0076	-0.0231	0.1235	-0.0294	0.1515	-48.1864	-22.2062	-34.7572
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21	1.3873	0.1131	1.1153	1.9968	0.2909	2.6329	-0.0165	0.0542	0.126	-0.1469	0.0211	-0.0667	-0.1561	0.1836	0.011	0.0915	-0.022	0.0026	0.1163	-0.0171	0.1353	-40.8658	-0.6672	-30.1204
22	6.2731	2.8718	-1.0881	6.0553	-1.0592	4.188	-0.2597	-0.3951	0.1999	-0.056	-0.085	0.423	-0.0486	-0.1386	0.2842	0.123	0.0283	-0.0164	0.0822	-0.0406	0.1507	-46.9461	4.7836	-27.1635
23	0.5849	-0.0594	0.7595	1.6231	-0.3585	4.9482	0.0336	0.0561	0.0961	0.0235	0.0679	-0.0007	-0.07	0.0265	-0.0873	0.0421	-0.0217	0.0163	0.1144	-0.0066	0.1328	-41.0535	-3.3663	-30.3715
24	0.9718	-1.1311	0.0659	5.9927	1.4279	1.1057	-0.0395	0.028	-0.1487	0.3806	0.044	-0.0559	0.1361	0.0575	-0.0269	0.1486	-0.0204	-0.01	0.1536	-0.0087	0.1412	-30.8797	-27.2335	-12.3666
25	0.8368	-0.2532	0.1652	6.1891	1.086	1.5374	0.0438	0.0241	-0.2149	0.4547	0.0967	-1.129	0.1489	0.2116	-0.1221	0.1727	0.0071	-0.071	0.1927	-0.039	0.3023	-21.6415	-28.4105	-10.9414
26	2.0483	1.6777	2.2934	3.7112	3.7419	4.0537	-0.4262	0.2617	-0.8915	-1.2836	-0.4353	-0.2334	0.3066	0.1455	0.8028	0.4293	0.1758	0.1818	0.7092	-0.0098	0.4426	2.5238	4.1083	-56.0743
27	6.1148	2.3189	-1.4775	5.0815	-0.0921	9.6503	-0.043	0.7677	0.2841	-0.6633	0.0738	-0.3844	0.0677	0.5531	0.0606	0.2119	0.0386	0.0544	0.3444	0.0317	0.2025	-0.6759	7.4965	-48.6769
28	2.7928	-2.6653	2.9495	2.548	-2.8149	3.115	-0.4103	0.3627	0.1776	-0.5263	-0.1545	-0.5655	-0.4285	0.4666	0.5402	0.7309	-0.0951	0.0827	0.6696	0.2788	0.6883	5.8074	17.7762	-47.52
29	2.1614	-2.0292	0.6996	3.0805	0.197	3.8436	-0.2466	2.2934	0.9765	-1.7049	0.463	-1.2034	-0.2235	1.3123	-0.1977	0.6662	-0.0696	0.238	1.1589	0.0802	0.7755	7.3702	13.6122	-54.8035

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'F' and (resid 6 through 11 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'F' and (resid 12 through 19 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'F' and (resid 20 through 27 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'F' and (resid 28 through 34 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'F' and (resid 35 through 41 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 1 through 32 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 33 through 90 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 91 through 113 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 114 through 150 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 151 through 174 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 175 through 214 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 18 through 57 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 58 through 76 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'H' and (resid 77 through 118 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'H' and (resid 119 through 210 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'H' and (resid 211 through 221 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 1 through 75 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 76 through 113 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 114 through 213 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resid 1 through 57 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'A' and (resid 58 through 76 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'A' and (resid 77 through 118 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'A' and (resid 119 through 195 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'A' and (resid 196 through 220 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'K' and (resid 7 through 11 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'K' and (resid 12 through 27 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'K' and (resid 28 through 34 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'K' and (resid 35 through 41 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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