PDB-4zem: Crystal structure of eIF2B beta from Chaetomium thermophilum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zem

タイトル

Crystal structure of eIF2B beta from Chaetomium thermophilum

要素

Translation initiation factor eIF2b-like protein,Translation initiation factor eIF2b-like protein

キーワード

TRANSLATION / eIF2B / eIF2 / guanine nucleotide exchange factor / GEF / regulatory subcomplex / regulatory subunit / translation initiation

機能・相同性

機能・相同性情報

eukaryotic translation initiation factor 2B complex / translation initiation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Kuhle, B. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Architecture of the eIF2B regulatory subcomplex and its implications for the regulation of guanine nucleotide exchange on eIF2.
著者: Kuhle, B. / Eulig, N.K. / Ficner, R.

履歴

登録	2015年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zem.cif.gz	260.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zem.ent.gz	212.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zem.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zem_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zem_full_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示
XML形式データ	4zem_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	4zem_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/4zem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/4zem	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zeoC 5dboC 2yvkS 3ecsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6x11-1 6vib-1 1yfu-1 4hsj-1 4l2n-2 3r84-18 6d62-1 6xb9-4 7kov-1 5d08-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Translation initiation factor eIF2b-like protein,Translation initiation factor eIF2b-like protein

B: Translation initiation factor eIF2b-like protein,Translation initiation factor eIF2b-like protein

85.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Translation initiation factor eIF2b-like protein,Translation initiation factor eIF2b-like protein

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Translation initiation factor eIF2b-like protein,Translation initiation factor eIF2b-like protein

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	138.000, 138.000, 146.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Translation initiation factor eIF2b-like protein,Translation initiation factor eIF2b-like protein 分子量: 42643.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0063470 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SEE6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.96 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 100 mM HEPES, 1.33 M tri-sodium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 34537 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 52.75 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_rim(I) all: 0.058 / Χ²: 0.963 / Net I/σ(I): 23.71 / Num. measured all: 134799

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.54-2.63		0.764	0.584	2.62	14846	3804	3801	0.677	99.9
2.63-2.73		0.83	0.451	3.41	12719	3267	3265	0.524	99.9
2.73-2.93		0.928	0.288	5.3	20516	5257	5252	0.334	99.9
2.93-3.62		0.993	0.091	15.53	40438	10328	10320	0.106	99.9
3.62-3.95		0.998	0.035	35.64	11028	2815	2813	0.041	99.9
3.95-4.3		0.999	0.027	43.82	7780	1994	1993	0.031	99.9
4.3-4.64		0.999	0.021	53.17	5674	1453	1453	0.024	100
4.64-14		1	0.017	60.28	21151	5451	5448	0.02	99.9
14-17		1	0.01	94.59	329	90	90	0.012	100
17-50		0.999	0.014	76.38	318	111	102	0.017	91.9
	50					4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.55 Å	46.32 Å
Translation	2.55 Å	46.32 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: The N-terminal domain (res. 34-134) of chain A in PDB entry 2YVK and the C-terminal domain (res. 107-305) of chain B in entry 3ECS were used.

2yvk

3ecs

解像度: 2.55→38.458 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2038	1695	5 %
R_work	0.1757	-	-
obs	0.1771	33908	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→38.458 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4827	0	0	60	4887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4941
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.154	6701
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.415	1819
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	777
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	866

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5501-2.6251	0.3415	141	0.2949	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6251-2.7098	0.2895	142	0.2635	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7098-2.8067	0.2811	141	0.2422	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8067-2.919	0.2797	142	0.2351	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.919-3.0518	0.2494	140	0.2128	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0518-3.2126	0.258	142	0.2047	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2126-3.4138	0.2308	141	0.1867	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4138-3.6772	0.2127	141	0.1749	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6772-4.0468	0.179	142	0.1562	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0468-4.6316	0.1602	141	0.1404	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6316-5.832	0.1787	141	0.1552	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
5.832-38.4627	0.1628	141	0.1508	2670	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1364	-0.5652	-0.3	5.8115	1.2935	6.0352	0.1294	-0.7533	-0.1794	0.7645	-0.174	0.2704	0.2066	-0.111	0.0419	0.5885	-0.2292	-0.067	0.75	-0.0296	0.3785	28.6508	7.209	-16.156
2	3.1958	1.5321	1.887	6.9537	0.473	1.8022	-0.8613	0.7191	-0.1592	-0.9834	0.0992	0.937	-0.3897	-0.93	0.5075	0.589	0.0131	-0.2869	0.564	-0.0644	0.804	32.8601	35.687	-12.9501
3	3.2866	2.3389	1.5729	4.1587	2.1082	2.9447	0.149	0.0736	-0.1736	0.2207	-0.1603	-0.0638	0.121	0.1098	0.0242	0.2697	-0.0011	0.0193	0.4271	0.0128	0.2907	22.865	-5.2787	-39.7128
4	4.0549	-0.1855	-2.2009	7.3121	2.973	4.1195	-0.0386	-0.3519	-0.7414	1.4048	-0.0128	-0.9649	0.6939	0.8647	0.0806	0.5366	0.0389	-0.2066	0.6793	0.0518	0.6477	37.414	-5.5754	-32.9614
5	3.3289	0.9639	0.6449	2.684	0.9432	5.4633	0.0985	-0.129	0.0732	0.2766	0.0247	-0.4502	-0.2657	0.8327	-0.1491	0.3592	-0.0806	-0.0044	0.5644	-0.0206	0.4276	36.7556	6.3101	-35.6619
6	6.4076	1.4273	-0.0753	4.858	-1.3009	4.5715	-0.599	1.1526	1.3269	-0.3746	0.3918	-0.9413	-0.8343	1.0944	0.2628	1.0095	-0.1172	0.2122	1.0708	0.4134	1.6667	38.0261	39.434	-62.2442
7	5.6454	0.6298	-0.2063	4.4451	-0.4948	6.3515	-0.0114	-0.2813	1.9918	0.0056	-0.0262	-0.7665	-1.2181	0.695	0.138	0.7414	-0.1719	-0.0598	0.5904	0.0119	1.6489	30.8072	39.833	-50.9134
8	3.6222	-1.2106	-0.7126	6.5897	0.1765	2.9239	-0.171	-0.333	1.2039	0.6303	0.2435	-1.1947	-0.4475	0.5726	-0.0552	0.4191	-0.0602	-0.0851	0.6199	-0.0381	0.8721	32.2967	27.0046	-48.4953
9	6.476	-0.8009	-1.4599	5.4706	2.7925	4.4022	0.248	1.0344	0.3005	-0.7333	-0.2139	-0.2158	-0.0991	0.099	-0.0125	0.6049	0.1482	0.1587	0.7295	0.0469	0.4751	34.1874	5.0392	-68.2331
10	5.4076	-2.1473	-0.9535	6.1592	1.7292	4.7218	0.1465	0.9144	-0.1668	-0.5915	-0.3255	0.1508	-0.1237	-0.2832	0.1501	0.3078	0.0563	0.0113	0.5285	0.031	0.3571	19.094	14.22	-58.9092

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 104 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 105 through 179 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 180 through 330 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 331 through 382 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 383 through 417 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 10 through 41 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 42 through 82 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 83 through 214 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 215 through 279 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 280 through 419 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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