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- PDB-4zdt: Crystal structure of the RING finger domain of Slx1 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zdt
タイトルCrystal structure of the RING finger domain of Slx1 in complex with the C-terminal domain of Slx4
要素(Structure-specific endonuclease subunit ...) x 2
キーワードHYDROLASE / RING finger / Endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


ds/ssDNA junction-specific dsDNA endonuclease activity / rDNA protrusion / Slx1-Slx4 complex / double-stranded DNA endonuclease activity / maintenance of rDNA / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / mitotic DNA replication / double-strand break repair via break-induced replication / replication fork processing ...ds/ssDNA junction-specific dsDNA endonuclease activity / rDNA protrusion / Slx1-Slx4 complex / double-stranded DNA endonuclease activity / maintenance of rDNA / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / mitotic DNA replication / double-strand break repair via break-induced replication / replication fork processing / double-strand break repair via homologous recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Structure-specific endonuclease subunit SLX1, C-terminal / Structure-specific endonuclease subunit Slx1 / : / Structure-specific endonuclease subunit Slx4 / Slx4 endonuclease / GIY-YIG endonuclease / GIY-YIG endonuclease superfamily / GIY-YIG catalytic domain / GIY-YIG domain profile. ...: / Structure-specific endonuclease subunit SLX1, C-terminal / Structure-specific endonuclease subunit Slx1 / : / Structure-specific endonuclease subunit Slx4 / Slx4 endonuclease / GIY-YIG endonuclease / GIY-YIG endonuclease superfamily / GIY-YIG catalytic domain / GIY-YIG domain profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Structure-specific endonuclease subunit slx4 / Structure-specific endonuclease subunit slx1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lian, F.M. / Xie, S. / Qian, C.M.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
Hong Kong Research Grants Council 香港
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal structure and SUMO binding of Slx1-Slx4 complex
著者: Lian, F.M. / Xie, S. / Qian, C.M.
履歴
登録2015年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structure-specific endonuclease subunit slx1
B: Structure-specific endonuclease subunit slx4
C: Structure-specific endonuclease subunit slx1
D: Structure-specific endonuclease subunit slx4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,18914
ポリマ－33,3714
非ポリマー81810
水1,928107
1
A: Structure-specific endonuclease subunit slx1
B: Structure-specific endonuclease subunit slx4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0937
ポリマ－16,6852
非ポリマー4075
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8520 Å2
手法PISA
2
C: Structure-specific endonuclease subunit slx1
D: Structure-specific endonuclease subunit slx4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0967
ポリマ－16,6852
非ポリマー4115
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area8430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.233, 85.233, 74.835
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

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Structure-specific endonuclease subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Structure-specific endonuclease subunit slx1


分子量: 8423.784 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 176-247 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: slx1, SPAP27G11.15 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)
参照: UniProt: Q9P7M3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Structure-specific endonuclease subunit slx4 / Synthetic lethal of unknown function protein 4


分子量: 8261.644 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 356-419 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: slx4, SPAC688.06c / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P6M0

-
非ポリマー , 4種, 117分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 1.34M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.28238 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28238 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 36121 / Num. obs: 36121 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
SCALEPACKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→38.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23631 1729 4.8 %RANDOM
Rwork0.21511 ---
obs0.21617 34383 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.398 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.34 Å20 Å20 Å2
2---1.34 Å20 Å2
3---2.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→38.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2217 0 39 107 2363
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222283
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1391.9613072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8195273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.9324.46894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.88515432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9661512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8491.51378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59122242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0853905
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4624.5830
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 114 -
Rwork0.263 2472 -
obs--97.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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