PDB-4zdj: Crystal structure of the M. tuberculosis CTP synthase PyrG in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zdj

タイトル

Crystal structure of the M. tuberculosis CTP synthase PyrG in complex with two UTP molecules

要素

CTP synthase

キーワード

LIGASE / CTP synthase / PyrG / amidotransferase / UTP

機能・相同性

機能・相同性情報

CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / CTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Bellinzoni, M. / Barilone, N. / Alzari, P.M.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Thiophenecarboxamide Derivatives Activated by EthA Kill Mycobacterium tuberculosis by Inhibiting the CTP Synthetase PyrG.
著者: Mori, G. / Chiarelli, L.R. / Esposito, M. / Makarov, V. / Bellinzoni, M. / Hartkoorn, R.C. / Degiacomi, G. / Boldrin, F. / Ekins, S. / de Jesus Lopes Ribeiro, A.L. / Marino, L.B. / Centarova, ...

履歴

登録	2015年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月5日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zdj.cif.gz	225.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zdj.ent.gz	178.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zdj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zdiC 4zdkC 1vcnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zdk-1 4zdk-2 1vco-1 1vcm-1 5u3c-d 5u6r-d 5tkv-1 6pk7-d 2ad5-1 1s1m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CTP synthase

ヘテロ分子

64.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CTP synthase

ヘテロ分子

A: CTP synthase

ヘテロ分子

A: CTP synthase

ヘテロ分子

A: CTP synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
260 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.410, 132.730, 157.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-908- HOH
2	1	A-925- HOH

#1: タンパク質	CTP synthase / CTP synthetase / UTP--ammonia ligase 分子量: 63770.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 遺伝子: pyrG, Rv1699, MTCI125.21 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WHK7, CTP synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP 分子量: 484.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₂O₁₅P₃ / コメント: UTP*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 17% PEG20000, 100 mM MgCl2, 100 mM Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→48.9 Å / Num. obs: 56696 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 37.03 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.717 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.1	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1vcn

1vcn

解像度: 1.99→39.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9501 / SU R Cruickshank DPI: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.112 / SU R_free Blow DPI: 0.105 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.105

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1889	2891	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1666	-	-	-
obs	0.1678	56691	98.78 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.9387 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.4312 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.5074 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.222 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.99→39.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4107	0	66	226	4399

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	4266	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.97	5823	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1941	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		95	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		648	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4266	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.61
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.45
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		558	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5227	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.99→2.04 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2293	220	5.87 %
R_work	0.2106	3529	-
all	0.2117	3749	-
obs	-	-	98.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6313	0.3578	-0.1601	0.5169	-0.181	0.3605	-0.0507	0.1299	0.0315	-0.0339	0.0301	-0.0536	0.0297	0.0927	0.0206	-0.046	0.0042	-0.0013	0.0038	0.0359	-0.0461	12.6485	9.8312	56.0467
2	4.3218	-0.2925	0.2134	1.9664	0.842	1.3504	-0.0225	0.2997	-0.0698	-0.1482	0.037	-0.2221	-0.0346	0.3388	-0.0145	-0.0322	-0.0088	0.009	0.0231	0.038	-0.0148	17.3271	8.8493	60.1005
3	2.7868	-0.037	-1.262	3.5707	0.1005	0.2968	-0.0242	-0.0123	-0.1754	0.0686	-0.0345	-0.2299	0.1069	0.1246	0.0588	0.0106	0.0182	-0.0022	-0.0071	0.0262	-0.0392	16.2942	-0.3453	67.0201
4	0.5646	0.232	-0.1219	0.5836	-0.3346	1.2794	0.0293	-0.0274	0.1088	0.0957	-0.0562	-0.0933	-0.1641	0.1732	0.0269	-0.0427	-0.0289	-0.0219	-0.0307	0.0292	-0.0254	16.8019	20.668	75.5494
5	3.2669	0.086	0.4672	0.852	-0.1741	1.319	-0.0206	0.026	0.4977	0.0888	-0.0183	0.1516	-0.2172	-0.1032	0.0389	-0.067	0.0233	-0.0105	-0.1087	0.0985	0.0485	5.6119	38.7213	46.5231
6	3.2237	-0.2775	0.4546	1.301	-0.1154	1.006	0.0159	0.6408	0.3284	-0.1927	-0.032	0.0439	-0.0489	0.0397	0.0161	-0.1182	-0.0129	-0.0003	0.0617	0.168	-0.0925	11.9336	31.2284	30.0307
7	1.8966	-0.1312	0.5854	0.948	-0.2126	0.7991	-0.065	0.2246	0.4394	-0.0013	0.0167	0.0843	-0.2284	0.1959	0.0484	-0.0412	-0.0503	-0.0066	-0.0318	0.1317	0.0279	17.0444	38.5971	44.6529

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|5 - A\|136 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|137 - A\|162 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|163 - A\|181 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|182 - A\|300 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|301 - A\|395 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|396 - A\|512 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|513 - A\|552 }

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)