PDB-4zcs: Crystal structure of the C-terminal catalytic domain of Plasmodiu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zcs

タイトル

Crystal structure of the C-terminal catalytic domain of Plasmodium falciparum CTP:phosphocholine cytidylyltransferase in complex with CDP-choline

要素

Choline-phosphate cytidylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / enzyme / malaria / cytidylyltransferase / phosphatidylcholine

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of PC / choline-phosphate cytidylyltransferase / choline-phosphate cytidylyltransferase activity / phosphatidylcholine binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Guca, E. / Hoh, F. / Guichou, J.-F. / Cerdan, R.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural determinants of the catalytic mechanism of Plasmodium CCT, a key enzyme of malaria lipid biosynthesis.
著者: Guca, E. / Nagy, G.N. / Hajdu, F. / Marton, L. / Izrael, R. / Hoh, F. / Yang, Y. / Vial, H. / Vertessy, B.G. / Guichou, J.F. / Cerdan, R.

履歴

登録	2015年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zcs.cif.gz	197 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zcs.ent.gz	156.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zcs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zcs_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zcs_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	4zcs_validation.xml.gz	38.2 KB	表示
CIF形式データ	4zcs_validation.cif.gz	51.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/4zcs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/4zcs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zcpC 4zcqC 4zcrC 4zctC 3hl4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1stf-d 6l87-d 4zcp-1 2b25-1 1ypo-4 4zcr-1 3h6s-3 4llo-2 6ieo-d 4zcq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Choline-phosphate cytidylyltransferase

C: Choline-phosphate cytidylyltransferase

E: Choline-phosphate cytidylyltransferase

B: Choline-phosphate cytidylyltransferase

D: Choline-phosphate cytidylyltransferase

F: Choline-phosphate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

128 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Choline-phosphate cytidylyltransferase

B: Choline-phosphate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Choline-phosphate cytidylyltransferase

D: Choline-phosphate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Choline-phosphate cytidylyltransferase

F: Choline-phosphate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.631, 149.132, 175.598
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Choline-phosphate cytidylyltransferase 分子量: 20810.123 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 581-775 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1316600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8IEE9, choline-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CDC / [2-CYTIDYLATE-O'-PHOSPHONYLOXYL]-ETHYL-TRIMETHYL-AMMONIUM 分子量: 488.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₆N₄O₁₁P₂
#3: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 分子量: 326.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 0.2M NaF, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979338 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979338 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→113.67 Å / Num. obs: 52521 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 9.35 % / R_sym value: 0.32 / Net I/σ(I): 0.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HL4

3hl4

解像度: 2.45→113.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 7.35 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23413	2808	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18059	-	-	-
obs	0.18325	52521	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.051 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.09 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→113.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6806	0	224	341	7371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.02	7185
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	6895
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.97	1.984	9763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.134	3.011	15873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.022	5	835
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.454	24.763	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.972	15	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.093	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7709
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.065	4.248	3352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.065	4.248	3351
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.127	6.353	4180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.127	6.354	4181
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.364	4.603	3833
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.363	4.603	3833
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.697	6.705	5583
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.192	48.396	7955
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.192	48.402	7956
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	200	-
R_work	0.28	3847	-
obs	-	-	99.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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