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- PDB-4zbl: Phototoxic fluorescent protein mKillerOrange -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zbl
タイトルPhototoxic fluorescent protein mKillerOrange
要素KillerOrange
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / Phototoxicity / Beta-barrel (Βバレル) / QWG chromophore
機能・相同性
機能・相同性情報


生物発光 / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / KillerRed
類似検索 - 構成要素
生物種Hydrozoa (ヒドロ虫綱)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Pletnev, V.Z. / Pletneva, N.V. / Pletnev, S.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation14-14-00281 ロシア
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Phototoxic Orange Fluorescent Proteins with a Tryptophan-Based Chromophore.
著者: Pletneva, N.V. / Pletnev, V.Z. / Sarkisyan, K.S. / Gorbachev, D.A. / Egorov, E.S. / Mishin, A.S. / Lukyanov, K.A. / Dauter, Z. / Pletnev, S.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for phototoxicity of the genetically encoded photosensitizer KillerRed.
著者: Pletnev, S. / Gurskaya, N.G. / Pletneva, N.V. / Lukyanov, K.A. / Chudakov, D.M. / Martynov, V.I. / Popov, V.O. / Kovalchuk, M.V. / Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Pletnev, V.
履歴
登録2015年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月10日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.02024年5月15日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.details / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KillerOrange
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4404
ポリマ－27,0631
非ポリマー3763
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • MONOMERIC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.160, 64.160, 47.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 KillerOrange


分子量: 27063.434 Da / 分子数: 1 / 変異: Y66W / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: KillerOrange / 由来: (組換発現) Hydrozoa (ヒドロ虫綱) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q2TCH5
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.09M citric acid, pH 3.5, 22.5% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 29879 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 0.93 / Net I/av σ(I): 31.322 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 115789
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.57-1.633.50.2429100.930.150.2840.83396
1.63-1.693.90.20229460.9590.1180.2340.87496.9
1.69-1.773.90.15429860.9770.0890.1780.83497.8
1.77-1.863.90.10329530.990.060.1190.83297.8
1.86-1.983.90.07230120.9940.0420.0830.84997.6
1.98-2.133.90.05329880.9970.030.0610.8698.8
2.13-2.353.90.04329990.9980.0250.050.85698.6
2.35-2.683.90.0430210.9980.0230.0460.99298.9
2.68-3.383.90.03930310.9970.0230.0451.50499.3
3.38-503.90.02330330.9990.0130.0260.84699.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GB3

3gb3


解像度: 1.57→27.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.1748 / WRfactor Rwork: 0.1452 / FOM work R set: 0.9029 / SU R Cruickshank DPI: 0.075 / SU Rfree: 0.0764 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1752 1506 5 %RANDOM
Rwork0.1443 ---
obs0.1458 28368 98.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.37 Å2 / Biso mean: 16.076 Å2 / Biso min: 6.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.05 Å20 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→27.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1786 0 25 158 1969
Biso mean--22.05 28.74 -
残基数----226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0191999
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2421.9722734
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.75634122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5915249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.45223.84691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.06815309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.271511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0310.02474
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 106 -
Rwork0.184 2036 -
all-2142 -
obs--95.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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