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- PDB-4zbh: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE SOLUBLE DOMAIN OF SULFOLOBUS ACIDOCA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zbh
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF THE SOLUBLE DOMAIN OF SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS FLAF
要素Conserved flagellar protein F
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN-LIKE BETA-SANDWICH / stator protein
機能・相同性identical protein binding / membrane / Conserved flagellar protein F
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Tsai, C.-L. / Arvai, A.S. / Ishida, J.P. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: FlaF Is a beta-Sandwich Protein that Anchors the Archaellum in the Archaeal Cell Envelope by Binding the S-Layer Protein.
著者: Banerjee, A. / Tsai, C.L. / Chaudhury, P. / Tripp, P. / Arvai, A.S. / Ishida, J.P. / Tainer, J.A. / Albers, S.V.
履歴
登録2015年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved flagellar protein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2491
ポリマ－16,2491
非ポリマー00
水3,099172
1
A: Conserved flagellar protein F

A: Conserved flagellar protein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4982
ポリマ－32,4982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area1020 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.407, 52.407, 100.241
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細Dimer according to SAXS and gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Conserved flagellar protein F


分子量: 16248.860 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 35-164 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
遺伝子: Saci_1175 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4J9K8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3 M POTASSIUM CHLORIDE AND 50 mM HEPES, PH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 22800 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 62.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5→46.44 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 1082 4.99 %
Rwork0.158 --
obs0.16 21699 93.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数929 0 0 174 1103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005954
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0421317
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.529332
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068159
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006165
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4997-1.5680.25241120.16392209X-RAY DIFFRACTION83
1.568-1.65070.25861320.13642430X-RAY DIFFRACTION90
1.6507-1.75410.20271330.12342507X-RAY DIFFRACTION93
1.7541-1.88950.17641300.1192540X-RAY DIFFRACTION93
1.8895-2.07970.16361330.1162577X-RAY DIFFRACTION95
2.0797-2.38060.18111430.13342679X-RAY DIFFRACTION97
2.3806-2.99920.22711430.17762724X-RAY DIFFRACTION98
2.9992-46.46510.1911560.17552951X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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