PDB-4zah: Crystal structure of sugar aminotransferase WecE with External Al...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zah

タイトル

Crystal structure of sugar aminotransferase WecE with External Aldimine VII from Escherichia coli K-12

要素

dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

キーワード

TRANSFERASE / sugar aminotransferase / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro

機能・相同性

機能・相同性情報

dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase / dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase activity / enterobacterial common antigen biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Wang, F. / Singh, S. / Cao, H. / Xu, W. / Miller, M.D. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U01GM098248	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA84374	米国

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the Stereochemical Control of Amine Installation in Nucleotide Sugar Aminotransferases.
著者: Wang, F. / Singh, S. / Xu, W. / Helmich, K.E. / Miller, M.D. / Cao, H. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2015年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2015年4月29日	ID: 4WFP
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Database references
改定 1.2	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.3	2015年10月7日	Group: Database references
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zah.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zah.ent.gz	1014.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zah.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zah_validation.pdf.gz	5.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zah_full_validation.pdf.gz	5.9 MB	表示
XML形式データ	4zah_validation.xml.gz	118.4 KB	表示
CIF形式データ	4zah_validation.cif.gz	154.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/4zah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/4zah	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4piwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5u21-1 4zas-3 3nu7-d 4piw-2 4ot8-2 4piw-3 1mdo-2 4piw-1 3bn1-2 5u21-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NatPro-GO.120448

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

B: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

C: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

D: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

E: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

F: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

G: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

H: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

ヘテロ分子

359 kDa, 8 ポリマー
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1

A: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

B: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

D: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

F: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

ヘテロ分子

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89.8 kDa, 2 ポリマー
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4

G: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

H: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.071, 103.935, 109.386
Angle α, β, γ (deg.)	72.10, 73.55, 74.08
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase / Lipopolysaccharide biosynthesis protein RffA 分子量: 44117.266 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rffA, wecE, yifI, b3791, JW3765 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P27833, dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase
#2: 化合物	ChemComp-T5K / [[(2R,3S,5R)-5-[5-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3R,4S,5R,6R)-6-methyl-5-[(E)-[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylideneamino]-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl] hydrogen phosphate 分子量: 776.471 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₅N₄O₁₉P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 685 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 10% v/v 2-Propanol, 0.1M Sodium Citrate pH 5.0, 26% v/v PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月30日
放射	モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→48.207 Å / Num. obs: 233383 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.63 % / B_iso Wilson estimate: 35.87 Å² / R_merge F obs: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.253 / R_rim(I) all: 0.332 / Χ²: 1.029 / Net I/σ(I): 5.58 / Num. measured all: 2362623
反射シェル	解像度: 2.24→2.27 Å / R_merge F obs: 0.021 / R_merge(I) obs: 1.465 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. measured obs: 24887 / Num. possible: 60604 / Num. unique obs: 13649 / R_rim(I) all: 12.315 / Rejects: 0 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1951	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PIW

4piw

解像度: 2.24→48.207 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2457	3989	1.2 %	Random selection
R_work	0.203	-	-	-
obs	0.2035	331553	99.46 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→48.207 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23043	0	400	685	24128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	24225
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.288	32921
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.511	8721
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	3635
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	4195

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.24-2.2673	0.4212	144	0.3583	11730	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2673-2.296	0.3729	148	0.3438	11585	X-RAY DIFFRACTION	99
2.296-2.3262	0.3652	118	0.3306	11845	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3262-2.3581	0.3477	169	0.3147	11473	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3581-2.3918	0.3423	129	0.302	11743	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3918-2.4275	0.2903	150	0.2765	11700	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4275-2.4654	0.2802	154	0.2769	11677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4654-2.5058	0.3486	96	0.2651	11744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5058-2.549	0.3397	172	0.2636	11695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.549-2.5954	0.2785	148	0.2484	11796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5954-2.6453	0.2662	138	0.2414	11649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6453-2.6993	0.2699	136	0.24	11681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6993-2.758	0.2273	159	0.2374	11701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.758-2.8221	0.3509	124	0.2371	11777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8221-2.8927	0.271	160	0.2298	11718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8927-2.9709	0.2938	134	0.2321	11762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9709-3.0583	0.2405	144	0.2348	11772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0583-3.157	0.2874	136	0.2271	11716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.157-3.2698	0.2481	146	0.2319	11634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2698-3.4007	0.3042	138	0.2198	11788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4007-3.5554	0.2185	146	0.1991	11665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5554-3.7428	0.2339	146	0.185	11737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7428-3.9772	0.2112	143	0.1743	11752	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9772-4.2841	0.2485	134	0.1604	11689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2841-4.7149	0.1825	143	0.144	11663	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7149-5.3964	0.1971	150	0.1497	11692	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3964-6.7958	0.1811	142	0.1547	11678	X-RAY DIFFRACTION	99
6.7958-48.2186	0.1808	142	0.1459	11502	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.187	0.4627	-0.0761	1.5973	-0.4333	0.8472	0.1309	-0.171	-0.4359	0.0529	-0.2382	-0.5513	0.123	0.1	0.0937	0.5007	-0.0232	0.0235	0.2361	0.0864	0.5368	-152.4297	371.6882	68.751
2	1.9905	0.4939	0.1754	1.6221	-0.4552	1.1802	0.0779	-0.1631	-0.1709	-0.1376	0.0018	-0.0162	0.0973	-0.0896	-0.0725	0.4713	-0.08	-0.0008	0.2037	0.0188	0.2662	-186.1229	371.7412	70.9877
3	1.9828	0.8174	0.1328	1.9524	0.3715	1.6977	0.0036	-0.0359	0.2522	0.2104	-0.1429	-0.1511	-0.1598	0.2759	0.127	0.3779	-0.0596	-0.1351	0.2464	0.0942	0.4785	-158.1908	321.9472	67.7449
4	1.2619	0.1326	0.4051	1.2413	0.1508	0.7033	0.0004	-0.3035	0.904	0.1589	-0.1871	0.2966	-0.0845	-0.0298	0.1657	0.4338	-0.0639	0.023	0.2855	-0.2108	0.7335	-192.0856	321.9738	70.2354
5	0.605	-0.3246	0.4581	0.3861	-0.2306	0.4494	-0.0783	0.2115	0.1643	-0.1187	0.1011	0.0149	0.1848	-0.1707	-0.0295	0.7057	-0.314	-0.0961	0.9441	0.3046	0.4349	-143.0072	319.7491	14.1823
6	0.2219	-0.1557	0.2337	0.8476	-0.3337	0.596	-0.1835	0.3097	0.3629	-0.11	0.2088	0.4986	-0.0505	-0.3495	-0.1259	0.7663	-0.5174	-0.3856	1.4954	0.8154	0.4269	-175.7347	319.5741	17.2631
7	0.2816	-0.0261	-0.0746	0.6444	0.0531	0.085	-0.007	0.4713	-0.2024	-0.8212	0.0081	-0.1207	0.596	-0.0194	-0.0266	1.6299	-0.1443	0.0543	0.6761	-0.1458	0.4239	-177.6476	367.4725	20.2015
8	0.2014	-0.1753	-0.1681	0.2074	-0.1537	0.1457	0.1906	0.3347	-0.2087	-0.3816	0.129	0.3787	0.6323	-0.3685	-0.1889	1.6763	-0.8216	-0.6363	0.9796	-0.0109	0.3741	-210.5383	367.2333	22.2156

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A'
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D'
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E'
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F'
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G'
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)