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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z9v
タイトルTCTP contains a BH3-like domain, which instead of inhibiting, activates Bcl-xL
要素
  • Bcl-2-like protein 1,APOPTOSIS REGULATOR BCL-XL
  • Translationally-controlled tumor protein
キーワードAPOPTOSIS / TCTP / apoptose / BH3
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / fertilization / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / Bcl-2 family protein complex / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / apoptotic mitochondrial changes / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / germ cell development / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cytoplasmic microtubule / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / multivesicular body / response to cytokine / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / response to virus / intracellular calcium ion homeostasis / synaptic vesicle membrane / endocytosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / male gonad development / RAS processing / spindle pole / calcium ion transport / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / spermatogenesis / nuclear membrane / defense response to virus / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / centrosome / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain signature 1. / Translationally controlled tumour protein, conserved site / Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain signature 2. / Translationally controlled tumour protein / Translationally controlled tumour protein (TCTP) domain / Translationally controlled tumour protein / Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain profile. / Mss4/translationally controlled tumour-associated TCTP / Mss4-like superfamily / Apoptosis regulator, Bcl-X ...Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain signature 1. / Translationally controlled tumour protein, conserved site / Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain signature 2. / Translationally controlled tumour protein / Translationally controlled tumour protein (TCTP) domain / Translationally controlled tumour protein / Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain profile. / Mss4/translationally controlled tumour-associated TCTP / Mss4-like superfamily / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / Translationally-controlled tumor protein / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Cura, V. / Agez, M. / Thebault, S. / Cavarelli, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: TCTP contains a BH3-like domain, which instead of inhibiting, activates Bcl-xL.
著者: Thebault, S. / Agez, M. / Chi, X. / Stojko, J. / Cura, V. / Telerman, S.B. / Maillet, L. / Gautier, F. / Billas-Massobrio, I. / Birck, C. / Troffer-Charlier, N. / Karafin, T. / Honore, J. / ...著者: Thebault, S. / Agez, M. / Chi, X. / Stojko, J. / Cura, V. / Telerman, S.B. / Maillet, L. / Gautier, F. / Billas-Massobrio, I. / Birck, C. / Troffer-Charlier, N. / Karafin, T. / Honore, J. / Senff-Ribeiro, A. / Montessuit, S. / Johnson, C.M. / Juin, P. / Cianferani, S. / Martinou, J.C. / Andrews, D.W. / Amson, R. / Telerman, A. / Cavarelli, J.
履歴
登録2015年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1,APOPTOSIS REGULATOR BCL-XL
B: Bcl-2-like protein 1,APOPTOSIS REGULATOR BCL-XL
C: Translationally-controlled tumor protein
D: Translationally-controlled tumor protein
E: Translationally-controlled tumor protein
F: Translationally-controlled tumor protein
G: Translationally-controlled tumor protein
H: Translationally-controlled tumor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,91412
ポリマ－49,7468
非ポリマー1684
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16280 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area17720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.357, 100.357, 105.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-21-

ARG

-
要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1,APOPTOSIS REGULATOR BCL-XL / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 17487.459 Da / 分子数: 2
変異: FRAGMENT: BCL-XL DELTA-LOOP, residues 1-28 and residues 83-208
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 細胞株 (発現宿主): pRARE2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド
Translationally-controlled tumor protein / TCTP / Fortilin / Histamine-releasing factor / HRF / p23


分子量: 2461.807 Da / 分子数: 6 / 変異: Nterminal peptide / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TRANSLATIONALLY CONTROLLED TUMOR PROTEIN; N terminal Fragment 11-31
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPT1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13693
#3: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.5M Tris-sodium citrate, 100mM Pipes pH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.099→46.535 Å / Num. obs: 31973 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.099→2.23 Å / 冗長度: 12.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1702精密化
XDSデータ削減
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P1L

2p1l


解像度: 2.099→46.535 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 27.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2218 2995 5.01 %Random selection
Rwork0.1851 ---
obs0.187 31874 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.099→46.535 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3369 0 10 57 3436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033448
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7694640
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4281251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003601
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0988-2.13320.39481350.35872532X-RAY DIFFRACTION94
2.1332-2.170.34891440.33872696X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.20950.36081430.31922701X-RAY DIFFRACTION100
2.2095-2.2520.34291380.30482701X-RAY DIFFRACTION100
2.252-2.29790.3871440.28322719X-RAY DIFFRACTION100
2.2979-2.34790.27451480.26722705X-RAY DIFFRACTION100
2.3479-2.40250.3321440.26112704X-RAY DIFFRACTION100
2.4025-2.46260.31451420.24532724X-RAY DIFFRACTION100
2.4626-2.52920.27141400.24372719X-RAY DIFFRACTION100
2.5292-2.60360.26621460.24352696X-RAY DIFFRACTION100
2.6036-2.68760.27081410.24212711X-RAY DIFFRACTION100
2.6876-2.78360.26871490.22582719X-RAY DIFFRACTION100
2.7836-2.89510.22981430.21632701X-RAY DIFFRACTION100
2.8951-3.02680.27511470.22182710X-RAY DIFFRACTION100
3.0268-3.18640.2261390.21062703X-RAY DIFFRACTION100
3.1864-3.38590.30321400.20542727X-RAY DIFFRACTION100
3.3859-3.64730.18951440.17492693X-RAY DIFFRACTION100
3.6473-4.01410.17741470.14652724X-RAY DIFFRACTION100
4.0141-4.59460.17261390.13552718X-RAY DIFFRACTION100
4.5946-5.78690.17021400.14962706X-RAY DIFFRACTION100
5.7869-46.54620.20091420.15822717X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.89140.5822.34864.1381-3.66847.1996-0.0038-0.150.3628-0.06930.1371-0.0333-0.00930.0357-0.12750.39680.03950.05260.3756-0.00720.413233.156732.041132.5739
25.52393.22192.53779.11663.58866.7873-0.47860.501-0.3164-1.14720.10850.32530.13230.0750.37320.7090.07630.10520.36270.00610.475421.103514.067221.433
36.0132-5.17051.99464.295-2.0324.0427-0.09490.1649-1.0619-0.07330.14250.95450.5057-0.6146-0.1430.5286-0.02330.03120.48130.00260.69167.0598.984230.9467
46.8935-1.0621-0.13723.9799-0.55762.2042-0.05690.1324-0.24-0.0649-0.0486-0.29140.31790.0940.05480.47680.00980.04840.32960.02110.434219.28113.806230.187
55.0152.8118-3.34913.0103-1.51753.7226-0.3202-0.1958-0.0196-0.309-0.0048-0.25350.26170.41780.28490.47390.11280.04920.37560.01630.449428.243327.81924.256
63.0342-0.04881.46562.7185-1.09637.1919-0.05180.28550.526-0.04060.0581-0.2831-0.44510.56130.02310.4041-0.01960.10550.42940.03230.588738.363839.675324.5266
71.68393.25090.61656.69-0.27945.6795-0.61840.436-1.2405-0.79960.3383-0.0408-0.1612-0.09460.04070.82350.0510.03910.4174-0.06490.655517.46122.779623.0516
84.22683.9165.63199.39983.27279.92620.04621.0660.98340.25690.3788-0.395-0.09671.3561-0.13730.5396-0.00230.1670.82390.06320.652544.933439.721514.5875
96.8274-6.6538-6.37847.03346.7986.60060.50410.59330.213-1.161-0.48230.7582-1.3816-1.0618-0.46290.77750.14-0.02550.84510.10661.06615.47835.8822.7314
103.809-3.59121.24923.666-0.33796.6236-0.0575-1.20130.50111.0560.24761.1254-0.1072-1.107-0.23790.63310.02320.15410.5999-0.06270.77787.37332.5835.1115
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127.33390.44843.30962.1768-1.23332.50910.1517-0.45310.30480.0388-0.81030.1615-0.8181-0.21860.41370.52950.0094-0.00490.6864-0.07980.673836.904933.762246.3433
135.96836.7291-5.17077.872-6.15464.88750.9115-0.04872.57230.5281-0.17581.6604-1.18360.2281-0.82690.56670.04310.07360.5368-0.04461.019816.687141.189532.345
142.175-0.8767-2.01932.1686-0.98277.6014-0.3582-1.17750.59370.49380.28210.2073-1.4888-0.3633-0.00950.7260.16030.06440.70120.01150.663214.914831.203334.6694
158.87133.00764.48012.29652.47049.36720.2773-1.7459-0.14060.3679-0.44890.59481.2633-0.73320.19860.6378-0.03980.06890.9542-0.00570.624327.733524.471346.0106
169.5215-2.64721.7867.6342-3.64918.5551-0.7612-1.11490.54491.20170.7155-0.5012-0.544-0.43120.08470.70490.049-0.07110.6498-0.06560.634330.944532.639740.3264
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 111 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 112 through 136 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 137 through 208 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 110 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 111 through 207 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 15 through 29 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 14 through 29 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 11 through 19 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 20 through 31 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 11 through 19 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 20 through 30 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resid 11 through 23 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resid 24 through 31 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 11 through 23 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 24 through 31 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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