PDB-4z9v: TCTP contains a BH3-like domain, which instead of inhibiting, act...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z9v

タイトル

TCTP contains a BH3-like domain, which instead of inhibiting, activates Bcl-xL

要素

Bcl-2-like protein 1,APOPTOSIS REGULATOR BCL-XL
Translationally-controlled tumor protein

キーワード

APOPTOSIS / TCTP / apoptose / BH3

機能・相同性

機能・相同性情報

apoptotic process in bone marrow cell / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process ...apoptotic process in bone marrow cell / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / fertilization / regulation of mitochondrial membrane permeability / regulation of growth / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cytoplasmic microtubule / BH3 domain binding / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / multivesicular body / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / response to cytokine / cellular response to amino acid stimulus / response to virus / cellular response to gamma radiation / spindle pole / synaptic vesicle membrane / intracellular calcium ion homeostasis / RAS processing / endocytosis / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / calcium ion transport / spermatogenesis / nuclear membrane / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / defense response to virus / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / centrosome / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.099 Å

データ登録者

Cura, V. / Agez, M. / Thebault, S. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: TCTP contains a BH3-like domain, which instead of inhibiting, activates Bcl-xL.
著者: Thebault, S. / Agez, M. / Chi, X. / Stojko, J. / Cura, V. / Telerman, S.B. / Maillet, L. / Gautier, F. / Billas-Massobrio, I. / Birck, C. / Troffer-Charlier, N. / Karafin, T. / Honore, J. / ...

履歴

登録	2015年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z9v.cif.gz	185.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z9v.ent.gz	149.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z9v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/4z9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/4z9v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2p1lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1tgv-d 1pvw-2 2pjl-d 3zlg-3 5oc2-1 6l5q-d 2ewp-3 6l5r-d 3zlf-4 6eo5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (12) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bcl-2-like protein 1,APOPTOSIS REGULATOR BCL-XL

B: Bcl-2-like protein 1,APOPTOSIS REGULATOR BCL-XL

C: Translationally-controlled tumor protein

D: Translationally-controlled tumor protein

E: Translationally-controlled tumor protein

F: Translationally-controlled tumor protein

G: Translationally-controlled tumor protein

H: Translationally-controlled tumor protein

ヘテロ分子

49.9 kDa, 8 ポリマー
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1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.357, 100.357, 105.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	F-21- ARG

#1: タンパク質	Bcl-2-like protein 1,APOPTOSIS REGULATOR BCL-XL / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X 分子量: 17487.459 Da / 分子数: 2 変異: FRAGMENT: BCL-XL DELTA-LOOP, residues 1-28 and residues 83-208 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 細胞株 (発現宿主): pRARE2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド	Translationally-controlled tumor protein / TCTP / Fortilin / Histamine-releasing factor / HRF / p23 分子量: 2461.807 Da / 分子数: 6 / 変異: Nterminal peptide / 由来タイプ: 組換発現詳細: TRANSLATIONALLY CONTROLLED TUMOR PROTEIN; N terminal Fragment 11-31 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPT1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13693
#3: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.5M Tris-sodium citrate, 100mM Pipes pH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.099→46.535 Å / Num. obs: 31973 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 2.099→2.23 Å / 冗長度: 12.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1702	精密化
XDS		データ削減
HKL-2000		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P1L

2p1l

解像度: 2.099→46.535 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 27.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2218	2995	5.01 %	Random selection
R_work	0.1851	-	-	-
obs	0.187	31874	99.69 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.099→46.535 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3369	0	10	57	3436

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3448
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.769	4640
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.428	1251
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	601

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0988-2.1332	0.3948	135	0.3587	2532	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1332-2.17	0.3489	144	0.3387	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.2095	0.3608	143	0.3192	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2095-2.252	0.3429	138	0.3048	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.252-2.2979	0.387	144	0.2832	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2979-2.3479	0.2745	148	0.2672	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3479-2.4025	0.332	144	0.2611	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4025-2.4626	0.3145	142	0.2453	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4626-2.5292	0.2714	140	0.2437	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5292-2.6036	0.2662	146	0.2435	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6036-2.6876	0.2708	141	0.2421	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6876-2.7836	0.2687	149	0.2258	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7836-2.8951	0.2298	143	0.2163	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8951-3.0268	0.2751	147	0.2218	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0268-3.1864	0.226	139	0.2106	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1864-3.3859	0.3032	140	0.2054	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3859-3.6473	0.1895	144	0.1749	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6473-4.0141	0.1774	147	0.1465	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0141-4.5946	0.1726	139	0.1355	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5946-5.7869	0.1702	140	0.1496	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7869-46.5462	0.2009	142	0.1582	2717	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8914	0.582	2.3486	4.1381	-3.6684	7.1996	-0.0038	-0.15	0.3628	-0.0693	0.1371	-0.0333	-0.0093	0.0357	-0.1275	0.3968	0.0395	0.0526	0.3756	-0.0072	0.4132	33.1567	32.0411	32.5739
2	5.5239	3.2219	2.5377	9.1166	3.5886	6.7873	-0.4786	0.501	-0.3164	-1.1472	0.1085	0.3253	0.1323	0.075	0.3732	0.709	0.0763	0.1052	0.3627	0.0061	0.4754	21.1035	14.0672	21.433
3	6.0132	-5.1705	1.9946	4.295	-2.032	4.0427	-0.0949	0.1649	-1.0619	-0.0733	0.1425	0.9545	0.5057	-0.6146	-0.143	0.5286	-0.0233	0.0312	0.4813	0.0026	0.6916	7.059	8.9842	30.9467
4	6.8935	-1.0621	-0.1372	3.9799	-0.5576	2.2042	-0.0569	0.1324	-0.24	-0.0649	-0.0486	-0.2914	0.3179	0.094	0.0548	0.4768	0.0098	0.0484	0.3296	0.0211	0.4342	19.281	13.8062	30.187
5	5.015	2.8118	-3.3491	3.0103	-1.5175	3.7226	-0.3202	-0.1958	-0.0196	-0.309	-0.0048	-0.2535	0.2617	0.4178	0.2849	0.4739	0.1128	0.0492	0.3756	0.0163	0.4494	28.2433	27.819	24.256
6	3.0342	-0.0488	1.4656	2.7185	-1.0963	7.1919	-0.0518	0.2855	0.526	-0.0406	0.0581	-0.2831	-0.4451	0.5613	0.0231	0.4041	-0.0196	0.1055	0.4294	0.0323	0.5887	38.3638	39.6753	24.5266
7	1.6839	3.2509	0.6165	6.69	-0.2794	5.6795	-0.6184	0.436	-1.2405	-0.7996	0.3383	-0.0408	-0.1612	-0.0946	0.0407	0.8235	0.051	0.0391	0.4174	-0.0649	0.6555	17.4612	2.7796	23.0516
8	4.2268	3.916	5.6319	9.3998	3.2727	9.9262	0.0462	1.066	0.9834	0.2569	0.3788	-0.395	-0.0967	1.3561	-0.1373	0.5396	-0.0023	0.167	0.8239	0.0632	0.6525	44.9334	39.7215	14.5875
9	6.8274	-6.6538	-6.3784	7.0334	6.798	6.6006	0.5041	0.5933	0.213	-1.161	-0.4823	0.7582	-1.3816	-1.0618	-0.4629	0.7775	0.14	-0.0255	0.8451	0.1066	1.0661	5.478	35.88	22.7314
10	3.809	-3.5912	1.2492	3.666	-0.3379	6.6236	-0.0575	-1.2013	0.5011	1.056	0.2476	1.1254	-0.1072	-1.107	-0.2379	0.6331	0.0232	0.1541	0.5999	-0.0627	0.7778	7.373	32.58	35.1115
11	9.7854	0.257	2.0854	9.1098	5.6143	3.8548	0.4769	0.0575	-0.0943	-0.0191	-0.2071	-0.9791	1.5514	-0.1345	-0.2888	0.6973	0.0801	-0.004	0.8351	0.0415	0.6471	43.5005	23.6057	44.7218
12	7.3339	0.4484	3.3096	2.1768	-1.2333	2.5091	0.1517	-0.4531	0.3048	0.0388	-0.8103	0.1615	-0.8181	-0.2186	0.4137	0.5295	0.0094	-0.0049	0.6864	-0.0798	0.6738	36.9049	33.7622	46.3433
13	5.9683	6.7291	-5.1707	7.872	-6.1546	4.8875	0.9115	-0.0487	2.5723	0.5281	-0.1758	1.6604	-1.1836	0.2281	-0.8269	0.5667	0.0431	0.0736	0.5368	-0.0446	1.0198	16.6871	41.1895	32.345
14	2.175	-0.8767	-2.0193	2.1686	-0.9827	7.6014	-0.3582	-1.1775	0.5937	0.4938	0.2821	0.2073	-1.4888	-0.3633	-0.0095	0.726	0.1603	0.0644	0.7012	0.0115	0.6632	14.9148	31.2033	34.6694
15	8.8713	3.0076	4.4801	2.2965	2.4704	9.3672	0.2773	-1.7459	-0.1406	0.3679	-0.4489	0.5948	1.2633	-0.7332	0.1986	0.6378	-0.0398	0.0689	0.9542	-0.0057	0.6243	27.7335	24.4713	46.0106
16	9.5215	-2.6472	1.786	7.6342	-3.6491	8.5551	-0.7612	-1.1149	0.5449	1.2017	0.7155	-0.5012	-0.544	-0.4312	0.0847	0.7049	0.049	-0.0711	0.6498	-0.0656	0.6343	30.9445	32.6397	40.3264

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 83 through 111 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 112 through 136 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 137 through 208 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 110 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 111 through 207 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 15 through 29 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 14 through 29 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 11 through 19 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 20 through 31 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'F' and (resid 11 through 19 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resid 20 through 30 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'G' and (resid 11 through 23 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'G' and (resid 24 through 31 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'H' and (resid 11 through 23 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'H' and (resid 24 through 31 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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