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万見
- PDB-2ewp: Crystal structure of Estrogen Related Receptor-3 (ERR-gamma) liga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ewp
タイトルCrystal structure of Estrogen Related Receptor-3 (ERR-gamma) ligand binding domaind with tamoxifen analog GSK5182
要素Estrogen-related receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / Tamoxifen / ERR / Estrogen Related Receptor / Orphan Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / retinoic acid receptor signaling pathway / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / retinoic acid receptor signaling pathway / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type ...Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TXF / Estrogen-related receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nolte, R.T.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006
タイトル: Structure-guided synthesis of tamoxifen analogs with improved selectivity for the orphan ERRgamma.
著者: Chao, E.Y. / Collins, J.L. / Gaillard, S. / Miller, A.B. / Wang, L. / Orband-Miller, L.A. / Nolte, R.T. / McDonnell, D.P. / Willson, T.M. / Zuercher, W.J.
履歴
登録2005年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen-related receptor gamma
B: Estrogen-related receptor gamma
C: Estrogen-related receptor gamma
D: Estrogen-related receptor gamma
E: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,37710
ポリマ－128,2895
非ポリマー2,0885
水7,422412
1
A: Estrogen-related receptor gamma
B: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1514
ポリマ－51,3162
非ポリマー8352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20350 Å2
手法PISA
2
C: Estrogen-related receptor gamma
D: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1514
ポリマ－51,3162
非ポリマー8352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20090 Å2
手法PISA
3
E: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子

E: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1514
ポリマ－51,3162
非ポリマー8352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)106.876, 75.776, 185.092
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 6

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1PROPROAA233 - 4551 - 223
2PROPROBB233 - 4551 - 223
3TYRTYRCC234 - 4552 - 223
4ASNASNDD235 - 4553 - 223
5ILEILEEE237 - 4555 - 223

-
要素

#1: タンパク質
Estrogen-related receptor gamma / Estrogen receptor-related protein 3 / ERR gamma-2


分子量: 25657.822 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESRRG, ERR3, ERRG2, KIAA0832, NR3B3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62508
#2: 化合物
ChemComp-TXF / (Z)-4-(1-{4-[2-(DIMETHYLAMINO)ETHOXY]PHENYL}-5-HYDROXY-2-PHENYLPENT-1-ENYL)PHENOL / GSK5182


分子量: 417.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H31NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.42 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M sodium Citrate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.94 Å / Num. all: 63796 / Num. obs: 55805 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.057

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Unliganded ERRgamma structure

解像度: 2.3→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 16.7 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.354 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24694 1697 3 %RANDOM
Rwork0.1866 ---
all0.18841 55718 --
obs0.18841 54021 87.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.442 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20 Å2-0.46 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8750 0 155 412 9317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0229355
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1832.00512695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.797320359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5751160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.1226.01396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.998151752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9021525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0210271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.22291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1670.28604
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.24612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.25003
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2440
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0480.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2230.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.451.56255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0781.52274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66329260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.05433998
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5884.53435
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3015 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.415
2Bloose positional0.475
3Cloose positional0.455
4Dloose positional0.635
5Eloose positional0.575
1Aloose thermal2.0910
2Bloose thermal2.2110
3Cloose thermal1.9410
4Dloose thermal1.5110
5Eloose thermal2.5910
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 46 -
Rwork0.301 1708 -
obs--37.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72190.0926-0.00731.9480.38163.08880.0183-0.12190.00010.04740.04190.0489-0.1481-0.0859-0.0603-0.17980.0061-0.0852-0.29350.0246-0.282825.6770.1220.665
21.4497-0.28650.17492.76770.37143.1897-0.0435-0.1326-0.17430.2370.03980.16450.2384-0.38570.0037-0.16720.002-0.0714-0.27070.0356-0.278322.301-26.23614.217
32.3921-0.070.64373.5998-0.9233.28730.1666-0.15520.05410.3031-0.1238-0.0556-0.06440.1275-0.0429-0.22750.0357-0.1225-0.2072-0.0193-0.283643.96815.28463.751
42.4139-1.06970.28122.7245-0.17863.50830.03120.12050.3428-0.0165-0.08060.0526-0.4199-0.26630.0495-0.10320.1463-0.042-0.26170.0452-0.239827.82731.23849.202
58.343-0.16510.66541.61290.17693.6645-0.58130.0998-0.37030.34250.1883-0.21790.4132-0.26750.3930.2802-0.167-0.1468-0.2338-0.03050.012216.38-19.46988.13
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA233 - 4561 - 224
2X-RAY DIFFRACTION2BB233 - 4561 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3CC234 - 4562 - 224
4X-RAY DIFFRACTION4DD235 - 4553 - 223
5X-RAY DIFFRACTION5EE237 - 4555 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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