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- PDB-4z9g: Crystal structure of human corticotropin-releasing factor recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z9g
タイトルCrystal structure of human corticotropin-releasing factor receptor 1 (CRF1R) in complex with the antagonist CP-376395 in a hexagonal setting with translational non-crystallographic symmetry
要素Corticotropin-releasing factor receptor 1,Lysozyme,Corticotropin-releasing factor receptor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / 7TM / GPCR / FAMILY B / G-PROTEIN / MEMBRANE / MEMBRANE PROTEIN / RECEPTOR / tNCS / HEXAGONAL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of adenylate cyclase activity involved in G protein-coupled receptor signaling pathway / corticotropin-releasing hormone binding / regulation of corticosterone secretion / corticotrophin-releasing factor receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor activity / corticotropin secretion / general adaptation syndrome, behavioral process / parturition / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity ...regulation of adenylate cyclase activity involved in G protein-coupled receptor signaling pathway / corticotropin-releasing hormone binding / regulation of corticosterone secretion / corticotrophin-releasing factor receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor activity / corticotropin secretion / general adaptation syndrome, behavioral process / parturition / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / behavioral response to ethanol / cytolysis / fear response / G protein-coupled peptide receptor activity / Class B/2 (Secretin family receptors) / exploration behavior / adrenal gland development / viral release from host cell by cytolysis / activation of adenylate cyclase activity / peptidoglycan catabolic process / female pregnancy / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / G alpha (s) signalling events / host cell cytoplasm / cell surface receptor signaling pathway / endosome / defense response to bacterium / neuron projection / immune response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 1 / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site ...GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 1 / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1Q5 / OLEIC ACID / Endolysin / Corticotropin-releasing factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage RB51 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.183 Å
データ登録者Dore, A.S. / Bortolato, A. / Hollenstein, K. / Cheng, R.K.Y. / Read, R.J. / Marshall, F.H.
引用ジャーナル: Curr Mol Pharmacol / 年: 2017
タイトル: Decoding Corticotropin-Releasing Factor Receptor Type 1 Crystal Structures.
著者: Dore, A.S. / Bortolato, A. / Hollenstein, K. / Cheng, R.K.Y. / Read, R.J. / Marshall, F.H.
履歴
登録2015年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corticotropin-releasing factor receptor 1,Lysozyme,Corticotropin-releasing factor receptor 1
B: Corticotropin-releasing factor receptor 1,Lysozyme,Corticotropin-releasing factor receptor 1
C: Corticotropin-releasing factor receptor 1,Lysozyme,Corticotropin-releasing factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,02419
ポリマ－151,9323
非ポリマー4,09216
水00
1
A: Corticotropin-releasing factor receptor 1,Lysozyme,Corticotropin-releasing factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0107
ポリマ－50,6441
非ポリマー1,3666
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Corticotropin-releasing factor receptor 1,Lysozyme,Corticotropin-releasing factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8185
ポリマ－50,6441
非ポリマー1,1744
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Corticotropin-releasing factor receptor 1,Lysozyme,Corticotropin-releasing factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1967
ポリマ－50,6441
非ポリマー1,5526
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)189.359, 189.359, 88.575
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Corticotropin-releasing factor receptor 1,Lysozyme,Corticotropin-releasing factor receptor 1 / CRFR-1 / Corticotropin-releasing hormone receptor 1


分子量: 50643.855 Da / 分子数: 3
変異: V120A, L144A, W156A, S160A, N1040S, A1041V, C1054S, C1097S, T1151A, S222L, K228A, F260A, I277A, Y309A, F330A, S349A, Y363A,V120A, L144A, W156A, S160A, N1040S, A1041V, C1054S, C1097S, T1151A, ...変異: V120A, L144A, W156A, S160A, N1040S, A1041V, C1054S, C1097S, T1151A, S222L, K228A, F260A, I277A, Y309A, F330A, S349A, Y363A,V120A, L144A, W156A, S160A, N1040S, A1041V, C1054S, C1097S, T1151A, S222L, K228A, F260A, I277A, Y309A, F330A, S349A, Y363A,V120A, L144A, W156A, S160A, N1040S, A1041V, C1054S, C1097S, T1151A, S222L, K228A, F260A, I277A, Y309A, F330A, S349A, Y363A
由来タイプ: 組換発現
詳細: CORTICOTROPIN-RELEASING FACTOR RECEPTOR 1, T4-LYSOZYME CHIMERIC CONSTRUCT
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage RB51 (ファージ)
遺伝子: CRHR1, CRFR, CRFR1, CRHR, e, RB51ORF131 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P34998, UniProt: C3V2B5, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 化合物 ChemComp-1Q5 / 3,6-dimethyl-N-(pentan-3-yl)-2-(2,4,6-trimethylphenoxy)pyridin-4-amine / CP-376395


分子量: 326.476 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N2O
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.37 % / 解説: hexagonal prisms
結晶化温度: 295.6 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: 30% (V/V) PEG 400, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE 5.5
PH範囲: 5.3 - 5.7 / Temp details: None

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K / Ambient temp details: None
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月7日
放射モノクロメーター: Graphite Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.12
反射解像度: 3.18→45.48 Å / Num. obs: 28527 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 109312 / Scaling rejects: 49
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
3.18-3.382.50.721.81028340330.0890.48182
9.55-45.484.90.06822.5557911390.9950.03296.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K5Y

4k5y


解像度: 3.183→19.91 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 34.78 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2886 1528 5.38 %Random Selection
Rwork0.2444 26923 --
obs0.2467 28393 93.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 194.91 Å2 / Biso mean: 90.6062 Å2 / Biso min: 19.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.183→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9980 0 264 0 10244
Biso mean--85.53 --
残基数----1239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88214150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1663802
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1855-3.29890.411250.34542245237075
3.2989-3.43030.36571500.32352574272485
3.4303-3.58550.32491280.30392644277288
3.5855-3.77320.34151440.28352688283289
3.7732-4.00770.31361500.2522760291091
4.0077-4.3140.26281320.23792749288191
4.314-4.74250.22361560.2222778293491
4.7425-5.41590.28761460.22532793293992
5.4159-6.77550.34151770.26422814299192
6.7755-19.50210.21981490.18582878302792
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09450.0311-0.05810.0154-0.0241-0.02030.0731-0.52040.0064-0.04580.20610.0581-0.01050.1789-00.39460.02250.07890.0013-0.03690.40643.179427.4007-16.6845
2-0.02280.0534-0.07430.01530.00240.03090.18820.15580.01030.1009-0.1175-0.03920.037-0.1268-00.6331-0.0711-0.04550.56230.07080.529416.65936.883-60.8924
30.04570.04690.0060.0334-0.0437-0.0020.17250.02450.24620.05730.1296-0.1576-0.0172-0.112400.4479-0.0122-0.02250.3913-0.01260.357912.809337.1125-24.201
40.09560.00710.01420.028-0.0130.00190.12280.00130.0761-0.07780.15220.0379-0.037-0.1774-00.48540.06210.00670.3901-0.02620.415-4.481938.3129-23.1868
50.0527-0.05070.04220.0695-0.0517-0.00670.11360.03890.066-0.06110.28810.04340.0915-0.0149-00.4926-0.0088-0.09390.35690.03040.3816-7.930485.3426-32.8259
60.21820.0356-0.0597-0.0055-0.14730.0643-0.0263-0.06450.0392-0.05530.00660.104-0.0184-0.0264-00.54870.114-0.08510.4367-0.07190.4557.297772.1673.2134
70.02350.03380.01280.03250.04490.00120.29110.1613-0.2183-0.17160.1489-0.0189-0.0647-0.2188-00.6294-0.0614-0.17950.3251-0.1090.5045-0.050167.2093-31.9623
80.0331-0.0009-0.0090.0215-0.01760.0005-0.10720.0728-0.12860.04640.02680.0573-0.0068-0.039200.5703-0.027-0.17250.3995-0.0230.6136-15.628274.7186-21.8025
90.0073-0.0257-0.00570.014-0.02830.02150.23810.0758-0.14110.10960.14390.32310.0292-0.27170-0.49490.3309-0.55850.0480.36310.0687-25.8254100.8025-31.013
10-0.03020.0144-0.01250.02110.01840.01510.26850.1651-0.00730.03980.2519-0.0418-0.01460.077300.4555-0.7807-0.00880.56880.65730.7823-34.706772.93458.6884
110.11610.0672-0.08020.14860.01430.04210.1031-0.0637-0.0697-0.04440.07680.1724-0.12240.0725-00.4751-0.0745-0.11930.52470.09340.4858-28.096189.6924-4.9501
120.05250.0235-0.02410.0421-0.02190.00610.0162-0.0517-0.0397-0.0878-0.11220.14560.019-0.0365-00.2639-0.1004-0.05710.68420.10860.444-37.1369106.1556-24.3918
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 111 through 217 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 218 through 1155 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1156 through 303 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 304 through 372 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 113 through 185 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 186 through 237 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 238 through 296 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 297 through 372 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 112 through 217 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 218 through 1080 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1081 through 303 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 304 through 370 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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