PDB-4e69: Crystal structure of a sugar kinase (target EFI-502132) from Ocea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4.0E+69

タイトル

Crystal structure of a sugar kinase (target EFI-502132) from Oceanicola granulosus, unliganded structure

要素

2-dehydro-3-deoxygluconokinase

キーワード

TRANSFERASE / putative sugar kinase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

2-dehydro-3-deoxygluconokinase activity / D-galacturonate catabolic process / D-glucuronate catabolic process / DNA damage response / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Oceanicola granulosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a sugar kinase (target EFI-502132) from Oceanicola granulosus, unliganded structure
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / ...

履歴

登録	2012年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e69.cif.gz	264.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e69.ent.gz	213 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e69.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/4e69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/4e69	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lhxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6xn0-d 6xn1-d 4ebu-1 5gxh-d 4xbx-d 5h3s-2 5h3t-1 1o7o-d 4kpn-3 5dz2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-502132

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-dehydro-3-deoxygluconokinase

B: 2-dehydro-3-deoxygluconokinase

ヘテロ分子

69.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: 2-dehydro-3-deoxygluconokinase

ヘテロ分子

B: 2-dehydro-3-deoxygluconokinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
69.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.249, 76.306, 76.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.800, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	2-dehydro-3-deoxygluconokinase 分子量: 34612.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oceanicola granulosus (バクテリア) 株: HTCC2516 / 遺伝子: OG2516_05533 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2CIP5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT; Reservoir (1 M LiCl, 0.1 M NaCitrate pH 4, 20% Peg 6000); Cryoprotection (Reservoir, + 20% Ethyelene Glycol), VAPOR ...詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT; Reservoir (1 M LiCl, 0.1 M NaCitrate pH 4, 20% Peg 6000); Cryoprotection (Reservoir, + 20% Ethyelene Glycol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.78 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT; Reservoir (1 M LiCl, 0.1 M NaCitrate pH 4, 20% Peg 6000); Cryoprotection (Reservoir, + 20% Ethyelene Glycol), VAPOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月19日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→40 Å / Num. all: 84535 / Num. obs: 84535 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 19.51 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.837 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 12335 / R_sym value: 0.837 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LHX

3lhx

解像度: 1.6→28.024 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / FOM work R set: 0.8819 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1968	4212	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1678	-	-	-
all	0.1693	84483	-	-
obs	0.1693	84483	99.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.886 Å² / k_sol: 0.361 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.74 Å² / B_iso mean: 25.4174 Å² / B_iso min: 8.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.066 Å²	-0 Å²	-1.753 Å²
2-	-	2.949 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.015 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.024 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4579	0	30	672	5281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4954
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.004	6755
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	743
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	918
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.88	1801

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.3405	142	0.3171	2709	2851	100
1.6182-1.6372	0.3483	137	0.3081	2644	2781	100
1.6372-1.6572	0.3215	144	0.3067	2712	2856	100
1.6572-1.6782	0.3328	140	0.2905	2625	2765	100
1.6782-1.7002	0.3187	135	0.2588	2683	2818	100
1.7002-1.7235	0.2779	141	0.2492	2657	2798	100
1.7235-1.7481	0.2646	139	0.2409	2668	2807	100
1.7481-1.7742	0.2703	124	0.2258	2729	2853	100
1.7742-1.802	0.2523	132	0.2062	2627	2759	100
1.802-1.8315	0.2318	139	0.1877	2697	2836	100
1.8315-1.8631	0.2167	162	0.1784	2617	2779	100
1.8631-1.8969	0.2089	140	0.1727	2669	2809	100
1.8969-1.9334	0.1929	142	0.1684	2665	2807	100
1.9334-1.9729	0.2047	146	0.162	2647	2793	100
1.9729-2.0158	0.2058	134	0.1645	2686	2820	100
2.0158-2.0626	0.1976	116	0.1563	2700	2816	100
2.0626-2.1142	0.1658	139	0.161	2686	2825	100
2.1142-2.1713	0.1845	142	0.1576	2662	2804	100
2.1713-2.2352	0.1965	147	0.1559	2675	2822	100
2.2352-2.3073	0.1789	145	0.1489	2668	2813	100
2.3073-2.3897	0.1984	168	0.1526	2664	2832	100
2.3897-2.4854	0.2006	134	0.1578	2654	2788	100
2.4854-2.5984	0.2157	114	0.1562	2728	2842	100
2.5984-2.7353	0.1875	163	0.1563	2672	2835	100
2.7353-2.9065	0.18	147	0.1594	2704	2851	100
2.9065-3.1306	0.1852	142	0.1637	2654	2796	100
3.1306-3.4452	0.1705	125	0.1536	2725	2850	100
3.4452-3.9425	0.1583	145	0.1418	2695	2840	100
3.9425-4.9627	0.1653	147	0.1354	2709	2856	100
4.9627-28.0282	0.2054	141	0.1874	2640	2781	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1234	-0.1939	0.6838	0.7151	0.1116	1.9215	0.058	-0.1153	-0.0625	0.0027	-0.0565	0.0375	0.1456	-0.1803	0.0104	0.0713	-0.0168	0.0049	0.0872	0.0029	0.1129	8.8288	48.33	47.3497
2	1.7032	-0.228	0.4979	1.2045	-0.6092	0.9667	0.022	0.011	0.0582	0.0081	-0.0426	-0.0459	0.0159	0.0557	0.0235	0.1214	-0.0013	0.0077	0.085	-0.0179	0.1275	24.8967	59.681	47.0143
3	1.081	0.2298	0.4988	0.9778	0.315	1.6123	0.0457	-0.002	-0.1982	0.1236	0.0176	-0.1718	0.1739	0.0881	-0.0578	0.1383	0.0223	-0.0118	0.102	0.0053	0.18	28.1779	42.0815	48.9254
4	0.1199	-0.0869	0.339	0.0335	-0.3377	1.4354	0.0412	0.0603	-0.0681	-0.0659	0.0426	0.0117	0.227	-0.1168	-0.0729	0.2032	0.0061	-0.018	0.183	0.0043	0.1736	-5.1358	46.0354	10.9454
5	1.0298	-0.3095	0.705	0.9349	-0.1587	2.5471	-0.0132	0.079	0.0072	-0.0147	-0.0024	-0.077	0.0365	0.0728	0.0161	0.1147	0.0064	0.0152	0.1208	0.0041	0.1417	-2.9905	50.3877	19.2855
6	2.167	-0.5686	-0.496	1.1383	0.3361	1.1517	-0.0434	-0.0081	0.24	0.0526	0.0001	-0.0788	-0.2084	-0.0769	0.0608	0.1857	0.0261	0.0021	0.1343	0.0125	0.1633	-13.4529	64.0541	18.4305
7	2.2756	-0.3721	0.1051	1.6294	0.8251	1.7305	0.0579	0.0044	-0.2256	0.1328	-0.1213	0.2498	0.1137	-0.405	0.0425	0.1435	-0.0238	0.0229	0.2725	-0.0043	0.1523	-24.7331	51.3706	17.3802

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -13:108)	A	-13 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 109:233)	A	109 - 233
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 234:296)	A	234 - 296
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq -13:21)	B	-13 - 21
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 22:137)	B	22 - 137
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 138:204)	B	138 - 204
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 205:297)	B	205 - 297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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