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- PDB-4z8b: crystal structure of a DGL mutant - H51G H131N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z8b
タイトルcrystal structure of a DGL mutant - H51G H131N
要素Lectin alpha chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / dioclea grandiflora / H31A-H151N mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / toxin activity / carbohydrate binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-XMM / Lectin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Dioclea grandiflora (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.951 Å
データ登録者Zamora-Caballero, S. / Perez, A. / Sanz, L. / Bravo, J. / Calvete, J.J.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Quaternary structure of Dioclea grandiflora lectin assessed by equilibrium sedimentation and crystallographic analysis of recombinant mutants.
著者: Zamora-Caballero, S. / Perez, A. / Sanz, L. / Bravo, J. / Calvete, J.J.
履歴
登録2015年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22015年8月19日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3147
ポリマ－25,5261
非ポリマー7886
水1,26170
1
A: Lectin alpha chain
ヘテロ分子

A: Lectin alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,62814
ポリマ－51,0522
非ポリマー1,57612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area18590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.350, 67.080, 108.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-462-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Lectin alpha chain


分子量: 25526.232 Da / 分子数: 1 / 変異: H51G;H131N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioclea grandiflora (マメ科) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08902
#6: 糖 ChemComp-XMM / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannopyranoside / (2R,3S,4S,5S,6R)-2-(5-BROMO-4-CHLORO-1H-INDOL-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6-(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3,4,5-TRIOL / (5-BROMO-4-CHLORO-3-INDOLYL)-Alpha-D-MANNOSE / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl mannoside / 4-クロロ-5-ブロモ-1H-インド-ル-3-イルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 408.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H15BrClNO6

-
非ポリマー , 5種, 75分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: RESERVOIR SOLUTION:100 mM HEPES, 14% polyethylene glycol 400 PROTEIN SOLUTION: 10 mM HEPES, 2 mM Cl2Ca, 2 mM Cl2Mn 3 mM X-Man (5-bromo-4-chloro-3-indolyl-ALPHA-D-mannose
PH範囲: 7.5-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→45.67 Å / Num. obs: 12687 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.04
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DGL

1dgl


解像度: 1.951→45.669 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 31.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2433 607 4.79 %
Rwork0.2014 --
obs0.2034 12680 74.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.951→45.669 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1763 0 41 70 1874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031863
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7662543
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.918650
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003321
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9513-2.14760.2064640.20071321X-RAY DIFFRACTION33
2.1476-2.45840.31351500.2372683X-RAY DIFFRACTION68
2.4584-3.09720.32591890.26793896X-RAY DIFFRACTION97
3.0972-45.68130.2012040.16894173X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32380.41010.07950.5947-0.15711.0367-0.0346-0.12770.05780.5236-0.10090.3093-0.2945-0.580.65680.70140.1420.29190.34-0.02050.175914.035114.745623.1657
20.1964-0.31790.25741.93970.33450.8786-0.0944-0.2872-0.05121.10380.20720.0267-0.5695-0.43570.15370.75330.06940.06550.129-0.07430.13321.179911.425719.5288
31.511-0.3991-0.01311.7920.64712.77780.09770.05050.01760.41930.01990.4372-0.31-0.33950.08970.25420.0620.08910.2065-0.00490.202114.671310.76489.3719
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 104 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 105 through 237 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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