PDB-4z7p: X-ray structure of racemic ShK Q16K toxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z7p

タイトル

X-ray structure of racemic ShK Q16K toxin

要素

Potassium channel toxin kappa-stichotoxin-She1a

キーワード

TOXIN / ShK toxin

機能・相同性

ShKT domain / ShKT domain profile. / nematocyst / potassium channel regulator activity / toxin activity / defense response to bacterium / extracellular region / Kappa-stichotoxin-She3a

機能・相同性情報

生物種

Stoichactis helianthus (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Sickmier, E.A.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Pharmaceutical Optimization of Peptide Toxins for Ion Channel Targets: Potent, Selective, and Long-Lived Antagonists of Kv1.3.
著者: Murray, J.K. / Qian, Y.X. / Liu, B. / Elliott, R. / Aral, J. / Park, C. / Zhang, X. / Stenkilsson, M. / Salyers, K. / Rose, M. / Li, H. / Yu, S. / Andrews, K.L. / Colombero, A. / Werner, J. / ...

履歴

登録	2015年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月23日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z7p.cif.gz	26.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z7p.ent.gz	19.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z7p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/4z7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/4z7p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lfs
類似構造データ	1paa-d 2nsv-d 2bn1-d 2bn3-d 5hqi-d 2wfu-d 2mwa-d 1f8z-d 4i5y-d 184d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Potassium channel toxin kappa-stichotoxin-She1a

ヘテロ分子

4.55 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.783, 60.783, 43.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	148
Space group name H-M	H-3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-102- SO4
2	1	A-102- SO4
3	1	A-232- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Potassium channel toxin kappa-stichotoxin-She1a / kappa-SHTX-She1a / Potassium channel toxin ShK 分子量: 4070.943 Da / 分子数: 1 / 変異: Q16K / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Stoichactis helianthus (イソギンチャク) 参照: UniProt: P29187
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.38 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 2-2.5 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 18716 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Χ²: 1.013 / Net I/av σ(I): 22.419 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 98807

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.2-1.24	3.5	0.6	1768	1.035	94.2
1.24-1.29	4.6	0.473	1882	0.996	99.6
1.29-1.35	5.3	0.404	1903	1.037	100
1.35-1.42	5.5	0.287	1888	1.086	100
1.42-1.51	5.6	0.206	1862	1.082	100
1.51-1.63	5.6	0.124	1877	1.034	100
1.63-1.79	5.6	0.096	1884	0.984	100
1.79-2.05	5.6	0.075	1883	0.947	100
2.05-2.59	5.6	0.053	1880	1.008	100
2.59-50	5.7	0.038	1889	0.938	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→30.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / WR_factor R_free: 0.2443 / WR_factor R_work: 0.2219 / FOM work R set: 0.8758 / SU B: 0.962 / SU ML: 0.019 / SU R Cruickshank DPI: 0.0399 / SU R_free: 0.0401 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2266	914	5.1 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.2051	17078	95.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.25 Å² / B_iso mean: 16.774 Å² / B_iso min: 7.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.16 Å²	0.16 Å²	-0 Å²
2-	-	0.16 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.2→30.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	278	0	24	38	340
B_iso mean	-	-	26.8	30.51	-
残基数	-	-	-	-	35

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	313
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	296
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.038	2.036	419
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.742	3.018	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.755	5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.187	16	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.022	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.111	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	307
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	72
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.038	1.838	141
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.02	1.836	140
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.258	3.098	175
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.943	3	608
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	22.18	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	8.763	5	631

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	65	-
R_work	0.333	1223	-
all	-	1288	-
obs	-	-	90.45 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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