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万見
- PDB-4z7p: X-ray structure of racemic ShK Q16K toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z7p
タイトルX-ray structure of racemic ShK Q16K toxin
要素Potassium channel toxin kappa-stichotoxin-She1a
キーワードTOXIN / ShK toxin
機能・相同性ShKT domain / ShKT domain profile. / nematocyst / potassium channel regulator activity / toxin activity / defense response to bacterium / extracellular region / Kappa-stichotoxin-She3a
機能・相同性情報
生物種Stoichactis helianthus (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Sickmier, E.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Pharmaceutical Optimization of Peptide Toxins for Ion Channel Targets: Potent, Selective, and Long-Lived Antagonists of Kv1.3.
著者: Murray, J.K. / Qian, Y.X. / Liu, B. / Elliott, R. / Aral, J. / Park, C. / Zhang, X. / Stenkilsson, M. / Salyers, K. / Rose, M. / Li, H. / Yu, S. / Andrews, K.L. / Colombero, A. / Werner, J. / ...著者: Murray, J.K. / Qian, Y.X. / Liu, B. / Elliott, R. / Aral, J. / Park, C. / Zhang, X. / Stenkilsson, M. / Salyers, K. / Rose, M. / Li, H. / Yu, S. / Andrews, K.L. / Colombero, A. / Werner, J. / Gaida, K. / Sickmier, E.A. / Miu, P. / Itano, A. / McGivern, J. / Gegg, C.V. / Sullivan, J.K. / Miranda, L.P.
履歴
登録2015年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel toxin kappa-stichotoxin-She1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5516
ポリマ－4,0711
非ポリマー4805
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.783, 60.783, 43.592
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number148
Space group name H-MH-3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

SO4

21A-102-

SO4

31A-232-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Potassium channel toxin kappa-stichotoxin-She1a / kappa-SHTX-She1a / Potassium channel toxin ShK


分子量: 4070.943 Da / 分子数: 1 / 変異: Q16K / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Stoichactis helianthus (イソギンチャク)
参照: UniProt: P29187
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.38 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 2-2.5 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 18716 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.013 / Net I/av σ(I): 22.419 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 98807
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.2-1.243.50.617681.03594.2
1.24-1.294.60.47318820.99699.6
1.29-1.355.30.40419031.037100
1.35-1.425.50.28718881.086100
1.42-1.515.60.20618621.082100
1.51-1.635.60.12418771.034100
1.63-1.795.60.09618840.984100
1.79-2.055.60.07518830.947100
2.05-2.595.60.05318801.008100
2.59-505.70.03818890.938100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→30.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.2443 / WRfactor Rwork: 0.2219 / FOM work R set: 0.8758 / SU B: 0.962 / SU ML: 0.019 / SU R Cruickshank DPI: 0.0399 / SU Rfree: 0.0401 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 914 5.1 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.2051 17078 95.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.25 Å2 / Biso mean: 16.774 Å2 / Biso min: 7.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20.16 Å2-0 Å2
2--0.16 Å2-0 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→30.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数278 0 24 38 340
Biso mean--26.8 30.51 -
残基数----35
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.019313
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0382.036419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7423.018678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.755536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.1871610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.0221563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.111155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0381.838141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.021.836140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2583.098175
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.9433608
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.18513
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.7635631
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 65 -
Rwork0.333 1223 -
all-1288 -
obs--90.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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