PDB-2wfu: Crystal structure of DILP5 variant DB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wfu

タイトル

Crystal structure of DILP5 variant DB

要素

PROBABLE INSULIN-LIKE PEPTIDE 5 A CHAIN
PROBABLE INSULIN-LIKE PEPTIDE 5 B CHAIN

キーワード

SIGNALING PROTEIN / CLEAVAGE ON PAIR OF BASIC RESIDUES

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of entry into reproductive diapause / Insulin signaling pathway / female mating behavior / carbohydrate homeostasis / sleep / insulin receptor binding / locomotory behavior / hormone activity / insulin receptor signaling pathway / receptor ligand activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Kulahin, N. / Schluckebier, G. / Sajid, W. / De Meyts, P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Biological Properties of the Drosophila Insulin-Like Peptide 5 Show Evolutionary Conservation.
著者: Sajid, W. / Kulahin, N. / Schluckebier, G. / Ribel, U. / Henderson, H.R. / Tatar, M. / Hansen, B.F. / Svendsen, A.M. / Kiselyov, V.V. / Norgaard, P. / Wahlund, P. / Brandt, J. / Kohanski, R.A. ...

履歴

登録	2009年4月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年4月18日	Group: Other
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wfu.cif.gz	20.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wfu.ent.gz	13.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wfu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wfu_validation.pdf.gz	426.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wfu_full_validation.pdf.gz	426.6 KB	表示
XML形式データ	2wfu_validation.xml.gz	4.7 KB	表示
CIF形式データ	2wfu_validation.cif.gz	5.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/2wfu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/2wfu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wfvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2bn1-d 6s4i-d 1tot-d 1f8z-d 4u78-d 4z7p-d 2g4m-d 4ak0-d 3i3z-d 1paa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (7) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (7) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (7) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (7) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (7)

登録構造単位

A: PROBABLE INSULIN-LIKE PEPTIDE 5 A CHAIN

B: PROBABLE INSULIN-LIKE PEPTIDE 5 B CHAIN

4.92 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.789, 39.789, 45.321
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2015- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	PROBABLE INSULIN-LIKE PEPTIDE 5 A CHAIN / INSULIN-RELATED PEPTIDE / DILP5 / DROSOPHILA INSULIN-LIKE PEPTIDE 5 分子量: 2375.642 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 87-108 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q7KUD5
#2: タンパク質・ペプチド	PROBABLE INSULIN-LIKE PEPTIDE 5 B CHAIN / INSULIN-RELATED PEPTIDE / DILP5 / DROSOPHILA INSULIN-LIKE PEPTIDE 5 分子量: 2539.976 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 24-47 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q7KUD5
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 95 TO ASN
Has protein modification	Y
配列の詳細	LYS9A HAS BEEN MUTATED TO ASN9A AS A PART OF CLONING STRATEGY

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 26 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 20% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→24.15 Å / Num. obs: 3070 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.4 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 89
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 14.5 % / R_merge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 25 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→24.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 4.776 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	319	9.4 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.219	3070	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	334	0	0	37	371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	340
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.465	1.962	458
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.397	5	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.033	22.143	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.546	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.5	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.259	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.209	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.095	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.864	1.5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.568	2	359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.864	3	118
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.289	4.5	99
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	20	-
R_work	0.218	226	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4971	1.5006	1.936	7.9157	5.3589	5.4613	-0.2219	-0.0379	0.1142	-0.2077	0.3115	-0.3806	-0.3751	0.1015	-0.0896	-0.0197	-0.0028	-0.0032	-0.063	-0.0238	-0.0643	11.5315	2.1904	13.1032
2	1.5555	0.9733	2.5359	8.9698	1.8771	4.1443	-0.3347	0.4262	0.4962	-0.6138	0.0785	-0.169	-0.5866	-0.0925	0.2563	0.0731	0.0197	-0.0452	-0.0275	0.0087	0.0121	4.1675	5.7706	7.1498

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 24

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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