PDB-2nsv: NMR Solution Structure of the Pheromone En-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nsv

タイトル

NMR Solution Structure of the Pheromone En-1

要素

Mating pheromone En-1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Euplotes nobilii pheromone / disulfide-rich / all alpha helical

機能・相同性

Pheromone ER-1 - #40 / Pheromone ER-1 / pheromone activity / Up-down Bundle / extracellular region / Mainly Alpha / Mating pheromone En-1

機能・相同性情報

生物種

Euplotes nobilii (真核生物)

手法

溶液NMR

データ登録者

Placzek, W.J. / Etezady-Esfarjani, T. / Herrmann, T. / Peti, W. / Wuthrich, K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Solution Structures of the Pheromones En-1 and En-2 from the Antarctic Ciliated Protozoan Euplotes Nobilii
著者: Placzek, W.J. / Etezady-Esfarjani, T. / Herrmann, T. / Alimenti, C. / Luporini, P. / Peti, W. / Wuthrich, K.

履歴

登録	2006年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nsv.cif.gz	275.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nsv.ent.gz	230.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nsv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nsv_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nsv_full_validation.pdf.gz	623.1 KB	表示
XML形式データ	2nsv_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	2nsv_validation.cif.gz	42.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nsv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nsv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nsw
類似構造データ	2bwb-3 2bn3-d 2bwb-7 2pdd-d 1caa-d 2bwb-1 1c56-d 2bwb-8 6qrk-d 4z7p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 7326Homonuclear NMR Assignment of the Pheromone En-1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mating pheromone En-1

5.63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 80	target function
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Mating pheromone En-1 分子量: 5630.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euplotes nobilii (真核生物) / 参照: UniProt: P83441
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 2D NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.9 mM En-1, 20 mM phosphate buffer, pH 6.0, 90 % H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 20 mM / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	900	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
DYANA	Guntert, P.	精密化
ATNOS	Herrmann, T.	データ解析
CANDID	Herrmann, T.	データ解析

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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