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万見
- PDB-4i5y: Insulin protein crystallization via langmuir-blodgett -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i5y
タイトルInsulin protein crystallization via langmuir-blodgett
要素(Insulin) x 2
キーワードHORMONE / langmuir blodgett / thin films / optimal crystallization / space grown
機能・相同性
機能・相同性情報


estradiol secretion / positive regulation of blood circulation / negative regulation of lactation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / response to butyrate / negative regulation of appetite ...estradiol secretion / positive regulation of blood circulation / negative regulation of lactation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / response to butyrate / negative regulation of appetite / feeding behavior / response to growth hormone / response to food / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of peptide hormone secretion / protein secretion / negative regulation of lipid catabolic process / response to glucose / positive regulation of protein secretion / insulin receptor binding / response to nutrient levels / hormone activity / positive regulation of insulin secretion / glucose metabolic process / glucose homeostasis / response to heat / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Belmonte, L. / Pechkova, E. / Bragazzi, N. / Nicolini, C.
引用ジャーナル: CRIT.REV.EUKARYOT.GENE EXPR. / 年: 2013
タイトル: A Review OF THE STRATEGIES FOR OBTAINING HIGH QUALITY CRYSTALS UTILIZING NANOTECHNOLOGIES AND SPACE
著者: Pechkova, E. / Bragazzi, N. / Belmonte, L. / Nicolini, C.
履歴
登録2012年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin
B: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7442
ポリマ－5,7442
非ポリマー00
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area3390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.200, 78.200, 78.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-104-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Insulin / Insulin B chain / Insulin A chain


分子量: 2339.645 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 85-105 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01317
#2: タンパク質・ペプチド Insulin / Insulin B chain / Insulin A chain


分子量: 3403.927 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-54 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01317
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.54 % / Mosaicity: 0.19 °

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.932 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→55.3 Å / Num. all: 7540 / Num. obs: 7540 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.1 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル

Num. measured obs: 10 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.920.70.350.3412.12288511030.0770.350.3419.8100
1.9-2.0120.50.2570.2512.72092510230.0570.2570.25113.1100
2.01-2.1519.40.180.1764186739640.0410.180.17617.1100
2.15-2.3220.70.1430.143.9186038990.0310.1430.1421.7100
2.32-2.5522.20.1120.1095.8185868380.0240.1120.10927.1100
2.55-2.8522.40.0940.0926.7168107520.020.0940.09231.9100
2.85-3.2922.10.0810.087.6150966820.0170.0810.0837.7100
3.29-4.03220.0710.078124525660.0150.0710.0744.4100
4.03-5.6921.50.070.0698.197624550.0150.070.06946.2100
5.69-20.920.10.0660.0648.651912580.0150.0660.06441.398.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.91 Å20.9 Å
Translation1.91 Å20.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→55.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.2175 / WRfactor Rwork: 0.1789 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8601 / SU B: 2.118 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.097 / SU Rfree: 0.1023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2222 345 4.6 %RANDOM
Rwork0.1822 ---
obs0.1841 7507 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.22 Å2 / Biso mean: 18.8425 Å2 / Biso min: 5.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→55.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数400 0 0 52 452
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.022411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0351.952558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.342549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.29224.520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.8161562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1.734151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1690.260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7731.5252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0842401
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7713159
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7484.5157
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.849 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 17 -
Rwork0.224 539 -
all-556 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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