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- PDB-4z5r: Rontalizumab Fab bound to Interferon-a2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z5r
タイトルRontalizumab Fab bound to Interferon-a2
要素
  • Interferon alpha-2
  • anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)
  • anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
キーワードCytokine/Immune System / antibody / interferon / Cytokine-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type I interferon receptor binding / B cell activation involved in immune response / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of T cell differentiation / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / T cell activation involved in immune response / host-mediated suppression of symbiont invasion / cell surface receptor signaling pathway via STAT ...type I interferon receptor binding / B cell activation involved in immune response / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of T cell differentiation / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / T cell activation involved in immune response / host-mediated suppression of symbiont invasion / cell surface receptor signaling pathway via STAT / TRAF6 mediated IRF7 activation / type I interferon-mediated signaling pathway / response to exogenous dsRNA / Regulation of IFNA/IFNB signaling / humoral immune response / cytokine activity / Evasion by RSV of host interferon responses / cellular response to virus / Interferon alpha/beta signaling / cell-cell signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / : / defense response to virus / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like ...Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Maurer, B. / Bosanac, I.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structural basis of the broadly neutralizing anti-interferon-alpha antibody rontalizumab.
著者: Maurer, B. / Bosanac, I. / Shia, S. / Kwong, M. / Corpuz, R. / Vandlen, R. / Schmidt, K. / Eigenbrot, C.
履歴
登録2015年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Interferon alpha-2
J: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
K: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)
E: Interferon alpha-2
L: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
M: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)
F: Interferon alpha-2
V: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
W: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)
G: Interferon alpha-2
P: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
Q: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)
H: Interferon alpha-2
R: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
S: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)
I: Interferon alpha-2
T: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
U: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)
X: Interferon alpha-2
Y: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
Z: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)
N: Interferon alpha-2
A: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
B: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)540,24632
ポリマ－539,47824
非ポリマー7698
水00
1
D: Interferon alpha-2
J: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
K: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6275
ポリマ－67,4353
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Interferon alpha-2
L: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
M: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5314
ポリマ－67,4353
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: Interferon alpha-2
V: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
W: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7236
ポリマ－67,4353
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Interferon alpha-2
P: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
Q: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6275
ポリマ－67,4353
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
H: Interferon alpha-2
R: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
S: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4353
ポリマ－67,4353
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
I: Interferon alpha-2
T: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
U: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4353
ポリマ－67,4353
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
X: Interferon alpha-2
Y: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
Z: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4353
ポリマ－67,4353
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
N: Interferon alpha-2
A: anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain
B: anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4353
ポリマ－67,4353
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.829, 331.864, 98.142
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21E
31F
41G
51H
61I
71X
81N
12J
22L
32V
42P
52R
62T
72A
82Y
13K
23M
33W
43Q
53S
63U
73B
83Z

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111D10 - 44
2111E10 - 44
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5111H10 - 44
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8111N10 - 44
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5215H45 - 49
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8215N45 - 49
1311D50 - 103
2311E50 - 103
3311F50 - 103
4311G50 - 103
5311H50 - 103
6311I50 - 103
7311X50 - 103
8311N50 - 103
1415D104 - 110
2415E104 - 110
3415F104 - 110
4415G104 - 110
5415H104 - 110
6415I104 - 110
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8415N104 - 110
1511D111 - 155
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6511I111 - 155
7511X111 - 155
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8121Y1 - 107
1221J108 - 213
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4221P108 - 213
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4131Q1 - 12
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7131B1 - 12
8131Z1 - 12
1233K13
2233M13
3233W13
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5233S13
6233U13
7233B13
8233Z13
1331K14 - 82
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4331Q14 - 82
5331S14 - 82
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7331B14 - 82
8331Z14 - 82
1631K114 - 213
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8631Z114 - 213

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999858, 0.006989, -0.015336), (-0.006418, 0.999295, 0.037), (0.015584, -0.036896, 0.999198)-19.57423, 5.89448, 42.94949
3given(-0.999572, 0.028974, 0.004049), (-0.028168, -0.990547, 0.134254), (0.007901, 0.134082, 0.990939)43.69637, 8.30231, -1.54476
4given(-0.999957, 0.009009, -0.002111), (-0.009229, -0.98739, 0.158035), (-0.000661, 0.158047, 0.987431)63.8313, 9.37217, 40.40307
5given(-0.755257, 0.290552, -0.587508), (-0.301479, -0.949921, -0.082225), (-0.581977, 0.11502, 0.80503)43.20016, 82.18929, 6.53125
6given(-0.735596, -0.142001, 0.66237), (-0.303825, 0.943082, -0.135232), (-0.605466, -0.300721, -0.736871)-4.45551, -82.18892, 76.99711
7given(-0.717892, -0.157318, 0.678146), (-0.254158, 0.966119, -0.044931), (-0.648101, -0.204611, -0.733552)41.06792, -91.7597, 48.44725
8given(-0.73697, 0.324498, -0.592938), (-0.299031, -0.943234, -0.144535), (-0.606181, 0.070789, 0.79217)24.51319, 86.75475, 60.69896

-
要素

#1: タンパク質
Interferon alpha-2 / IFN-alpha-2 / Interferon alpha-A / LeIF A


分子量: 19264.096 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNA2, IFNA2A, IFNA2B, IFNA2C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01563
#2: 抗体
anti-IFN-a antibody rontalizumab light chain


分子量: 23855.402 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体
anti-IFN-a antibody rontalizumab heavy chain modules VH and CH1 (Fab)


分子量: 24315.209 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: lithium sulfate, PEG3350, 1% dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 109926 / Num. obs: 102259 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 59 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 12.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FVD

1fvd


解像度: 3→48.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 54.484 / SU ML: 0.433 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.451 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25141 2285 2.2 %RANDOM
Rwork0.22264 ---
obs0.22329 99974 94.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.95 Å20 Å21.5 Å2
2---5.65 Å20 Å2
3---12.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34016 0 40 0 34056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0234858
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0232289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.9547286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9083.00274472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.63554310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3524.1141485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.521155822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.98915165
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.25264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02139218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.028055
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11D2125TIGHT THERMAL3.040.5
12E2125TIGHT THERMAL2.710.5
13F2125TIGHT THERMAL3.530.5
14G2125TIGHT THERMAL4.260.5
15H2125TIGHT THERMAL3.510.5
16I2125TIGHT THERMAL3.330.5
17X2125TIGHT THERMAL3.220.5
18N2125TIGHT THERMAL3.280.5
21J1611TIGHT THERMAL3.270.5
22L1611TIGHT THERMAL3.460.5
23V1611TIGHT THERMAL3.740.5
24P1611TIGHT THERMAL3.650.5
25R1611TIGHT THERMAL3.190.5
26T1611TIGHT THERMAL3.720.5
27A1611TIGHT THERMAL2.930.5
28Y1611TIGHT THERMAL3.840.5
31K19LOOSE POSITIONAL0.145
32M19LOOSE POSITIONAL0.265
33W19LOOSE POSITIONAL0.255
34Q19LOOSE POSITIONAL0.265
35S19LOOSE POSITIONAL0.175
36U19LOOSE POSITIONAL0.325
37B19LOOSE POSITIONAL0.45
38Z19LOOSE POSITIONAL0.315
31K1772TIGHT THERMAL3.720.5
32M1772TIGHT THERMAL2.710.5
33W1772TIGHT THERMAL2.750.5
34Q1772TIGHT THERMAL3.940.5
35S1772TIGHT THERMAL2.650.5
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37B1772TIGHT THERMAL3.830.5
38Z1772TIGHT THERMAL3.410.5
31K19LOOSE THERMAL10.1110
32M19LOOSE THERMAL8.3510
33W19LOOSE THERMAL6.8410
34Q19LOOSE THERMAL3.6610
35S19LOOSE THERMAL3.1310
36U19LOOSE THERMAL7.5910
37B19LOOSE THERMAL4.5610
38Z19LOOSE THERMAL1.8710
LS精密化 シェル解像度: 3→3.206 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree1 0 0 %
Rwork0.294 15791 -
obs--81.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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384.5157-0.82530.5656.67520.48372.868-0.02070.48620.0002-0.25340.03890.26550.084-0.1148-0.01820.7248-0.05050.06910.68180.27370.3535-6.092157.006253.3202
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1Y1 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3J1 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4L1 - 107
5X-RAY DIFFRACTION5V1 - 107
6X-RAY DIFFRACTION6P1 - 107
7X-RAY DIFFRACTION7R1 - 107
8X-RAY DIFFRACTION8T1 - 107
9X-RAY DIFFRACTION9J108 - 213
10X-RAY DIFFRACTION10L108 - 213
11X-RAY DIFFRACTION11V108 - 213
12X-RAY DIFFRACTION12P108 - 213
13X-RAY DIFFRACTION13R108 - 213
14X-RAY DIFFRACTION14T108 - 213
15X-RAY DIFFRACTION15A108 - 213
16X-RAY DIFFRACTION16Z1 - 113
17X-RAY DIFFRACTION17B1 - 115
18X-RAY DIFFRACTION18K1 - 115
19X-RAY DIFFRACTION19M1 - 115
20X-RAY DIFFRACTION20W1 - 115
21X-RAY DIFFRACTION21Q1 - 115
22X-RAY DIFFRACTION22S1 - 115
23X-RAY DIFFRACTION23U1 - 115
24X-RAY DIFFRACTION24K116 - 213
25X-RAY DIFFRACTION25M116 - 213
26X-RAY DIFFRACTION26W116 - 213
27X-RAY DIFFRACTION27Q116 - 213
28X-RAY DIFFRACTION28S116 - 213
29X-RAY DIFFRACTION29U116 - 213
30X-RAY DIFFRACTION30B116 - 213
31X-RAY DIFFRACTION31X9 - 156
32X-RAY DIFFRACTION32N9 - 161
33X-RAY DIFFRACTION33D9 - 156
34X-RAY DIFFRACTION34E9 - 156
35X-RAY DIFFRACTION35F9 - 156
36X-RAY DIFFRACTION36G9 - 156
37X-RAY DIFFRACTION37H9 - 156
38X-RAY DIFFRACTION38I9 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る