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- PDB-4z54: High Resolution Human Septin3 GTPase domain with alpha-zero helix... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z54
タイトルHigh Resolution Human Septin3 GTPase domain with alpha-zero helix in complex with GDP
要素Neuronal-specific septin-3
キーワードHYDROLASE / Septin 3 / GTPase / Cytoskeleton
機能・相同性
機能・相同性情報


septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / cell division site / intracellular protein localization / presynapse / microtubule cytoskeleton / molecular adaptor activity / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Septin 3 / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Neuronal-specific septin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Valadares, N.F. / Macedo, J.N. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Matos, S.O. / Leonardo, D.A. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: A complete compendium of crystal structures for the human SEPT3 subgroup reveals functional plasticity at a specific septin interface
著者: Castro, D.K.S.V. / da Silva, S.M.O. / Pereira, H.M. / Macedo, J.N.A. / Leonardo, D.A. / Valadares, N.F. / Kumagai, P.S. / Brandao-Neto, J. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
履歴
登録2015年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02018年9月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 2.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuronal-specific septin-3
B: Neuronal-specific septin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8186
ポリマ－66,8832
非ポリマー9354
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area25630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.410, 44.550, 78.950
Angle α, β, γ (deg.)99.290, 100.770, 108.390
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Dimer confirmed by gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Neuronal-specific septin-3


分子量: 33441.449 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 43-329 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPT3, SEP3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UH03
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 100mM Magnesium Formate, 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→41.08 Å / Num. obs: 45613 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDRejects% possible all
1.83-1.882.10.4261094.3
8.18-41.082.30.0451095.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.83→41.077 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 2270 5.03 %Random selection
Rwork0.1697 42821 --
obs0.1712 45091 95.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.54 Å2 / Biso mean: 37.5572 Å2 / Biso min: 15.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→41.077 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4310 0 58 290 4658
Biso mean--21.62 42.51 -
残基数----542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0476066
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043681
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0271670
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.86980.31741250.2792550X-RAY DIFFRACTION91
1.8698-1.91330.32771500.27692534X-RAY DIFFRACTION91
1.9133-1.96110.32641440.24982621X-RAY DIFFRACTION93
1.9611-2.01420.25821300.20892618X-RAY DIFFRACTION94
2.0142-2.07340.23351490.19892632X-RAY DIFFRACTION94
2.0734-2.14040.18671160.17382692X-RAY DIFFRACTION95
2.1404-2.21680.21571570.17172682X-RAY DIFFRACTION96
2.2168-2.30560.23831240.18182638X-RAY DIFFRACTION95
2.3056-2.41050.20421510.17432702X-RAY DIFFRACTION96
2.4105-2.53760.20851380.17672709X-RAY DIFFRACTION96
2.5376-2.69650.21981510.17712726X-RAY DIFFRACTION97
2.6965-2.90470.18991530.17862709X-RAY DIFFRACTION97
2.9047-3.19690.20511500.17052756X-RAY DIFFRACTION98
3.1969-3.65930.20381340.15862775X-RAY DIFFRACTION98
3.6593-4.60930.15661430.13712743X-RAY DIFFRACTION98
4.6093-41.08690.16691550.15252734X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.03060.24820.14192.54580.47313.08270.0955-0.3915-0.08510.4671-0.04550.306-0.1712-0.190.03250.27470.00170.04180.26430.02010.245716.6645.1933-13.9721
24.14451.15271.3162.28420.60442.69750.026-0.1815-0.54840.1598-0.29140.4980.3548-0.4886-0.07490.1973-0.04750.0090.256-0.07390.330610.4203-0.4642-25.0703
31.18590.0931-0.22061.73570.51544.01040.0337-0.101-0.06080.09280.0080.1098-0.2403-0.123-0.06020.2610.04050.00540.22770.00620.211518.48514.0828-16.938
43.3825-0.6087-3.09782.04990.83232.8016-0.125-0.2790.2030.56670.18990.25350.2901-0.0763-0.1080.35170.03960.04110.32070.01420.238118.146510.6821-4.7373
51.10260.1654-0.05552.4530.78922.7573-0.0374-0.04720.074-0.08370.1328-0.2504-0.33650.1775-0.00580.2397-0.0215-0.00740.2470.00690.202631.88649.0847-25.1207
64.1061.14963.18477.82476.78058.0185-0.1519-0.0398-0.0922-0.16630.357-0.3597-0.21190.7522-0.20130.1866-0.02190.02950.30660.03050.251638.92131.226-27.9131
73.5652-0.41151.9773.9246-1.25215.2541-0.3219-0.90890.3210.44230.4309-0.41660.44270.78770.03980.3710.0714-0.02040.5311-0.05080.242137.59254.7884-9.8849
83.51211.00742.11741.77951.2313.1795-0.079-0.2888-0.2330.10040.0296-0.01850.3560.0095-0.01150.23780.01210.04770.22940.01770.20824.6984-5.9484-22.8439
93.63090.53782.99872.65273.1346.87420.11540.2217-0.20930.16660.047-0.07270.5380.2853-0.10.24820.00310.03990.20290.04080.262422.2031-7.0748-24.5855
104.6385-1.0112-0.31566.5658-0.04034.5577-0.2014-0.50390.39841.21580.1879-0.17640.19490.30880.05960.37160.0005-0.00740.3753-0.01230.15426.951311.2706-2.5155
111.223-0.53490.65251.31850.06980.45150.01320.2653-0.0069-0.12910.0234-0.2985-0.03230.198-0.10010.2629-0.02510.04050.2453-0.00330.232642.57867.9393-56.5779
121.11070.6472-0.71771.1219-0.6622.54340.07540.0304-0.0243-0.0302-0.0523-0.0441-0.21880.1603-0.02550.25930.0023-0.0150.19490.00240.185432.148418.558-50.8665
132.2863-1.67250.0574.6131-1.73542.4346-0.0146-0.0051-0.2711-0.50840.12030.07170.4418-0.0988-0.02860.2673-0.0244-0.01860.218-0.04220.254924.28992.3163-54.4037
141.9071-0.2935-0.18563.9023-1.89423.6523-0.19660.28990.1343-0.46730.241-0.1209-0.07080.0629-0.04950.32830.02030.03540.29030.01230.201131.963722.6535-63.0787
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 35 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 58 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 59 through 118 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 119 through 140 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 141 through 175 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 176 through 192 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 193 through 206 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 207 through 243 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 244 through 270 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 271 through 290 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 6 through 46 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 47 through 202 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 203 through 262 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 263 through 291 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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