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- PDB-4z4l: Crystal Structure of cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z4l
タイトルCrystal Structure of cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903
要素Cellobiose 2-epimerase
キーワードISOMERASE / Cellobiose 2-epimerase / latulose / lactose
機能・相同性
機能・相同性情報


cellobiose epimerase / cellobiose epimerase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Cellobiose 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase/Cellobiose 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase (GlcNAc 2-epimerase) / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellobiose 2-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.671 Å
データ登録者Shen, Q.Y. / Zhang, Y.Z.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903
著者: Shen, Q.Y. / Zhang, Y.Z.
履歴
登録2015年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiose 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7522
ポリマ－47,6901
非ポリマー621
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.787, 75.543, 91.382
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cellobiose 2-epimerase / CE


分子量: 47690.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (バクテリア)
株: DSM8903 / 遺伝子: Csac_0294 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4XGA6, cellobiose epimerase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 30% v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月25日
放射モノクロメーター: ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→29.59 Å / Num. obs: 37768 / % possible obs: 84.2 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 23.23 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 164764
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4 % / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.67-1.70.81.8777619270.5950.41284.8
9-29.590.0545.78962240.9940.02767.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z4J

4z4j


解像度: 1.671→29.59 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1979 1980 5.25 %
Rwork0.1631 35761 -
obs0.1649 37741 83.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.76 Å2 / Biso mean: 28.2086 Å2 / Biso min: 13.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.671→29.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3285 0 4 74 3363
Biso mean--47.76 29.7 -
残基数----392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0514664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044483
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005590
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0311299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6712-1.7130.2821990.23382635X-RAY DIFFRACTION86
1.713-1.75930.25691980.22252550X-RAY DIFFRACTION86
1.7593-1.81110.326990.20672670X-RAY DIFFRACTION87
1.8111-1.86950.24481980.19442594X-RAY DIFFRACTION86
1.8695-1.93630.2169990.18522640X-RAY DIFFRACTION86
1.9363-2.01380.20951980.17582567X-RAY DIFFRACTION86
2.0138-2.10550.208990.16392636X-RAY DIFFRACTION85
2.1055-2.21640.2111980.16152509X-RAY DIFFRACTION84
2.2164-2.35520.2023990.16292598X-RAY DIFFRACTION83
2.3552-2.5370.18781690.16612526X-RAY DIFFRACTION83
2.537-2.79210.18921280.16782515X-RAY DIFFRACTION82
2.7921-3.19570.2161990.17342519X-RAY DIFFRACTION80
3.1957-4.02470.15981980.1512375X-RAY DIFFRACTION78
4.0247-29.590.2092990.13722427X-RAY DIFFRACTION73
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.3724 Å / Origin y: 0.1618 Å / Origin z: -8.2913 Å
111213212223313233
T0.1497 Å2-0.0091 Å20.0036 Å2-0.1807 Å2-0.0001 Å2--0.142 Å2
L1.192 °20.13 °2-0.0524 °2-1.5241 °2-0.0808 °2--1.1448 °2
S0.012 Å °0.0358 Å °-0.0918 Å °0.0017 Å °-0.0266 Å °-0.0283 Å °0.0852 Å °-0.0574 Å °0.013 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-1 - 390
2X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 68
3X-RAY DIFFRACTION1allC69 - 74
4X-RAY DIFFRACTION1allC75
5X-RAY DIFFRACTION1allC76 - 78
6X-RAY DIFFRACTION1allB1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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