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- PDB-4z4j: Crystal Structure of cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z4j
タイトルCrystal Structure of cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903
要素Cellobiose 2-epimerase
キーワードISOMERASE / Cellobiose 2-epimerase / latulose / lactose
機能・相同性
機能・相同性情報


cellobiose epimerase / cellobiose epimerase activity / N-acylglucosamine 2-epimerase activity / sulfoquinovose isomerase activity / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process to glycerone phosphate and 3-sulfolactaldehyde / N-acetylmannosamine metabolic process / N-acetylglucosamine metabolic process / peptidase inhibitor activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Cellobiose 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase/Cellobiose 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase (GlcNAc 2-epimerase) / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Cellobiose 2-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.542 Å
データ登録者Shen, Q.Y. / Zhang, Y.Z.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903
著者: Shen, Q.Y. / Zhang, Y.Z.
履歴
登録2015年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiose 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1337
ポリマ－47,7641
非ポリマー3686
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.687, 75.773, 91.171
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cellobiose 2-epimerase / CE


分子量: 47764.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (バクテリア)
株: DSM8903 / 遺伝子: Csac_0294 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4XGA6, cellobiose epimerase
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Na citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 20% v/v isopropanol, 20% v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月25日
放射モノクロメーター: ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→30 Å / Num. obs: 55473 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.996 / Net I/av σ(I): 21.709 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 766957
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.54-1.5710.219960.7410.3921.00771.1
1.57-1.610.822220.7920.329178.1
1.6-1.6311.724360.8570.2750.99886.30.9170.959
1.63-1.6613.126990.9040.2371.00396.10.8530.887
1.66-1.6913.928500.9370.199199.70.7360.762
1.69-1.731428140.9580.1661.00799.60.6150.638
1.73-1.7813.928450.9720.1341.00699.80.4960.514
1.78-1.8314.128410.9760.1081.00199.80.4010.416
1.83-1.881428550.9820.0921.0011000.3410.354
1.88-1.9414.128510.9860.0720.99499.90.2670.277
1.94-2.0114.328470.9910.0570.9911000.2130.22
2.01-2.0914.428550.9940.0461.0211000.1710.177
2.09-2.1914.528600.9950.0380.9771000.1430.148
2.19-2.314.728590.9960.0331.0021000.1220.127
2.3-2.4414.728900.9970.0281.0251000.1040.108
2.44-2.6314.728820.9970.0240.9911000.0890.092
2.63-2.914.729060.9980.0210.9991000.080.083
2.9-3.3214.629150.9980.020.9631000.0750.077
3.32-4.1814.529570.9990.0160.9371000.0570.059
4.18-3013.530930.9980.0161.00899.40.0560.059

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.542→29.625 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1877 2000 3.61 %thin shell
Rwork0.1587 ---
obs0.1597 55405 96.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.95 Å2 / Biso mean: 18.6559 Å2 / Biso min: 7.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.542→29.625 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3297 0 24 204 3525
Biso mean--25.87 26.95 -
残基数----392
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.1514 Å / Origin y: 0.1351 Å / Origin z: -8.2895 Å
111213212223313233
T0.0942 Å2-0.0044 Å20.0021 Å2-0.0997 Å20.0019 Å2--0.0791 Å2
L0.8608 °20.0021 °2-0.0718 °2-1.1294 °2-0.1029 °2--0.9159 °2
S0.0012 Å °-0.0106 Å °-0.0648 Å °0.0146 Å °-0.0334 Å °-0.0091 Å °0.0342 Å °-0.0383 Å °0.0244 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-1 - 390
2X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 125
3X-RAY DIFFRACTION1allC126 - 135
4X-RAY DIFFRACTION1allC136 - 142
5X-RAY DIFFRACTION1allC179 - 218
6X-RAY DIFFRACTION1allC219 - 230
7X-RAY DIFFRACTION1allC231
8X-RAY DIFFRACTION1allC232
9X-RAY DIFFRACTION1allC233 - 234
10X-RAY DIFFRACTION1allC236 - 237
11X-RAY DIFFRACTION1allC238 - 253
12X-RAY DIFFRACTION1allC254 - 284
13X-RAY DIFFRACTION1allC286
14X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 2
15X-RAY DIFFRACTION1allE2 - 4
16X-RAY DIFFRACTION1allE5
17X-RAY DIFFRACTION1allE6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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