PDB-4z4j: Crystal Structure of cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z4j

タイトル

Crystal Structure of cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903

要素

Cellobiose 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / Cellobiose 2-epimerase / latulose / lactose

機能・相同性

機能・相同性情報

cellobiose epimerase / cellobiose epimerase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.542 Å

データ登録者

Shen, Q.Y. / Zhang, Y.Z.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903
著者: Shen, Q.Y. / Zhang, Y.Z.

履歴

登録	2015年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z4j.cif.gz	191.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z4j.ent.gz	151.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z4lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ewf-3 3gyc-2 3gt5-d 3vw5-3 3wux-d 4nrr-2 5noa-d 1inf-d 2z07-1 4z4l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellobiose 2-epimerase

ヘテロ分子

48.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.687, 75.773, 91.171
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cellobiose 2-epimerase / CE 分子量: 47764.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (バクテリア) 株: DSM8903 / 遺伝子: Csac_0294 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4XGA6, cellobiose epimerase
#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M Na citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 20% v/v isopropanol, 20% v/v PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.968 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月25日

放射

モノクロメーター: ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.968 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.54→30 Å / Num. obs: 55473 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 0.996 / Net I/av σ(I): 21.709 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 766957

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
1.54-1.57	10.2	1996	0.741	0.392	1.007	71.1
1.57-1.6	10.8	2222	0.792	0.329	1	78.1
1.6-1.63	11.7	2436	0.857	0.275	0.998	86.3	0.917	0.959
1.63-1.66	13.1	2699	0.904	0.237	1.003	96.1	0.853	0.887
1.66-1.69	13.9	2850	0.937	0.199	1	99.7	0.736	0.762
1.69-1.73	14	2814	0.958	0.166	1.007	99.6	0.615	0.638
1.73-1.78	13.9	2845	0.972	0.134	1.006	99.8	0.496	0.514
1.78-1.83	14.1	2841	0.976	0.108	1.001	99.8	0.401	0.416
1.83-1.88	14	2855	0.982	0.092	1.001	100	0.341	0.354
1.88-1.94	14.1	2851	0.986	0.072	0.994	99.9	0.267	0.277
1.94-2.01	14.3	2847	0.991	0.057	0.991	100	0.213	0.22
2.01-2.09	14.4	2855	0.994	0.046	1.021	100	0.171	0.177
2.09-2.19	14.5	2860	0.995	0.038	0.977	100	0.143	0.148
2.19-2.3	14.7	2859	0.996	0.033	1.002	100	0.122	0.127
2.3-2.44	14.7	2890	0.997	0.028	1.025	100	0.104	0.108
2.44-2.63	14.7	2882	0.997	0.024	0.991	100	0.089	0.092
2.63-2.9	14.7	2906	0.998	0.021	0.999	100	0.08	0.083
2.9-3.32	14.6	2915	0.998	0.02	0.963	100	0.075	0.077
3.32-4.18	14.5	2957	0.999	0.016	0.937	100	0.057	0.059
4.18-30	13.5	3093	0.998	0.016	1.008	99.4	0.056	0.059

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.542→29.625 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1877	2000	3.61 %	thin shell
R_work	0.1587	-	-	-
obs	0.1597	55405	96.34 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.95 Å² / B_iso mean: 18.6559 Å² / B_iso min: 7.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.542→29.625 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3297	0	24	204	3525
B_iso mean	-	-	25.87	26.95	-
残基数	-	-	-	-	392

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 26.1514 Å / Origin y: 0.1351 Å / Origin z: -8.2895 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0942 Å²	-0.0044 Å²	0.0021 Å²	-	0.0997 Å²	0.0019 Å²	-	-	0.0791 Å²
L	0.8608 °²	0.0021 °²	-0.0718 °²	-	1.1294 °²	-0.1029 °²	-	-	0.9159 °²
S	0.0012 Å °	-0.0106 Å °	-0.0648 Å °	0.0146 Å °	-0.0334 Å °	-0.0091 Å °	0.0342 Å °	-0.0383 Å °	0.0244 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	-1 - 390
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	2 - 125
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	126 - 135
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	136 - 142
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	179 - 218
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	219 - 230
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	231
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	232
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	233 - 234
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	236 - 237
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	238 - 253
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	254 - 284
13	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	286
14	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 2
15	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	2 - 4
16	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	5
17	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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