PDB-4z43: Crystal structure of Tryptophan 7-halogenase (PrnA) Mutant E450K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z43

タイトル

Crystal structure of Tryptophan 7-halogenase (PrnA) Mutant E450K

要素

Flavin-dependent tryptophan halogenase PrnA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 7-halogenase (PrnA) Mutant E450K

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan 7-halogenase / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Levy, C.W.

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2015
タイトル: Extending the biocatalytic scope of regiocomplementary flavin-dependent halogenase enzymes.
著者: Shepherd, S.A. / Karthikeyan, C. / Latham, J. / Struck, A.W. / Thompson, M.L. / Menon, B.R.K. / Styles, M.Q. / Levy, C. / Leys, D. / Micklefield, J.

履歴

登録	2015年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z43.cif.gz	220.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z43.ent.gz	177 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z43.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z43_validation.pdf.gz	717.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z43_full_validation.pdf.gz	727.2 KB	表示
XML形式データ	4z43_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	4z43_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z43	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z44C 2aqjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z44-1 6sls-d 7cu2-d 2jkc-1 4g6g-d 7aqu-d 2yjq-d 2rbe-d 3c2u-2 6y1w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flavin-dependent tryptophan halogenase PrnA

ヘテロ分子

62.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Flavin-dependent tryptophan halogenase PrnA

ヘテロ分子

A: Flavin-dependent tryptophan halogenase PrnA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.740, 68.740, 276.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Flavin-dependent tryptophan halogenase PrnA 分子量: 61146.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: prnA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P95480, tryptophan 7-halogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 1.0 M Imidazole and MES Buffer Mix at pH 6.5, containing 0.09 M nitrate phosphate sulfate salt mix (NaNO3; Na2HPO4; (NH4)2SO4)) and 60% w/v glycerol and polyethylene glycol 4K)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9779 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→30.85 Å / Num. obs: 30949 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 22.16
反射シェル	解像度: 2.29→2.37 Å / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	DEV_1977	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2AQJ

2aqj

解像度: 2.29→30.85 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	2000	6.46 %
R_work	0.184	-	-
obs	0.187	30949	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→30.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4061	0	59	45	4165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4242
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.909	5766
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.653	1544
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	603
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	742

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.3473	0.2934	138	0.2503	1989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3473-2.4107	0.3163	139	0.2398	2023	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4107-2.4816	0.3451	141	0.2324	2034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4816-2.5617	0.2871	141	0.2262	2037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5617-2.6532	0.2968	139	0.23	2026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6532-2.7593	0.2614	141	0.2168	2027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7593-2.8848	0.2807	140	0.2213	2034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8848-3.0368	0.2648	141	0.2287	2050	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0368-3.2269	0.2812	142	0.2203	2054	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2269-3.4757	0.2574	145	0.2106	2077	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4757-3.8249	0.2514	143	0.1792	2082	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8249-4.3771	0.167	144	0.1516	2091	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3771-5.5095	0.1739	148	0.1436	2140	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5095-30.8523	0.1918	158	0.1578	2285	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5209	-1.6566	0.2032	3.2913	0.1467	1.0949	0.1225	-0.0471	-0.2319	-0.4448	0.1174	0.5056	0.0287	-0.1657	-0.2144	0.536	-0.0518	0.0315	0.251	0.0472	0.4044	-30.5688	-29.758	-19.5619
2	1.4424	-0.8892	-0.193	2.2062	0.0097	1.4211	0.2424	-0.0268	0.0862	-0.7437	0.0531	0.0581	-0.3284	-0.1381	-0.1948	0.7465	0.0236	0.1208	0.2434	0.0347	0.4137	-29.4304	-14.9492	-23.7109
3	1.6622	-1.4143	0.1039	2.9612	-0.2658	1.5172	0.1272	-0.2977	-0.0735	-0.0908	0.1738	0.0553	0.1204	0.0818	-0.2524	0.4983	-0.0207	0.068	0.2581	-0.0587	0.3768	-18.2016	-36.4388	-14.4572

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 2 THROUGH 152 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 153 THROUGH 395 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 396 THROUGH 517 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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