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- PDB-6y1w: Xcc4156, a flavin-dependent halogenase from Xanthomonas campestris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y1w
タイトルXcc4156, a flavin-dependent halogenase from Xanthomonas campestris
要素Putative tryptophan halogenase
キーワードFLAVOPROTEIN / flavin-dependent halogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / : / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Meso-2,3-Butanediol / (2S,3S)-butane-2,3-diol / PHOSPHATE ION / L(+)-TARTARIC ACID / Tryptophan halogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Widmann, C. / Ismail, M. / Sewald, N. / Niemann, H.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of apo flavin-dependent halogenase Xcc4156 hints at a reason for cofactor-soaking difficulties.
著者: Widmann, C. / Ismail, M. / Sewald, N. / Niemann, H.H.
履歴
登録2020年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative tryptophan halogenase
B: Putative tryptophan halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,00022
ポリマ－116,3672
非ポリマー2,63320
水20,8971160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7510 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area38410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)119.960, 119.960, 70.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGGLYGLY(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA11 - 2114 - 24
12ALAALAALAALA(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA24 - 3027 - 33
13SERSERGLNGLN(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA33 - 3936 - 42
14ILEILEGLUGLU(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA42 - 7145 - 74
15GLUGLUTRPTRP(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA74 - 12177 - 124
16ALAALAARGARG(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA124 - 131127 - 134
17PHEPHEGLUGLU(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA133 - 145136 - 148
18PHEPHETYRTYR(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA148 - 167151 - 170
19PHEPHEILEILE(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA170 - 187173 - 190
110VALVALVALVAL(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA190 - 232193 - 235
111GLUGLUTHRTHR(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA235 - 251238 - 254
112VALVALSERSER(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA254 - 287257 - 290
113TYRTYRVALVAL(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA290 - 299293 - 302
114HISHISARGARG(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA302 - 313305 - 316
115PROPROPROPRO(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA319322
116ARGARGTRPTRP(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA322 - 326325 - 329
117ASNASNLEULEU(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA329 - 335332 - 338
118GLYGLYGLUGLU(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA338 - 341341 - 344
119GLUGLULEULEU(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA344 - 359347 - 362
120PHEPHEPROPRO(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA362 - 363365 - 366
121ILEILEASPASP(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA366 - 406369 - 409
122SERSERSERSER(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA409 - 415412 - 418
123HISHISARGARG(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA418 - 419421 - 422
124LEULEULEULEU(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA422425
125GLYGLYARGARG(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA427 - 428430 - 431
126HISHISPHEPHE(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA431 - 437434 - 440
127ASNASNGLNGLN(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA440 - 449443 - 452
128VALVALHISHIS(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA452 - 457455 - 460
129ALAALAPHEPHE(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA460 - 471463 - 474
130GLYGLYPHEPHE(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA474 - 492477 - 495
131ARGARGPROPRO(chain 'A' and (resid 11 through 22 or resid 24...AA495 - 502498 - 505
232ARGARGGLYGLY(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB11 - 2114 - 24
233ALAALAALAALA(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB24 - 3027 - 33
234SERSERGLNGLN(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB33 - 3936 - 42
235ILEILEGLUGLU(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB42 - 7145 - 74
236GLUGLUTRPTRP(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB74 - 12177 - 124
237ALAALAARGARG(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB124 - 131127 - 134
238PHEPHEGLUGLU(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB133 - 145136 - 148
239PHEPHETYRTYR(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB148 - 167151 - 170
240PHEPHEILEILE(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB170 - 187173 - 190
241VALVALVALVAL(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB190 - 232193 - 235
242GLUGLUTHRTHR(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB235 - 251238 - 254
243VALVALSERSER(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB254 - 287257 - 290
244TYRTYRVALVAL(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB290 - 299293 - 302
245HISHISARGARG(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB302 - 313305 - 316
246PROPROPROPRO(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB319322
247ARGARGTRPTRP(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB322 - 326325 - 329
248ASNASNLEULEU(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB329 - 335332 - 338
249GLYGLYGLUGLU(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB338 - 341341 - 344
250GLUGLULEULEU(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB344 - 359347 - 362
251PHEPHEPROPRO(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB362 - 363365 - 366
252ILEILEASPASP(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB366 - 406369 - 409
253SERSERSERSER(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB409 - 415412 - 418
254HISHISARGARG(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB418 - 419421 - 422
255LEULEULEULEU(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB422425
256GLYGLYARGARG(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB427 - 428430 - 431
257HISHISPHEPHE(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB431 - 437434 - 440
258ASNASNGLNGLN(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB440 - 449443 - 452
259VALVALHISHIS(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB452 - 457455 - 460
260ALAALAPHEPHE(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB460 - 471463 - 474
261GLYGLYPHEPHE(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB474 - 492477 - 495
262ARGARGPROPRO(chain 'B' and (resid 11 through 22 or resid 24...BB495 - 502498 - 505

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative tryptophan halogenase


分子量: 58183.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (strain B100) (バクテリア)
遺伝子: XCCB100_4156 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0RXY9

-
非ポリマー , 6種, 1180分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-BUD / (2S,3S)-butane-2,3-diol / (2S,3S)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#6: 化合物 ChemComp-BU9 / Meso-2,3-Butanediol / meso-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 % / 解説: Thin needles
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.6 M Na/K tartrate; 0.1 M MES pH 6.5 protein concentration 10 mg/mL drop size 3 uL drop ratio (protein : reservoir) 2 :1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.917143 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917143 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→45.66 Å / Num. obs: 149524 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 1.396 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 7328 / CC1/2: 0.604 / Rpim(I) all: 0.476 / Rrim(I) all: 1.476 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSMar 15, 2019データ削減
XSCALEMar 15, 2019データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.14rc3_3199精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FRL

6frl


解像度: 1.6→45.66 Å / SU ML: 0.1704 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.4028 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1893 7318 4.9 %
Rwork0.158 142174 -
obs0.1596 149492 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7909 0 169 1160 9238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01118569
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.126311686
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07371258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00791534
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.16246797
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.620.27622860.25574681X-RAY DIFFRACTION99.98
1.62-1.640.2962320.25014822X-RAY DIFFRACTION99.96
1.64-1.660.28742420.2474661X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.680.30282420.23484747X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.70.25422800.21834697X-RAY DIFFRACTION99.98
1.7-1.720.23232620.21454718X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.750.25992380.20514724X-RAY DIFFRACTION99.98
1.75-1.770.24042820.19834726X-RAY DIFFRACTION99.96
1.77-1.80.22612600.19734711X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.830.27782360.19634797X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.860.23482440.19264643X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.90.23541910.194811X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.930.22872360.18264779X-RAY DIFFRACTION100
1.93-1.970.22012470.17544744X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.020.19152590.17144741X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.060.19882360.16164707X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.110.19812220.16174762X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.170.20342440.15854782X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.240.19792500.1574716X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.310.18432260.15144788X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.390.19432260.15034737X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.490.21492360.15694753X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.60.19712040.15414761X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.740.19412190.1524802X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.910.18422760.15434679X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.130.18962120.14944780X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.450.15132580.13494708X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.950.14532420.12644745X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.970.14172390.12234767X-RAY DIFFRACTION100
4.97-45.660.17292910.16274685X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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