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- PDB-4z42: Crystal structure of urease from Yersinia enterocolitica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z42
タイトルCrystal structure of urease from Yersinia enterocolitica
要素
  • Urease subunit alpha
  • Urease subunit beta
  • Urease subunit gamma
キーワードHYDROLASE / urease / urea degradation / nitrogen metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. ...Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / : / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / Urease, gamma subunit / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Ribbon / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Urease subunit alpha / Urease subunit beta / Urease subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica W22703 (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Studer, G. / Jakob, R.P. / Mahi, M.A. / Wiesand, U. / Schwede, T. / Maier, T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of urease from Yersinia enterocolitica
著者: Studer, G. / Jakob, R.P. / Mahi, M.A. / Wiesand, U. / Schwede, T. / Maier, T.
履歴
登録2015年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urease subunit gamma
B: Urease subunit beta
C: Urease subunit alpha
D: Urease subunit gamma
E: Urease subunit beta
F: Urease subunit alpha
G: Urease subunit gamma
H: Urease subunit beta
I: Urease subunit alpha
J: Urease subunit gamma
K: Urease subunit beta
L: Urease subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)361,00520
ポリマ－360,53512
非ポリマー4708
水1,964109
1
A: Urease subunit gamma
B: Urease subunit beta
C: Urease subunit alpha
D: Urease subunit gamma
E: Urease subunit beta
F: Urease subunit alpha
G: Urease subunit gamma
H: Urease subunit beta
I: Urease subunit alpha
J: Urease subunit gamma
K: Urease subunit beta
L: Urease subunit alpha
ヘテロ分子

A: Urease subunit gamma
B: Urease subunit beta
C: Urease subunit alpha
D: Urease subunit gamma
E: Urease subunit beta
F: Urease subunit alpha
G: Urease subunit gamma
H: Urease subunit beta
I: Urease subunit alpha
J: Urease subunit gamma
K: Urease subunit beta
L: Urease subunit alpha
ヘテロ分子

A: Urease subunit gamma
B: Urease subunit beta
C: Urease subunit alpha
D: Urease subunit gamma
E: Urease subunit beta
F: Urease subunit alpha
G: Urease subunit gamma
H: Urease subunit beta
I: Urease subunit alpha
J: Urease subunit gamma
K: Urease subunit beta
L: Urease subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,083,01560
ポリマ－1,081,60636
非ポリマー1,40924
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.200, 157.200, 774.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-714-

HOH

21L-715-

HOH

31L-722-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Urease subunit gamma / Urea amidohydrolase subunit gamma


分子量: 11063.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Yersinia enterocolitica W22703 (腸炎エルシニア)
参照: UniProt: F4MWM9, urease
#2: タンパク質
Urease subunit beta / Urea amidohydrolase subunit beta


分子量: 17926.947 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Yersinia enterocolitica W22703 (腸炎エルシニア)
参照: UniProt: F4MWM8, urease
#3: タンパク質
Urease subunit alpha / Urea amidohydrolase subunit alpha


分子量: 61143.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Yersinia enterocolitica W22703 (腸炎エルシニア)
参照: UniProt: F4MWM7, urease
#4: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 % / 解説: bipyramidal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 30%(v/v) PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→43.3 Å / Num. all: 85049 / Num. obs: 84998 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 64.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3.01→3.19 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 1.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FWB

1fwb


解像度: 3.01→29.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7679 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7262 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.496
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2976 3666 5 %RANDOM
Rwork0.2769 ---
obs0.278 73319 99.48 %-
原子変位パラメータBiso mean: 100.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.4973 Å20 Å20 Å2
2--7.4973 Å20 Å2
3----14.9946 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.013 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→29.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数47265 0 8 109 47382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00847713HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9486391HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d13174SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes627HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes7156HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it47713HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3218SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact52349SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.01→3.09 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2954 256 4.99 %
Rwork0.2798 4876 -
all0.2806 5132 -
obs--99.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.23221.38860.326110.97440.34510.36230.0268-0.11980.23320.03870.03610.0588-0.11720.198-0.0629-0.0138-0.2252-0.0675-0.4466-0.37660.392722.2521-27.884383.656
25.09780.4584-1.7123-1.16992.0914.6457-0.18710.03930.13090.14120.231-0.30860.0380.2588-0.0439-0.1032-0.5769-0.0999-0.1031-0.10380.486654.7328-54.523467.8742
30.19260.09171.38441.15281.69112.0052-0.062-0.28690.5870.70050.0023-0.3975-0.25480.09750.05970.1981-0.3202-0.1113-0.113-0.4152-0.13620.0389-60.117998.4944
41.0062-0.2474-3.151910.49584.23950-0.01110.07380.3311-0.0507-0.1276-0.0883-0.2023-0.17230.13870.32740.1356-0.0228-0.5064-0.29830.3662-3.1686-22.660477.2413
57.9546-2.2421.98538.1689-2.04890.02690.06720.14960.2445-0.26950.07250.3859-0.509-0.4058-0.13960.08080.4308-0.0379-0.19620.28210.1701-28.9613-36.120843.0254
62.36492.0752-0.33953.29780.02550.47570.0240.20621.0771-0.10860.1518-0.3207-0.72660.1905-0.17580.1403-0.06930.1412-0.48160.0990.605915.1274-44.340155.9913
7-1.28240.89950.70035.2956.5082.4770.0151-0.1820.0010.12240.0013-0.0728-0.138-0.0579-0.01640.1171-0.0501-0.0438-0.4161-0.3757-0.17512.8955-31.9507101.538
83.5689-2.0605-1.4892-3.5689-0.34285.954-0.0054-0.0850.04510.1102-0.03990.06230.04640.01330.04540.2149-0.01550.04840.1887-0.169-0.4122-12.4205-66.8793125.015
91.0623-0.9082-1.04471.7641.20570.1222-0.0444-0.20410.79790.48540.13470.4796-0.1829-0.0081-0.09030.10360.22060.1937-0.2927-0.23910.3797-21.4376-49.583382.5852
10-3.25631.8801-2.49463.25630.20218.3185-0.13470.27290.1504-0.11890.1086-0.02840.01280.16840.02610.2945-0.15850.18980.11290.2115-0.554412.0743-81.3185-2.6
118.97482.9308-2.86470.999-3.81734.46660.05710.0609-0.0561-0.2731-0.1468-0.2632-0.2380.16630.0896-0.1772-0.42340.27020.06990.140.032239.2275-57.331524.1001
120.1047-0.34371.19822.8298-1.70641.3357-0.05880.3440.6809-1.19440.08920.1344-0.19340.0328-0.03040.47260.0647-0.01820.0310.3405-0.5665-6.7677-65.356122.8557
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|* }
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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