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- PDB-4z30: Crystal structure of the ROQ domain of human Roquin-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z30
タイトルCrystal structure of the ROQ domain of human Roquin-2
要素Roquin-2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ROQ / RNA-binding / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of miRNA metabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / T follicular helper cell differentiation / limb development / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / lung alveolus development / T cell homeostasis / B cell homeostasis / lymph node development / T cell proliferation ...regulation of miRNA metabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / T follicular helper cell differentiation / limb development / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / lung alveolus development / T cell homeostasis / B cell homeostasis / lymph node development / T cell proliferation / spleen development / post-embryonic development / P-body / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / RING-type E3 ubiquitin transferase / multicellular organism growth / RNA stem-loop binding / protein polyubiquitination / cytoplasmic stress granule / ubiquitin protein ligase activity / double-stranded RNA binding / T cell receptor signaling pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / cell surface / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Roquin II / : / : / Roquin II domain / Roquin 1/2-like, ROQ domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type ...Roquin II / : / : / Roquin II domain / Roquin 1/2-like, ROQ domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者DONG, A. / ZHANG, Q. / TEMPEL, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / TONG, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: New Insights into the RNA-Binding and E3 Ubiquitin Ligase Activities of Roquins.
著者: Zhang, Q. / Fan, L. / Hou, F. / Dong, A. / Wang, Y.X. / Tong, Y.
履歴
登録2015年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Roquin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6765
ポリマ－36,6761
非ポリマー04
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.764, 144.764, 56.141
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Roquin-2 / Membrane-associated nucleic acid-binding protein / RING finger and CCCH-type zinc finger domain- ...Membrane-associated nucleic acid-binding protein / RING finger and CCCH-type zinc finger domain-containing protein 2 / RING finger protein 164


分子量: 36676.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RC3H2, MNAB, RNF164 / プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9HBD1
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: mixing 2 uL protein with 1 uL well solution consisting of 3.2 M NaCl, 0.1 M NaOAc pH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→50 Å / Num. obs: 16736 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 59.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 1.353 / Net I/av σ(I): 31.742 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 160955
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.71-2.769.70.9058070.8960.3020.9560.94899.9
2.76-2.819.70.6438410.9750.2160.6791.021100
2.81-2.869.70.5097910.9770.170.5371.004100
2.86-2.929.90.4628180.9780.1530.4871.036100
2.92-2.989.80.348270.990.1130.3581.066100
2.98-3.059.80.2958180.9880.0970.3111.08100
3.05-3.139.80.2998250.9840.0990.3161.137100
3.13-3.219.80.2578270.9890.0850.2711.206100
3.21-3.319.80.198270.9940.0620.21.403100
3.31-3.419.80.1598020.9940.0510.1671.431100
3.41-3.549.70.1378490.9970.0450.1451.402100
3.54-3.689.80.1068160.9980.0340.1121.437100
3.68-3.859.70.0918240.9980.030.0951.435100
3.85-4.059.70.0798480.9980.0260.0831.518100
4.05-4.39.70.0768360.9980.0250.081.688100
4.3-4.639.60.0818420.9970.0270.0852.249100
4.63-5.19.50.0738520.9970.0240.0771.972100
5.1-5.849.40.0658530.9980.0220.0691.462100
5.84-7.359.30.0528820.9990.0170.0551.255100
7.35-508.50.0399510.9990.0140.0411.288100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QIK

4qik


解像度: 2.71→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 29.251 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.349 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2526 846 5.1 %RANDOM
Rwork0.2202 ---
obs0.2218 15846 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.31 Å2 / Biso mean: 79.795 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.28 Å20 Å20 Å2
2--3.28 Å2-0 Å2
3----6.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.71→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2226 0 4 13 2243
Biso mean--30 60.37 -
残基数----294
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192277
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.9633100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93334993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4115294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7323.43896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.515371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.81519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.995.7851179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9915.7821178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1958.6681472
LS精密化 シェル解像度: 2.714→2.784 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 63 -
Rwork0.362 1157 -
all-1220 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.5539 Å / Origin y: -9.4749 Å / Origin z: 1.4 Å
111213212223313233
T0.2804 Å2-0.2733 Å20.042 Å2-0.343 Å2-0.0696 Å2--0.0903 Å2
L1.1447 °20.4513 °2-1.7687 °2-0.2673 °2-0.8177 °2--3.1556 °2
S0.1448 Å °-0.198 Å °0.1598 Å °-0.0013 Å °0.0227 Å °-0.0101 Å °0.1029 Å °-0.0201 Å °-0.1675 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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