PDB-4z27: Crystal structure of apo short hoefavidin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z27

タイトル

Crystal structure of apo short hoefavidin

要素

Avidin family

キーワード

Biotin-binding protein / high affinity system / bacterial avidins

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / protein homodimerization activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Hoeflea phototrophica DFL-43 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Livnah, O. / Avraham, O.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Hoefavidin: A dimeric bacterial avidin with a C-terminal binding tail.
著者: Avraham, O. / Meir, A. / Fish, A. / Bayer, E.A. / Livnah, O.

履歴

登録	2015年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z27.cif.gz	109.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z27.ent.gz	85.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z27.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z27_validation.pdf.gz	425.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z27_full_validation.pdf.gz	426.7 KB	表示
XML形式データ	4z27_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	4z27_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z27	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z28C 4z2oC 4z2pC 4z2vC 4z6jSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2dc9-d 1ito-d 6uc3-d 1sre-d 1i9h-d 6e0u-2 2dc7-d 1lcv-d 2dcb-d 6llx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Avidin family

B: Avidin family

28.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.170, 61.170, 166.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Avidin family 分子量: 14341.508 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-154 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hoeflea phototrophica DFL-43 (バクテリア) 遺伝子: HPDFL43_17171 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9D857
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Streak seeding was applied with source crystals. Crystals appeared within 24 hours and grew to their maximal size within 2 weeks

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→57.4 Å / Num. obs: 72099 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 27.1
反射シェル	解像度: 1.34→1.39 Å / R_merge(I) obs: 0.564

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0071	精密化
MOSFLM		データ削減
MOLREP		位相決定
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Z6J

4z6j

解像度: 1.34→57.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 1.793 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18904	3408	5 %	RANDOM
R_work	0.1652	-	-	-
obs	0.16634	65432	95.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.422 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.42 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.34→57.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1892	0	0	115	2007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.457	1.905	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.947	3	3852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.706	5	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.633	26	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.484	15	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	495
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.428	2.105	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.419	2.102	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.311	3.18	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.31	3.181	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.396	2.25	951
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.395	2.25	952
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.947	3.269	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.67	17.376	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.65	17.221	2130
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.072	3	3627
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	23.745	5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	12.351	5	3636

LS精密化シェル

解像度: 1.34→1.375 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	252	-
R_work	0.281	4626	-
obs	-	-	93.32 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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