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万見
- PDB-4z1y: Thermostable enolase from Chloroflexus aurantiacus with substrate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z1y
タイトルThermostable enolase from Chloroflexus aurantiacus with substrate 2-phosphoglycerate
要素Enolase
キーワードLYASE / enolase / thermostability / thermophilic origin / phylogeny
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / magnesium ion binding / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHOSPHOGLYCERIC ACID / Enolase
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Zadvornyy, O.A. / Peters, J.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
AFOSR 米国
引用ジャーナル: Front Bioeng Biotechnol / 年: 2015
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of Enolase from Chloroflexus aurantiacus: Evidence for a Thermophilic Origin.
著者: Zadvornyy, O.A. / Boyd, E.S. / Posewitz, M.C. / Zorin, N.A. / Peters, J.W.
履歴
登録2015年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_nat / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enolase
B: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3126
ポリマ－91,8922
非ポリマー4214
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area29810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.324, 146.324, 101.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase


分子量: 45945.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア)
株: ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl / 参照: UniProt: A9WCM4, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-2PG / 2-PHOSPHOGLYCERIC ACID


分子量: 186.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane buffer (pH 9.0), 0.21 M NaCl, 28% (w/v) PEG 1500 and 20% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→37.7 Å / Num. obs: 35899 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 61.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.53→2.67 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
REFMAC精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.53→37.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9281 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9016 / SU R Cruickshank DPI: 0.429 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.388 / SU Rfree Blow DPI: 0.259 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.27
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2524 1794 5 %RANDOM
Rwork0.2136 ---
obs0.2155 35894 99.92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0153 Å20 Å20 Å2
2--4.0153 Å20 Å2
3----8.0307 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.363 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.53→37.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6383 0 24 23 6430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016501HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.28820HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2258SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes167HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes964HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6501HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.7
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion873SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7785SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.6 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2928 143 4.89 %
Rwork0.2351 2781 -
all0.2379 2924 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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