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- PDB-6j36: crystal structure of Mycoplasma hyopneumoniae Enolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j36
タイトルcrystal structure of Mycoplasma hyopneumoniae Enolase
要素Enolase
キーワードCELL ADHESION / octamer
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / magnesium ion binding / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycoplasma hyopneumoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.301 Å
データ登録者Chen, R. / Zhang, S. / Gan, R. / Xie, X. / Feng, Z. / Wang, W. / Ran, T. / Zhang, W. / Xiang, Q. / Shao, G.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31800160 中国
National Natural Science Foundation of China31770193 中国
National Natural Science Foundation of China31800161 中国
引用ジャーナル: Front Cell Infect Microbiol / 年: 2019
タイトル: Featured Species-Specific Loops Are Found in the Crystal Structure ofMhpEno, a Cell Surface Adhesin FromMycoplasma hyopneumoniae.
著者: Chen, R. / Yu, Y. / Feng, Z. / Gan, R. / Xie, X. / Zhang, Z. / Xie, Q. / Wang, W. / Ran, T. / Zhang, W. / Xiong, Q. / Shao, G.
履歴
登録2019年1月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enolase
B: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,92510
ポリマ－101,1722
非ポリマー7538
水1,02757
1
A: Enolase
B: Enolase
ヘテロ分子

A: Enolase
B: Enolase
ヘテロ分子

A: Enolase
B: Enolase
ヘテロ分子

A: Enolase
B: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)407,70040
ポリマ－404,6908
非ポリマー3,01132
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_665-y+1,x+1,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,-x+1,z1
Buried area33530 Å2
ΔGint-312 kcal/mol
Surface area119850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.154, 193.154, 63.943
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Enolase


分子量: 50586.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma hyopneumoniae (バクテリア)
遺伝子: eno / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A223MA21, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.056 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344 M potassium phosphate dibasic, pH=8.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.289 Å / Num. obs: 52577 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.597 / Num. unique obs: 39272 / CC1/2: 0.861

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MKS

4mks


解像度: 2.301→48.289 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2257 2629 5 %
Rwork0.1865 --
obs0.1885 52557 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.301→48.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7000 0 44 57 7101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8869667
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.9174282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521085
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051254
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3008-2.34260.27261350.2412595X-RAY DIFFRACTION100
2.3426-2.38760.31161260.23132642X-RAY DIFFRACTION100
2.3876-2.43640.26851130.2352593X-RAY DIFFRACTION100
2.4364-2.48940.30151370.23182607X-RAY DIFFRACTION100
2.4894-2.54730.31971230.23252655X-RAY DIFFRACTION100
2.5473-2.6110.28191580.222583X-RAY DIFFRACTION100
2.611-2.68150.2631460.2222613X-RAY DIFFRACTION100
2.6815-2.76040.25841420.21452617X-RAY DIFFRACTION100
2.7604-2.84950.25511500.20872583X-RAY DIFFRACTION100
2.8495-2.95140.26431550.21962605X-RAY DIFFRACTION100
2.9514-3.06950.23921510.22842607X-RAY DIFFRACTION100
3.0695-3.20920.27551400.21252626X-RAY DIFFRACTION100
3.2092-3.37830.26451480.21722607X-RAY DIFFRACTION100
3.3783-3.58990.26341250.18742653X-RAY DIFFRACTION100
3.5899-3.8670.21211170.17542650X-RAY DIFFRACTION100
3.867-4.2560.15681520.14452645X-RAY DIFFRACTION100
4.256-4.87130.16851350.13182642X-RAY DIFFRACTION100
4.8713-6.13540.18151410.15062667X-RAY DIFFRACTION100
6.1354-48.29910.16811350.15492738X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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