PDB-4z0g: Structure of the IMPDH from Ashbya gossypii bound to GMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z0g

タイトル

Structure of the IMPDH from Ashbya gossypii bound to GMP

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Ashbya gossypii (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Buey, R.M. / de Pereda, J.M. / Revuelta, J.L.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Guanine nucleotide binding to the Bateman domain mediates the allosteric inhibition of eukaryotic IMP dehydrogenases.
著者: Buey, R.M. / Ledesma-Amaro, R. / Velazquez-Campoy, A. / Balsera, M. / Chagoyen, M. / de Pereda, J.M. / Revuelta, J.L.

履歴

登録	2015年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z0g.cif.gz	443.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z0g.ent.gz	367.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z0g_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z0g_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	4z0g_validation.xml.gz	34.3 KB	表示
CIF形式データ	4z0g_validation.cif.gz	52.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z0g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z87C 4xwuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xtd-2 4xtd-1 4xti-1 4ix2-2 4ix2-1 4xti-2 4fo4-2 2cu0-1 1jr1-2 5uqf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

90.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

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A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

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A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
182 kDa, 4 ポリマー
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2

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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.480, 117.480, 56.525
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1023- HOH
2	1	B-1024- HOH

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH 分子量: 44528.555 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-119,UNP residues 236-522 変異: The whole Bateman domain (residues 116-235) has been replaced by the sequence stretch "SQDG" 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ashbya gossypii (strain ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056) (菌類) 遺伝子: AGOS_AER117W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q756Z6, IMP dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP 分子量: 363.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% (v/v) 1,2-propanediol 5% (w/v) PEG-3000 10% (v/v) glycerol 0.1 M Natrium phosphate-citrate, pH 4.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→56.53 Å / Num. obs: 212581 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.93 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 21.88
反射シェル	解像度: 1.25→1.28 Å / 冗長度: 9.95 % / R_merge(I) obs: 1.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1839)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XWU

4xwu

解像度: 1.25→56.525 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1482	10645	5.01 %
R_work	0.1241	-	-
obs	0.1252	212410	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→56.525 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5781	0	110	645	6536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5999
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.341	8117
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.062	2163
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	939
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1030

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2501-1.2643	0.3527	340	0.3464	6549	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2643-1.2791	0.3025	344	0.3062	6665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2791-1.2947	0.2957	381	0.2804	6643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2947-1.3111	0.2764	375	0.2564	6714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3111-1.3284	0.2747	348	0.2304	6680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3284-1.3466	0.2381	397	0.2153	6665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3466-1.3658	0.2055	378	0.1922	6669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3658-1.3862	0.2051	324	0.173	6746	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3862-1.4079	0.2038	372	0.1605	6681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4079-1.431	0.1737	339	0.1408	6728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.431-1.4556	0.1652	350	0.1304	6728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4556-1.4821	0.1742	366	0.1225	6699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4821-1.5106	0.1575	344	0.1121	6750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5106-1.5415	0.1533	363	0.1067	6664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5415-1.575	0.1453	350	0.1013	6681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.575-1.6116	0.1429	310	0.1025	6836	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6116-1.6519	0.1291	377	0.0874	6613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6519-1.6966	0.1201	356	0.0855	6715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6966-1.7465	0.1177	357	0.0868	6735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7465-1.8029	0.1265	366	0.0834	6703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8029-1.8673	0.1238	385	0.0909	6719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8673-1.9421	0.1287	350	0.0908	6730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9421-2.0305	0.1232	375	0.095	6747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0305-2.1375	0.1271	349	0.0981	6751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1375-2.2715	0.1193	336	0.0982	6748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2715-2.4469	0.1265	352	0.1022	6771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4469-2.6931	0.1286	327	0.1115	6777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6931-3.0828	0.1477	320	0.126	6865	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0828-3.8838	0.1443	386	0.1276	6777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8838-56.5828	0.1565	328	0.1475	7016	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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