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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z0c | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of TLR13-ssRNA13 complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / immune receptor / Toll-like receptor / ssRNA | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 toll-like receptor 13 signaling pathway / NADP+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / plasma membrane => GO:0005886 / regulation of MAPK cascade / response to virus / transmembrane signaling receptor activity ...toll-like receptor 13 signaling pathway / NADP+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / plasma membrane => GO:0005886 / regulation of MAPK cascade / response to virus / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / endosome / endosome membrane / rRNA binding / inflammatory response / innate immune response / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Song, W. / Han, Z. / Chai, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015 タイトル: Structural basis for specific recognition of single-stranded RNA by Toll-like receptor 13. 著者: Wen Song / Jia Wang / Zhifu Han / Yifan Zhang / Heqiao Zhang / Weiguang Wang / Junbiao Chang / Bingshu Xia / Shilong Fan / Dekai Zhang / Jiawei Wang / Hong-Wei Wang / Jijie Chai / 要旨: Toll-like receptors (TLRs) have crucial roles in innate immunity, functioning as pattern-recognition receptors. TLR13 recognizes a conserved sequence from bacterial 23S rRNA and then triggers an ...Toll-like receptors (TLRs) have crucial roles in innate immunity, functioning as pattern-recognition receptors. TLR13 recognizes a conserved sequence from bacterial 23S rRNA and then triggers an immune response. Here we report the crystal structure of the mouse TLR13 ectodomain bound by a 13-nt single-stranded (ss) RNA derived from 23S rRNA. The ssRNA induces TLR13 dimerization but assumes a stem-loop-like structure that is completely different from that in the bacterial ribosome but nevertheless is crucial for TLR13 recognition. Most of the RNA nucleotides are splayed out to make base-specific contacts with the concave surface of TLR13, and RNA-specific interactions are important to allow TLR13 to distinguish RNA from DNA. Interestingly, a viral-derived 16-nt ssRNA predicted to form a similar stem-loop-like structure also induces TLR13 activation. Together, our results reveal the structural mechanism of TLR13's sequence- and conformation-specific recognition of ssRNA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4z0c.cif.gz | 621.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4z0c.ent.gz | 516.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4z0c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4z0c_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4z0c_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4z0c_validation.xml.gz | 55.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4z0c_validation.cif.gz | 78.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z0c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81335.352 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 69-777 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tlr13 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q6R5N8 #2: RNA鎖 | 分子量: 4162.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 糖 | ChemComp-NAG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1%(w/v) tryptone, 0.05M HEPES (4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid) sodium pH 7.0 and 12%(v/v) polyethylene glycol (PEG) 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 89687 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 8.5 % / Net I/σ(I): 27.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→45.9 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.9 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -28.2271 Å / Origin y: -30.423 Å / Origin z: 41.8152 Å
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精密化 TLSグループ |
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