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- PDB-5zln: Crystal structure of mouse TLR9 in complex with two DNAs (CpG DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zln
タイトルCrystal structure of mouse TLR9 in complex with two DNAs (CpG DNA and TCGCCA DNA)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*C)-3')
  • Toll-like receptor 9
キーワードIMMUNE SYSTEM / Innate immunity / Toll-like receptor / Leucine-rich repeat / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / cellular response to chloroquine / positive regulation of intestinal epithelial cell development / regulation of B cell activation / Trafficking and processing of endosomal TLR / PI3K Cascade / detection of molecule of bacterial origin / regulation of B cell differentiation / endolysosome / cellular response to metal ion ...Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / cellular response to chloroquine / positive regulation of intestinal epithelial cell development / regulation of B cell activation / Trafficking and processing of endosomal TLR / PI3K Cascade / detection of molecule of bacterial origin / regulation of B cell differentiation / endolysosome / cellular response to metal ion / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / regulation of dendritic cell cytokine production / maintenance of gastrointestinal epithelium / positive regulation of B cell activation / positive regulation of interleukin-18 production / unmethylated CpG binding / toll-like receptor 9 signaling pathway / siRNA binding / early phagosome / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of immunoglobulin production / pattern recognition receptor activity / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of interleukin-10 production / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of chemokine production / phagocytic vesicle / positive regulation of autophagy / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of cytokine production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / response to molecule of bacterial origin / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / male gonad development / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / basolateral plasma membrane / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / endosome / immune response / apical plasma membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat unit / Leucine-rich repeat / TIR domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...Leucine-rich repeat unit / Leucine-rich repeat / TIR domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Toll-like receptor 9
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ishida, H. / Ohto, U. / Shimizu, T.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for species-specific activation of mouse Toll-like receptor 9
著者: Ishida, H. / Ohto, U. / Shibata, T. / Miyake, K. / Shimizu, T.
履歴
登録2018年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 9
B: Toll-like receptor 9
C: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,49725
ポリマ－187,3606
非ポリマー6,13719
水10,827601
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18930 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area62750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.306, 128.141, 156.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 28 - 810 / Label seq-ID: 3 - 785

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Toll-like receptor 9


分子量: 88844.961 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-818
変異: L310M, T325Q, L378S, N495Q, N514Q, T573A, Q573A,Q579H, N670Q
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tlr9
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9EQU3

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CDEF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 3066.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*C)-3')


分子量: 1769.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
糖 , 3種, 14分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 606分子

#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20%(w/v) PEG4000, 0.15M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES-NaOH pH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.61 Å / Num. obs: 102418 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.3 % / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WPF

3wpf


解像度: 2.3→49.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 7.117 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.208 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23847 4986 4.9 %RANDOM
Rwork0.19145 ---
obs0.19369 97358 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.994 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→49.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11888 560 397 601 13446
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01913217
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5941.95618103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.898327755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.83851500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.22823.978538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.195152101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4341566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.22117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113925
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5953.7936012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5823.7926011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.935.687508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9325.6827509
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8814.5597205
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8674.5487184
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1776.68110565
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.53245.51114157
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.53445.46814087
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 23786 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 335 -
Rwork0.293 6980 -
obs--97.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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