+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yzo | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure Analysis of Thiolase-like protein, ST0096 from Sulfolobus Tokodaii | ||||||
要素 | Putative acyl-CoA acyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / lipid metabolism / thiolase-like fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sulfolobus tokodaii str. 7 (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Padmanabhan, B. / Manjula, R. / Yokoyama, S. / Bessho, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure Analysis of Thiolase-like protein, ST0096 from Sulfolobus Tokodaii 著者: Padmanabhan, B. / Manjula, R. / Yokoyama, S. / Bessho, Y. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yzo.cif.gz | 313.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4yzo.ent.gz | 263.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yzo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4yzo_validation.pdf.gz | 493.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4yzo_full_validation.pdf.gz | 508.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4yzo_validation.xml.gz | 66.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4yzo_validation.cif.gz | 100.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/4yzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/4yzo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 40914.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii str. 7 (古細菌) 株: 7 / 遺伝子: STK_00960 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q976U3, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
---|
-非ポリマー , 5種, 1523分子
#2: 化合物 | ChemComp-PEG / #3: 化合物 | ChemComp-IMD / | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8 詳細: 30 % 2-ethoxyethanol, 50 mM Calcium Acetate, 0.1 M Imidazole, pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.97895, 0.97947, 0.900 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月2日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 180973 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 16.7 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 78.3 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.793 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.097 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.83 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→19.99 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|