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万見
- PDB-4yvs: crystal structure of the virus-like particle of a c4 strain EV71 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yvs
タイトルcrystal structure of the virus-like particle of a c4 strain EV71
要素
  • Capsid protein VP0
  • Capsid protein VP1
  • Capsid protein VP3
キーワードVIRUS / virus-like particle / neutralization epitope
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 ...Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Chen, R. / Lyu, K.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31370730 中国
National Natural Science Foundation of China31070144 中国
Ministry of Science and Technology of China2010CB912403 中国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of Yeast-Produced Enterovirus 71 and Enterovirus 71/Coxsackievirus A16 Chimeric Virus-Like Particles Provide the Structural Basis for Novel Vaccine Design against ...タイトル: Crystal Structures of Yeast-Produced Enterovirus 71 and Enterovirus 71/Coxsackievirus A16 Chimeric Virus-Like Particles Provide the Structural Basis for Novel Vaccine Design against Hand-Foot-and-Mouth Disease
著者: Lyu, K. / He, Y.L. / Li, H.Y. / Chen, R.
履歴
登録2015年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP3
C: Capsid protein VP0
D: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP3
H: Capsid protein VP3
K: Capsid protein VP3
N: Capsid protein VP3
F: Capsid protein VP0
I: Capsid protein VP0
L: Capsid protein VP0
O: Capsid protein VP0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)471,74615
ポリマ－471,74615
非ポリマー00
水00
1
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP3
C: Capsid protein VP0
D: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP3
H: Capsid protein VP3
K: Capsid protein VP3
N: Capsid protein VP3
F: Capsid protein VP0
I: Capsid protein VP0
L: Capsid protein VP0
O: Capsid protein VP0
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,660,948180
ポリマ－5,660,948180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area1282620 Å2
ΔGint-7331 kcal/mol
Surface area1221850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)349.746, 349.746, 349.746
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number208
Space group name H-MP4232
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C (n回回転対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain D and segid A
31chain G and segid A
41chain J and segid A
51chain M and segid A
12chain B and segid B
22chain E and segid B
32chain H and segid B
42chain K and segid B
52chain N and segid B
13chain C and segid C
23chain F and segid C
33chain I and segid C
43chain L and segid C
53chain O and segid C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain D and segid AD0
311chain G and segid AG0
411chain J and segid AJ0
511chain M and segid AM0
112chain B and segid BB0
212chain E and segid BE0
312chain H and segid BH0
412chain K and segid BK0
512chain N and segid BN0
113chain C and segid CC0
213chain F and segid CF0
313chain I and segid CI0
413chain L and segid CL0
513chain O and segid CO0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein VP1


分子量: 32699.773 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: F6KTB0
#2: タンパク質
Capsid protein VP3


分子量: 26440.148 Da / 分子数: 5 / Mutation: K550Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: F6KTB0
#3: タンパク質
Capsid protein VP0


分子量: 35209.219 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: F6KTB0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.45 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 0.1M Imidazole, 1M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.65→50 Å / Num. obs: 72397 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 105.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 1.575 / Net I/av σ(I): 7.25 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 227650
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3.65-3.782.566890.5860.7411.25984
3.78-3.932.569190.6990.5871.27986.40.832
3.93-4.112.670560.8040.4071.38688.40.5840.717
4.11-4.332.771790.8770.2821.48289.60.4130.503
4.33-4.62.973790.9310.1991.71791.60.3020.364
4.6-4.953.374890.9480.1561.901930.2530.299
4.95-5.453.675470.9660.1241.80393.10.2120.247
5.45-6.243.674210.9770.0921.527910.1610.187
6.24-7.853.874180.9910.0551.433900.0990.114
7.85-503.973000.9970.0251.63884.70.0470.054

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1POV

1pov


解像度: 3.65→49.964 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3003 1988 2.77 %
Rwork0.2713 69831 -
obs0.2721 71819 88.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 296.42 Å2 / Biso mean: 88.8759 Å2 / Biso min: 41.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.65→49.964 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26430 0 0 0 26430
残基数----3405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00527210
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00137225
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0394135
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0269705
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5416X-RAY DIFFRACTION7.154TORSIONAL
12D5416X-RAY DIFFRACTION7.154TORSIONAL
13G5416X-RAY DIFFRACTION7.154TORSIONAL
14J5416X-RAY DIFFRACTION7.154TORSIONAL
15M5416X-RAY DIFFRACTION7.154TORSIONAL
21B5205X-RAY DIFFRACTION7.154TORSIONAL
22E5205X-RAY DIFFRACTION7.154TORSIONAL
23H5205X-RAY DIFFRACTION7.154TORSIONAL
24K5205X-RAY DIFFRACTION7.154TORSIONAL
25N5205X-RAY DIFFRACTION7.154TORSIONAL
31C5336X-RAY DIFFRACTION7.154TORSIONAL
32F5336X-RAY DIFFRACTION7.154TORSIONAL
33I5336X-RAY DIFFRACTION7.154TORSIONAL
34L5336X-RAY DIFFRACTION7.154TORSIONAL
35O5336X-RAY DIFFRACTION7.154TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.6491-3.74040.36151310.34894606473783
3.7404-3.84150.38321350.34664728486385
3.8415-3.95440.4371380.34134766490486
3.9544-4.0820.33051380.32124888502688
4.082-4.22790.28741410.31244898503988
4.2279-4.3970.3121410.28854995513690
4.397-4.5970.32791440.27445092523691
4.597-4.83920.30331480.26335136528492
4.8392-5.14210.27091460.25655176532292
5.1421-5.53870.30591470.25935190533792
5.5387-6.09520.2931450.25695107525290
6.0952-6.97510.28291470.25465147529490
6.9751-8.78010.29261440.2465115525989
8.7801-49.96840.24691430.23514987513082

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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