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万見
- PDB-4yvb: Structure of D128N streptavidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yvb
タイトルStructure of D128N streptavidin
要素Streptavidin
キーワードBiotin binding protein / streptavidin / biophysics / dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTIN / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.351 Å
データ登録者Baugh, L. / Le Trong, I. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. / Lybrand, T.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM080214 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Streptavidin Binding Site Mutation Yields an Unexpected Result
著者: Baugh, L. / Le Trong, I. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. / Lybrand, T.P.
履歴
登録2015年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
B: Streptavidin
C: Streptavidin
D: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7488
ポリマ－50,7714
非ポリマー9774
水7,314406
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11620 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area18410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.597, 98.950, 52.638
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Streptavidin


分子量: 12692.771 Da / 分子数: 4 / 変異: D128N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物
ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.05 M HEPES, pH 7.5 with 7.5% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.351→34.672 Å / Num. all: 101243 / Num. obs: 101243 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.5 % / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.048 / Rsym value: 0.042 / Net I/av σ(I): 12.614 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 459497
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.35-1.424.51.0960.764197142800.5641.0961.393.9
1.42-1.514.50.6271.262128138390.3260.6272.396.1
1.51-1.614.70.342.361455131360.1730.344.297.3
1.61-1.744.50.2153.654638122250.1120.2156.496.7
1.74-1.914.70.1067.353391113430.0540.10612.697.8
1.91-2.144.50.0612.646755102930.0310.0621.498.1
2.14-2.474.50.041184103190670.0210.04130.498.1
2.47-3.024.40.02923.53441177800.0150.02941.298.8
3.02-4.274.40.02129.12646059490.0110.02156.798
4.27-34.6724.50.01636.41503133310.0080.01660.798.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC5.5.0110精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1MEP

1mep


解像度: 1.351→33.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.842 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1702 5081 5 %RANDOM
Rwork0.1268 ---
obs0.1289 96132 96.97 %-
all-101213 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.01 Å2 / Biso mean: 16.922 Å2 / Biso min: 12.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-0.03 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.351→33.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3569 0 64 407 4040
Biso mean--16.88 34.89 -
残基数----477
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0213831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022389
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.771.915256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99135819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8015481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.90223.462156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.48215526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6391519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2605
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.61142367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.32641019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.63863792
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.60661464
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.87101464
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.41936220
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.8293407
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.83736123
LS精密化 シェル解像度: 1.351→1.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 371 -
Rwork0.253 6685 -
all-7056 -
obs--91.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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