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- PDB-3ry2: Wild-type core streptavidin-biotin complex at atomic resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ry2
タイトルWild-type core streptavidin-biotin complex at atomic resolution
要素Streptavidin
キーワードBiotin-binding protein / biotin
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTIN / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / isomorphous to previous structure / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Stenkamp, R.E. / Le Trong, I. / Stayton, P.S. / Lybrand, T.P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Streptavidin and its biotin complex at atomic resolution.
著者: Le Trong, I. / Wang, Z. / Hyre, D.E. / Lybrand, T.P. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E.
履歴
登録2011年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
B: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3287
ポリマ－26,5632
非ポリマー7655
水5,026279
1
A: Streptavidin
B: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
B: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,65514
ポリマ－53,1254
非ポリマー1,53010
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area12720 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.426, 94.062, 104.608
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-22-

TYR

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要素

#1: タンパク質 Streptavidin


分子量: 13281.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN


分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 30% saturated ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 0.2 M sodium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.88→70.01 Å / Num. all: 150014 / Num. obs: 150014 / % possible obs: 83.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.26 / Net I/σ(I): 49.14
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
0.88-0.98360.96819.4
0.9-0.9124271.027127.2
0.91-0.9338671.076143.4
0.93-0.9551481.162157.8
0.95-0.9762901.164170.2
0.97-0.9969171.216177.80.804
0.99-1.0277031.225186.20.571
1.02-1.0484321.238194.20.447
1.04-1.0789321.252199.80.345
1.07-1.1189481.29111000.232
1.11-1.1589501.31511000.178
1.15-1.1989991.32611000.145
1.19-1.2589431.29411000.13
1.25-1.3189751.20111000.11
1.31-1.490281.17711000.093
1.4-1.590081.15511000.075
1.5-1.6690371.36311000.089
1.66-1.990681.64411000.096
1.9-2.3991451.30511000.055
2.39-5093610.616199.40.032

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
Fccalculation位相決定
精密化構造決定の手法: isomorphous to previous structure
開始モデル: PDB entry 1MK5

1mk5


解像度: 0.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / WRfactor Rfree: 0.1217 / WRfactor Rwork: 0.1067 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.9228 / SU B: 0.404 / SU ML: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.0168 / SU Rfree: 0.0174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.017 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1313 6914 5 %RANDOM
Rwork0.1153 ---
all0.1161 137368 --
obs0.1161 137368 95.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.67 Å2 / Biso mean: 16.25 Å2 / Biso min: 7.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1814 0 50 279 2143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212124
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7611.9222910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.80333292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4225266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.33123.67887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.35615300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6581510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.24141291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.3524549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.22662086
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.1656833
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.03310824
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.06633469
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.0523279
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.84833417
LS精密化 シェル解像度: 0.95→0.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 356 -
Rwork0.347 7137 -
all-7493 -
obs--71.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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