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- PDB-4yte: N-terminal domain of HmdIII from Methanocaldococcus jannaschii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yte
タイトルN-terminal domain of HmdIII from Methanocaldococcus jannaschii
要素H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ0715
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Rossmann-like fold / [Fe]-hydrogenase paralog
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein / Methenyltetrahydromethanopterin dehydrogenase, Hmd-type / H2-forming N5,N10-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase, C-terminal / HMD, C-terminal domain superfamily / H2-forming N5,N10-methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ0715
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.
資金援助 日本, ドイツ, 2件
組織認可番号国
JST-PRESTO 日本
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: to be published
タイトル: N-terminal domain of HmdIII from Methanocaldococcus jannaschii
著者: Fujishiro, T. / Kahnt, J. / Ermler, U. / Shima, S.
履歴
登録2015年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ0715


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2151
ポリマ－21,2151
非ポリマー00
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.780, 53.780, 127.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ0715


分子量: 21215.393 Da / 分子数: 1 / 断片: Rossmann-like domain, UNP residues 1-194 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0715 / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58125
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20 % (w/v) PEG3350, 0.2M sodium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.971 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月31日
放射モノクロメーター: A double-crystal Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.971 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 12012 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 33.12 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.886 / Net I/σ(I): 17.08 / Num. measured all: 99182
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.15-2.254.90.8510.6932.56702150513640.77590.6
2.25-2.40.9430.54.3812129181117580.54197.1
2.4-2.70.9760.3617.3423436258925880.383100
2.7-3.20.9930.19413.7921770243824370.206100
3.2-3.90.9990.08729.0215539167316720.09299.9
3.9-5.10.9990.04841.3710755116511650.051100
5.1-80.9990.04540.6165587357350.048100
8-1210.03552.1316061951950.037100
120.9990.03747.59687100980.0498

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: N-terminal domain of HmdII from M. jannaschii

解像度: 2.15→46.575 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2556 619 5.17 %
Rwork0.2256 11359 -
obs0.2271 11978 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 69.74 Å2 / Biso mean: 39.2059 Å2 / Biso min: 18.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→46.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1491 0 0 69 1560
Biso mean---45.71 -
残基数----194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6692065
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003267
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.106574
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1502-2.36650.29941290.26792630275994
2.3665-2.70890.30421690.258128292998100
2.7089-3.41280.28411720.238728533025100
3.4128-46.58580.21711490.202930473196100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.75030.9996-0.44781.7185-0.06861.4525-0.1349-0.1034-0.09070.27980.1147-0.034-0.2417-0.2173-0.01750.27640.0781-0.00710.1917-0.03260.2396-11.34590.60740.5426
24.71570.086-0.04762.3662-0.55121.89470.0581-0.48280.73380.4212-0.12990.0162-0.91970.29960.15540.5185-0.0448-0.06990.2531-0.02060.3871-2.12549.39772.9812
31.3536-0.48030.66711.1222-0.09481.1803-0.1958-0.22080.13520.22630.20450.1912-0.5307-0.5022-0.0770.38480.1223-0.04250.3744-0.04780.3668-16.94632.82450.1156
41.5845-0.57760.61210.9714-0.16940.2464-0.087-0.95770.62750.5268-0.13740.4322-1.0229-0.34890.06110.60170.29230.07490.5311-0.08370.4504-18.17617.38667.7011
51.39740.7807-1.10561.86530.3041.4817-0.2143-0.04280.09540.36070.29970.3973-0.3249-0.9916-0.06650.32730.1285-0.00360.4683-0.00240.3222-22.6022-4.7939-3.8043
62.9619-0.43870.29112.218-0.58673.825-0.12420.3333-0.2087-0.1660.10250.01660.1491-0.34130.02630.219-0.01080.0010.295-0.04610.2413-13.0794-8.642-12.3408
71.3774-0.2571-0.0851.67650.65531.9832-0.06070.2039-0.4293-0.74520.1507-0.2016-0.48560.0009-0.17820.2742-0.03870.02780.4793-0.07550.2979-10.0759-4.2083-23.3481
81.98071.03630.02513.40430.78121.6143-0.08870.83950.388-0.55910.32190.4013-0.3046-0.0152-0.26370.4130.0419-0.02590.55850.1320.3711-14.164.0783-19.6749
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 16 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 30 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 57 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 58 through 67 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 68 through 87 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 88 through 155 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 156 through 171 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 172 through 194 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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