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Yorodumi- PDB-6xwy: Highly pH-resistant long stokes-shift, red fluorescent protein mC... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6xwy | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Highly pH-resistant long stokes-shift, red fluorescent protein mCRISPRed | ||||||
Components | Red fluorescent protein eqFP611 | ||||||
Keywords | FLUORESCENT PROTEIN / pH resistant / long stokes shift / lss / red fluorescent protein | ||||||
| Function / homology | Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / MALONIC ACID / Red fluorescent protein eqFP611 Function and homology information | ||||||
| Biological species | Entacmaea quadricolor (sea anemone) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Erdogan, M. / Fabritius, A. / Basquin, J. / Griesbeck, O. | ||||||
Citation | Journal: Cell Chem Biol / Year: 2020Title: Targeted In Situ Protein Diversification and Intra-organelle Validation in Mammalian Cells. Authors: Erdogan, M. / Fabritius, A. / Basquin, J. / Griesbeck, O. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6xwy.cif.gz | 373.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6xwy.ent.gz | 307.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6xwy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/6xwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/6xwy | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3u0mS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 24817.107 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Entacmaea quadricolor (sea anemone) / Production host: ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.19 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 50 mM Tris pH 8.0 0.2 M Ammonium Sulfate 26 % PEG 8000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 4, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.75→48.43 Å / Num. obs: 202826 / % possible obs: 99.88 % / Redundancy: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.37 |
| Reflection shell | Resolution: 1.75→1.812 Å / Num. unique obs: 10267 / CC1/2: 0.768 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3U0M Resolution: 1.75→48.43 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 23.9 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→48.43 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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Entacmaea quadricolor (sea anemone)
X-RAY DIFFRACTION
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