PDB-4yt8: SeMet-labelled HmdII from Methanocaldococcus jannaschii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yt8

タイトル

SeMet-labelled HmdII from Methanocaldococcus jannaschii

要素

H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Rossmann-like fold / [Fe]-hydrogenase paralog

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.902 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

資金援助

日本,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: Towards a functional identification of catalytically inactive [Fe]-hydrogenase paralogs.
著者: Fujishiro, T. / Ataka, K. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2015年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yt8.cif.gz	275.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yt8.ent.gz	223.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yt8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yt8_validation.pdf.gz	455 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yt8_full_validation.pdf.gz	459.9 KB	表示
XML形式データ	4yt8_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	4yt8_validation.cif.gz	38 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/4yt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/4yt8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yt2C 4yt4C 4yt5C 4yte C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yt2-d 4yt5-d 6huy-1 4yt4-1 6huz-1 3gnq-4 3mcq-1 4pze-1 3l0d-d 4r5h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338

B: H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338

ヘテロ分子

82.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.570, 77.970, 153.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 10 - 353 / Label seq-ID: 10 - 353

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B

#1: タンパク質	H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338 / HmdII 分子量: 41179.684 Da / 分子数: 2 / 断片: Rossmann-like domain, UNP residues 1-353 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ1338 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58734
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.27 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 35% (v/v) PEG 300 and 100 mM phosphate-citrate buffer

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SLS	X10SA	1	0.9791
シンクロトロン	SLS	X10SA	2	0.9798
シンクロトロン	SLS	X10SA	3	0.972

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
PSI PILATUS 6M	1	PIXEL	2013年4月25日
DECTRIS PILATUS 6M	2	PIXEL	2013年4月25日
DECTRIS PILATUS 6M	3	PIXEL	2013年4月25日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	A double-crystal Si(111) monochromator	MAD	M	x-ray	1
2	A double-crystal Si(111) monochromator	MAD	M	x-ray	2
3	A double-crystal Si(111) monochromator	MAD	M	x-ray	3

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.9798	1
3	0.972	1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 50381 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 27.43 Å² / R_merge F obs: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_rim(I) all: 0.127 / Χ²: 1.393 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 276025

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.9-2		3.9	0.958	0.586	2.22	86118	16584	16577	0.386	95.7
2.6-2.9			0.978	0.21	11.5	51649	10361	10358	0.236	100
2.9-3.1			0.987	0.152	16.01	25935	4858	4858	0.169	100
3.1-3.4			0.991	0.125	19.24	27646	5272	5272	0.139	100
3.4-3.8			0.992	0.103	22.75	23131	4719	4716	0.116	99.9
3.8-4.3			0.993	0.093	27.02	19568	3713	3712	0.103	100
4.3-5.9			0.995	0.082	27.48	25516	5045	5042	0.091	99.9
5.9-8			0.996	0.076	28.16	10144	1905	1905	0.084	100
8-12			0.997	0.055	33.24	4284	900	900	0.062	100
	12		0.987	0.065	35.26	2034	393	385	0.072	98

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SHARP		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.902→43.588 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2151	2556	5.08 %
R_work	0.1849	47745	-
obs	0.1864	50301	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.45 Å² / B_iso mean: 30.8366 Å² / B_iso min: 11.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.902→43.588 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5200	0	10	224	5434
B_iso mean	-	-	40.06	35.87	-
残基数	-	-	-	-	688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5295
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.193	7158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	851
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	914
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.939	1993

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2914	X-RAY DIFFRACTION	8.829	TORSIONAL
1	2	B	2914	X-RAY DIFFRACTION	8.829	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9021-1.9387	0.3728	145	0.3047	2450	2595	94
1.9387-1.9782	0.3133	142	0.2682	2606	2748	100
1.9782-2.0212	0.2933	142	0.2418	2651	2793	100
2.0212-2.0683	0.2869	134	0.2195	2583	2717	100
2.0683-2.12	0.2388	141	0.2022	2648	2789	100
2.12-2.1773	0.2593	145	0.197	2615	2760	100
2.1773-2.2414	0.2449	124	0.1991	2657	2781	100
2.2414-2.3137	0.2606	150	0.1961	2631	2781	100
2.3137-2.3964	0.2713	137	0.1864	2647	2784	100
2.3964-2.4923	0.2153	125	0.1893	2673	2798	100
2.4923-2.6058	0.2071	133	0.1801	2640	2773	100
2.6058-2.7431	0.2544	145	0.1896	2650	2795	100
2.7431-2.9149	0.1978	146	0.184	2665	2811	100
2.9149-3.14	0.2227	144	0.1915	2665	2809	100
3.14-3.4558	0.2185	144	0.1856	2683	2827	100
3.4558-3.9556	0.1799	144	0.1652	2694	2838	100
3.9556-4.9825	0.1733	158	0.1482	2723	2881	100
4.9825-43.5995	0.18	157	0.1823	2864	3021	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2931	-1.0993	3.7189	2.445	0.0564	7.6391	0.0003	0.0236	0.1258	-0.2361	-0.2185	-0.0479	-0.0524	0.0713	0.1644	0.147	-0.0147	-0.0437	0.1061	0.0191	0.2009	-22.7632	42.3946	-17.1402
2	1.648	-0.0033	0.6746	1.665	0.0091	3.1009	-0.0266	-0.2167	0.0297	0.2202	0.0424	0.0735	-0.2969	-0.0529	0.0073	0.2322	0.0015	0.0108	0.1673	-0.0026	0.1601	-22.9247	46.0222	-13.265
3	2.0145	-0.2564	-1.1332	4.7564	0.266	1.4968	0.062	0.0349	-0.2186	0.1781	-0.0194	0.3614	0.2656	-0.1172	-0.0472	0.1691	-0.0234	-0.0448	0.1631	0.0118	0.2123	-29.5213	30.7427	-26.0595
4	1.0916	-0.4122	0.2486	1.5288	-0.3374	0.4292	0.0221	-0.0327	-0.0148	-0.0401	-0.0367	-0.111	-0.0154	0.0288	0.0154	0.1567	0.0039	-0.009	0.1994	-0.003	0.2061	-9.4171	27.8962	-25.288
5	2.5054	-0.3164	0.1788	1.2344	-0.3086	3.0228	-0.1338	-0.1529	0.0846	0.1623	0.0406	-0.4582	0.0744	0.2954	0.0802	0.2127	-0.0012	-0.0657	0.1776	-0.0059	0.3147	-4.0073	7.4241	-14.0987
6	3.4567	1.3802	-0.0691	1.9212	-0.1184	2.3781	0.3171	-0.8175	0.3004	0.7709	-0.286	-0.0652	-0.2159	-0.1536	-0.0687	0.4048	-0.0046	-0.0246	0.2684	-0.0628	0.2379	-8.8633	9.9659	-4.8095
7	2.4069	0.721	1.5275	3.4297	0.8812	4.0608	-0.118	0.0893	0.12	0.0396	0.048	0.3438	-0.089	-0.3232	0.0463	0.129	-0.0031	-0.0164	0.121	0.0229	0.1611	-24.8511	10.8785	-29.3864
8	2.8177	1.4991	0.2383	3.8131	0.9388	2.0827	0.2052	0.1039	-0.3167	-0.0329	-0.0881	-0.3673	0.187	0.1895	-0.1002	0.2439	0.057	-0.041	0.253	0.021	0.228	12.8002	-14.4809	-16.8394
9	4.6266	-1.346	3.7085	1.8701	1.6328	7.948	-0.1486	0.583	0.4233	-0.1768	-0.2471	-0.2127	-0.3139	0.3957	0.3097	0.2275	0.0302	-0.0818	0.2431	0.0167	0.2599	0.3404	-13.2326	-24.5954
10	0.4912	0.2763	0.5669	1.5435	0.4787	1.9395	0.0313	-0.0664	0.0067	0.016	-0.0195	0.0909	0.0387	-0.069	-0.002	0.1524	-0.0142	0.0094	0.1735	0.0069	0.1389	-6.6805	-4.935	-13.6579
11	2.434	0.8255	0.6607	2.6761	0.2649	1.709	-0.0958	-0.1014	0.2747	0.2077	0.0112	-0.2386	-0.2238	0.1488	0.0843	0.1551	0.0137	-0.0659	0.1557	0.0118	0.1724	-8.9753	15.9702	-22.9723

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 26 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 92 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 152 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 153 through 240 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 241 through 289 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 290 through 322 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 323 through 353 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 10 through 92 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 93 through 114 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 115 through 240 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 241 through 353 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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