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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6huz
タイトルHmdII from Desulfurobacterium thermolithotrophum reconstituted with Fe-guanylylpyridinol (FeGP) cofactor and co-crystallized with methenyl-tetrahydrofolate form B
要素Coenzyme F420-dependent N(5),N(10)-methenyltetrahydromethanopterin reductase-related protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / H2-activation / Lateral gene-transfer / cofactor biosynthesis / tetrahydromethanopterin / tetrahydrofolate / paralog / sulfur-reducing bacteria / metalloenzyme
機能・相同性H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein / H2-forming N5,N10-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase, C-terminal / HMD, C-terminal domain superfamily / H2-forming N5,N10-methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / iron-guanylyl pyridinol cofactor / 5,10-Methenyltetrahydrofolate / Coenzyme F420-dependent N(5),N(10)-methenyltetrahydromethanopterin reductase-related protein
機能・相同性情報
生物種Desulfurobacterium thermolithotrophum DSM 11699 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Watanabe, T. / Wagner, T. / Huang, G. / Kahnt, J. / Ataka, K. / Ermler, U. / Shima, S.
資金援助 ドイツ, 中国, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
Ministry of Education (China) 中国
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2019
タイトル: The Bacterial [Fe]-Hydrogenase Paralog HmdII Uses Tetrahydrofolate Derivatives as Substrates.
著者: Watanabe, T. / Wagner, T. / Huang, G. / Kahnt, J. / Ataka, K. / Ermler, U. / Shima, S.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coenzyme F420-dependent N(5),N(10)-methenyltetrahydromethanopterin reductase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4529
ポリマ－40,9941
非ポリマー1,4588
水5,062281
1
A: Coenzyme F420-dependent N(5),N(10)-methenyltetrahydromethanopterin reductase-related protein
ヘテロ分子

A: Coenzyme F420-dependent N(5),N(10)-methenyltetrahydromethanopterin reductase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,90418
ポリマ－81,9882
非ポリマー2,91616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area15170 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area26700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.200, 132.020, 49.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Coenzyme F420-dependent N(5),N(10)-methenyltetrahydromethanopterin reductase-related protein


分子量: 40994.000 Da / 分子数: 1 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic gene
由来: (組換発現) Desulfurobacterium thermolithotrophum DSM 11699 (バクテリア)
組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 遺伝子: Dester_1504 / 器官: / / 詳細 (発現宿主): / / Cell (発現宿主): / / 器官 (発現宿主): / / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組織 (発現宿主): / / 参照: UniProt: F0S2B6

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非ポリマー , 6種, 289分子

#2: 化合物 ChemComp-FE9 / iron-guanylyl pyridinol cofactor


分子量: 686.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23FeN6O13PS
#3: 化合物 ChemComp-GUE / 5,10-Methenyltetrahydrofolate / アンヒドロロイコボリン


分子量: 456.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N7O6
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.43 % / 解説: Transparent triangular shape
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: HmdII from Desulfurobacterium thermolithotrophum was reconstituted with the Fe-guanylylpyridinol cofactor from Methanothermobacter marburgensis and co-crystallized with methenyl- ...詳細: HmdII from Desulfurobacterium thermolithotrophum was reconstituted with the Fe-guanylylpyridinol cofactor from Methanothermobacter marburgensis and co-crystallized with methenyl-tetrahydrofolate using the sitting drop vapor diffusion method under N2/H2 (95%/5%) in red light condition. The reconstituted holoenzyme was mixed with methenyl-H4F+ at the final concentrations of 1.6 mM. Methenyl-tetrahydrofolate was dissolved in 10% DMSO, and the final concentration of DMSO in the protein solution was 1.6%. 0.7 ul of dHmdII at 21 mg/ml (reconstituted with FeGP and methenyl-H4F+) was spotted on a 96-well 2-drop MRC Crystallization Plates (Molecular Dimensions, Suffolk, UK) and 0.7 ul of reservoir solution was mixed. After one month, crystals appeared in 20% PEG 3000 (w/v) and 100 mM Sodium Citrate pH 5.5 (from the kit WIZARD, Jena Bioscience). The crystals were cryoprotected by a soak of few seconds in 20% PEG 3000 (w/v), 100 mM Tri-Sodium Citrate pH 5.5 and 20% glycerol before a flash freeze in liquid nitrogen
Temp details: The temperature was fluctuating by +/- 1 degree

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→49.16 Å / Num. obs: 37060 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 32.15 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.212 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5308 / CC1/2: 0.849 / Rpim(I) all: 0.511 / Rrim(I) all: 1.317 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HUY

6huy


解像度: 1.85→46.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU R Cruickshank DPI: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.139 / SU Rfree Blow DPI: 0.125 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.121
詳細: The C-terminal helix 335-347 might be in two different position and only the one with the highest occupancy has been modelled. The final part 350-356 has been traced to fit an extra electron ...詳細: The C-terminal helix 335-347 might be in two different position and only the one with the highest occupancy has been modelled. The final part 350-356 has been traced to fit an extra electron density, however it is not excluded that this density corresponds to polyethylene glycol. The hydrogens have been added in riding position for the last refinement cycle and have been omitted in the deposited model.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1812 4.97 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.196 36480 98.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3291 Å20 Å20 Å2
2---0.4571 Å20 Å2
3---1.7863 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→46.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2739 0 93 281 3113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015791HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1410552HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1331SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes864HARMONIC30
X-RAY DIFFRACTIONt_it5791HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.75
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.23
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion396SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6579SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3479 145 5.07 %
Rwork0.3009 2717 -
all0.3032 2862 -
obs--95.39 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -31.3793 Å / Origin y: 15.6653 Å / Origin z: 14.6374 Å
111213212223313233
T0.0127 Å2-0.0018 Å2-0.0368 Å2--0.1382 Å2-0.0516 Å2--0.247 Å2
L1.4679 °20.2294 °2-0.0755 °2-1.3605 °2-0.0109 °2--0.269 °2
S-0.0815 Å °-0.1623 Å °0.4523 Å °-0.0848 Å °0.0732 Å °0.0635 Å °-0.0149 Å °-0.0215 Å °0.0082 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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