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- PDB-4yqx: Mouse IL-2 Bound to JES6-1 scFv Fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yqx
タイトルMouse IL-2 Bound to JES6-1 scFv Fragment
要素
  • Interleukin-2
  • JES6-1 VH domain
  • JES6-1 VL domain
キーワードCYTOKINE/IMMUNE SYSTEM / chemokine / antibody / complex / CYTOKINE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-2 signaling / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / RAF/MAP kinase cascade / lymphocyte proliferation ...Interleukin-2 signaling / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / RAF/MAP kinase cascade / lymphocyte proliferation / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / gene expression / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle ...Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.826 Å
データ登録者Spangler, J.B. / Luca, V.C. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI108626 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2015
タイトル: Antibodies to Interleukin-2 Elicit Selective T Cell Subset Potentiation through Distinct Conformational Mechanisms.
著者: Spangler, J.B. / Tomala, J. / Luca, V.C. / Jude, K.M. / Dong, S. / Ring, A.M. / Votavova, P. / Pepper, M. / Kovar, M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2015年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月8日Group: Source and taxonomy
改定 1.22017年7月26日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: JES6-1 VH domain
L: JES6-1 VL domain
A: Interleukin-2
N: JES6-1 VH domain
O: JES6-1 VL domain
M: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,9548
ポリマ－82,8136
非ポリマー1,1412
水1,45981
1
H: JES6-1 VH domain
L: JES6-1 VL domain
A: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1234
ポリマ－41,4063
非ポリマー7171
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
N: JES6-1 VH domain
O: JES6-1 VL domain
M: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8314
ポリマ－41,4063
非ポリマー4241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.024, 99.024, 198.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain M
12chain H
22chain N
13chain L
23chain O

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERSERSERchain AAC26 - 1474 - 125
21GLYGLYSERSERchain MMF25 - 1473 - 125
12GLUGLUSERSERchain HHA4 - 1243 - 123
22GLUGLUSERSERchain NND4 - 1243 - 123
13GLYGLYALAALAchain LLB2 - 1181 - 117
23GLYGLYLYSLYSchain OOE2 - 1161 - 115

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 HNLO

#1: 抗体 JES6-1 VH domain


分子量: 13802.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 抗体 JES6-1 VL domain


分子量: 12648.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 83分子 AM

#3: タンパク質 Interleukin-2 / IL-2 / T-cell growth factor / TCGF


分子量: 14956.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il2, Il-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04351
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_a4-c1_a6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.13 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.4, 0.2 M sodium citrate, 19% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.976962 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976962 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→50 Å / Num. obs: 27586 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 53.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 0.774 / Net I/av σ(I): 17.474 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 268758
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.82-2.927.40.67926800.8420.2570.7280.55799.3
2.92-3.049.60.46727010.9410.1550.4930.605100
3.04-3.189.90.33927340.9680.1110.3570.662100
3.18-3.3410.10.25927100.9820.0850.2730.757100
3.34-3.55100.19827240.9860.0650.2090.796100
3.55-3.8310.10.15427410.9920.0510.1620.739100
3.83-4.2110.10.10727450.9960.0350.1120.593100
4.21-4.8210.20.07327840.9970.0240.0771.019100
4.82-6.0710.30.07328100.9970.0240.0770.958100
6.07-509.60.0529570.9990.0170.0530.954100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1951)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2B5I

2b5i


解像度: 2.826→49.512 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 1359 4.94 %
Rwork0.1695 26174 -
obs0.1712 27533 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 193.72 Å2 / Biso mean: 63.5757 Å2 / Biso min: 20.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.826→49.512 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5668 0 76 81 5825
Biso mean--106.76 49.02 -
残基数----719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8577990
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038904
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5912169
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1198X-RAY DIFFRACTION6.233TORSIONAL
12M1198X-RAY DIFFRACTION6.233TORSIONAL
21H1120X-RAY DIFFRACTION6.233TORSIONAL
22N1120X-RAY DIFFRACTION6.233TORSIONAL
31L1065X-RAY DIFFRACTION6.233TORSIONAL
32O1065X-RAY DIFFRACTION6.233TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8256-2.92660.32031280.23052382251092
2.9266-3.04370.24331320.195525852717100
3.0437-3.18220.27241360.187226032739100
3.1822-3.350.24091350.183125932728100
3.35-3.55980.20391390.174925992738100
3.5598-3.83460.2171370.173926352772100
3.8346-4.22030.17641400.149926152755100
4.2203-4.83050.16231360.130826572793100
4.8305-6.08420.18251390.160826872826100
6.0842-49.51960.20141370.187828182955100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0137-0.1358-0.4835.0107-2.964.712-0.272-0.7937-0.36850.02430.1371-0.08360.06420.16280.07970.2459-0.0311-0.03890.76690.00110.416735.695714.220833.0659
21.49470.1930.19551.612-1.7684.0283-0.0065-1.219-0.15370.7553-0.1654-0.1487-0.0813-0.03750.01090.5054-0.0795-0.02980.97360.20250.67640.71629.577642.4078
35.67664.6097-5.31398.6823-3.63956.745-0.75790.0587-1.1454-0.55920.60840.1380.8506-0.21850.45680.3694-0.0588-0.04880.69470.13460.565536.22772.503434.0713
41.818-0.1231-1.60276.52540.83778.5516-0.1554-1.2530.06011.256-0.4824-1.15910.76220.160.21670.5384-0.3292-0.21031.1514-0.07650.421913.865927.048762.1439
55.33140.29110.43954.68980.54954.70780.0579-0.97280.58630.4558-0.2164-0.1881-0.13080.02110.10320.3617-0.1448-0.07840.4998-0.05940.36710.289632.9452.8813
62.2260.27770.4074.277-2.38728.43880.3667-0.53580.12260.3969-0.0570.01310.10190.2584-0.29190.2995-0.1935-0.03520.5155-0.03130.34427.531626.857654.4208
73.6232-0.33280.0972.10260.12811.6672-0.32410.1598-0.3134-0.2880.5992-0.49580.1811-0.2136-0.23560.3099-0.1047-0.00190.4056-0.02410.3587-8.892314.413145.5601
83.25850.63650.47066.3203-1.21871.6719-0.0265-0.0086-0.1159-0.05070.0634-0.32020.01750.0705-0.05660.2015-0.0970.00870.3612-0.02130.3145-0.887318.030841.5942
94.6316-1.58830.55944.5904-0.06421.8337-0.07090.02160.5496-0.4046-0.17920.4817-0.3109-0.01440.27010.4434-0.1581-0.05990.427-0.00460.7021-2.26744.292136.4613
104.8009-0.76990.6412.1382-1.11071.4043-0.49860.56810.65-0.55230.33850.4203-0.0812-0.23150.07880.6884-0.1703-0.20980.49220.04890.7749-6.471251.796929.7954
119.36454.5722-0.85893.84860.57386.9344-0.5337-0.39981.3333-0.0921-0.13851.9213-0.2424-0.62520.49870.4474-0.0636-0.11520.38730.04470.7872-10.57547.0640.7844
124.6137-0.33161.26863.90.32947.74490.3460.30990.65-0.7607-0.3805-0.1563-0.0940.3053-0.1850.2797-0.00960.09560.38250.04210.413729.564217.4663-0.3749
132.49071.35741.046.515-0.28285.49390.03430.01460.0212-0.0965-0.0702-0.2440.09730.47820.01360.1783-0.00430.03330.4237-0.01280.259232.999918.230210.7996
144.8446-0.63831.87574.12142.25828.15610.1205-0.00770.1179-0.3353-0.1475-0.0701-0.25730.0224-0.04040.1133-0.07720.07450.23850.04940.230126.308617.8039.3862
157.456-6.03135.44619.0175-4.22394.40710.0057-0.11090.61790.13-0.1576-0.49110.0903-0.04660.02610.2466-0.05980.06180.45730.05530.30777.53315.462221.0044
165.1921-1.4076-1.29174.1878-2.31875.1322-0.046-0.19620.48080.186-0.0425-0.3057-0.258-0.18650.0510.2081-0.11780.02520.3032-0.02090.255918.158223.929122.832
178.2333-2.5893.5072.0605-0.98144.83580.0038-0.37380.53660.2262-0.0475-0.3242-0.3206-0.0373-0.05530.2257-0.10960.05430.40960.00440.284911.302422.279221.7048
187.6983-3.66221.48966.7757-2.55073.42490.1695-0.2871-0.6869-0.21010.07360.28230.3685-0.1329-0.27840.2161-0.04850.07330.29290.00330.15939.608416.763814.7172
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 26:58)A26 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 59:121)A59 - 121
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 122:147)A122 - 147
4X-RAY DIFFRACTION4(chain N and resid 4:23)N4 - 23
5X-RAY DIFFRACTION5(chain N and resid 24:87)N24 - 87
6X-RAY DIFFRACTION6(chain N and resid 88:124)N88 - 124
7X-RAY DIFFRACTION7(chain O and resid 3:27)O3 - 27
8X-RAY DIFFRACTION8(chain O and resid 28:116)O28 - 116
9X-RAY DIFFRACTION9(chain M and resid 26:62)M26 - 62
10X-RAY DIFFRACTION10(chain M and resid 63:124)M63 - 124
11X-RAY DIFFRACTION11(chain M and resid 125:147)M125 - 147
12X-RAY DIFFRACTION12(chain H and resid 4:22)H4 - 22
13X-RAY DIFFRACTION13(chain H and resid 23:87)H23 - 87
14X-RAY DIFFRACTION14(chain H and resid 88:124)H88 - 124
15X-RAY DIFFRACTION15(chain L and resid 3:28)L3 - 28
16X-RAY DIFFRACTION16(chain L and resid 29:68)L29 - 68
17X-RAY DIFFRACTION17(chain L and resid 69:103)L69 - 103
18X-RAY DIFFRACTION18(chain L and resid 104:117)L104 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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