PDB-4yqf: GTPase domain of Human Septin 9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yqf

タイトル

GTPase domain of Human Septin 9

要素

Septin-9

キーワード

HYDROLASE / Cytoskeleton component. Septin GTPase

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / non-motile cilium / cell division site / axoneme / stress fiber / microtubule cytoskeleton / actin cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Matos, S.O. / Leonardo, D.A. / Macedo, J.N. / Pereira, H.M. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: GTPase domain of Human Septin 9
著者: Matos, S.O. / Leonardo, D.A. / Macedo, J.N. / Pereira, H.M. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.

履歴

登録	2015年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yqf.cif.gz	219.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yqf.ent.gz	175.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yqf_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yqf_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4yqf_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	4yqf_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/4yqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/4yqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5cyo-2 1c9t-5 4xt8-d 1c9t-1 6mq9-3 1hia-2 6mqk-2 1c9t-6 3zqu-d 1c9p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Septin-9

A: Septin-9

ヘテロ分子

68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Septin-9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Septin-9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.040, 77.523, 77.909
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.810, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Monomeric assembly confirmed by gel filtration

#1: タンパク質	Septin-9 / MLL septin-like fusion protein MSF-A / MLL septin-like fusion protein / Ovarian/Breast septin / ...MLL septin-like fusion protein MSF-A / MLL septin-like fusion protein / Ovarian/Breast septin / Ov/Br septin / Septin D1 分子量: 33645.578 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 184-453 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPT9, KIAA0991, MSF / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9UHD8
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.28 % / 解説: Plates
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 24% PEG 1500, 20% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年11月3日

放射

モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.73→20 Å / Num. obs: 17271 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 44.95 Å² / R_merge F obs: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_rim(I) all: 0.143 / Χ²: 0.956 / Net I/σ(I): 10.57 / Num. measured all: 61083

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.73-2.89	3.33	0.749	0.681	1.92	8683	2786	2606	0.807	93.5
2.89-3.09		0.873	0.457	2.98	9273	2602	2595	0.536	99.7
3.09-3.33		0.941	0.282	4.94	8718	2443	2437	0.332	99.8
3.33-3.63		0.975	0.173	8.03	7961	2222	2219	0.203	99.9
3.63-4.05		0.988	0.11	12.6	7360	2059	2051	0.129	99.6
4.05-4.64		0.994	0.071	18.35	6371	1793	1784	0.083	99.5
4.64-5.61		0.996	0.06	19.94	5625	1569	1564	0.071	99.7
5.61-7.63		0.994	0.072	17.65	4355	1237	1226	0.085	99.1
7.63-20		0.999	0.026	36.3	2737	847	789	0.031	93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データスケーリング
PHASER	位相決定
PHENIX	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Unpublished high resolution model

解像度: 2.73→19.726 Å / FOM work R set: 0.8086 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2493	864	5 %	Random selection
R_work	0.2076	16401	-	-
obs	0.2096	17265	98.71 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.67 Å² / B_iso mean: 44.8 Å² / B_iso min: 9.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.73→19.726 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4007	0	58	81	4146
B_iso mean	-	-	23.82	35.8	-
残基数	-	-	-	-	508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4142
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.827	5618
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	647
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	710
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.784	1518

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7295-2.9	0.3546	137	0.2922	2598	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9-3.1231	0.2846	144	0.2651	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1231-3.4359	0.2743	145	0.2369	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4359-3.9297	0.2638	145	0.1989	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9297-4.9381	0.2041	145	0.1707	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9381-20	0.2296	148	0.1894	2804	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7262	0.1958	-1.8592	7.5589	0.2987	6.4015	-0.2048	0.7814	0.0314	-0.2368	-0.0824	0.8101	0.041	-0.1931	0.1074	0.4271	-0.0836	-0.0322	0.2414	-0.0599	0.3256	26.9463	-15.3946	-53.4467
2	6.1807	0.643	-1.2944	4.8559	-0.0315	3.8617	0.03	0.0343	-0.515	-0.2604	0.104	0.2258	0.9075	0.0051	-0.1498	0.5843	-0.1042	-0.0283	0.2783	-0.0215	0.3195	26.3181	-22.5502	-52.2877
3	6.036	0.4587	5.4241	4.2555	1.1703	6.0457	-0.5133	0.8304	-0.0456	-0.7871	-0.4472	-0.3481	-0.5571	1.3545	0.4383	0.6323	-0.0058	0.1051	0.4639	0.0243	0.4817	42.8384	-10.459	-46.729
4	5.0164	-0.9182	1.6431	3.4241	-1.1602	7.7463	0.0679	0.215	0.1834	-0.0019	-0.1015	-0.1396	-0.1704	0.8148	0.0834	0.3272	-0.0334	0.0492	0.3076	-0.0123	0.2739	31.9912	-12.5416	-68.9549
5	1.9604	-1.2144	-0.1365	3.2139	-0.8394	3.7207	0.0825	0.062	0.3055	-0.1746	-0.1744	0.0098	-0.5985	-0.5074	0.0826	0.3606	0.0885	-0.0621	0.3531	0.0238	0.3744	24.6465	-2.8142	-44.9637
6	8.0651	3.8473	-1.2558	5.6398	-0.202	5.2731	0.2789	0.4528	-0.9518	-0.2238	0.1373	-0.2219	1.0572	-0.7769	-0.1854	0.6169	-0.0909	-0.165	0.4511	-0.0323	0.5033	18.6782	-19.7281	-41.3619
7	6.1107	1.0077	0.3454	7.9609	-2.241	6.3628	-0.103	-0.1863	-0.4842	0.3327	0.3919	0.1875	0.5479	-1.2893	-0.1354	0.3415	-0.1069	0.0313	0.4617	-0.0313	0.5087	14.3354	-16.6159	-42.4266
8	3.4124	0.3808	-2.8042	4.5164	-1.8473	8.6087	0.3529	0.1752	-0.3692	0.1917	0.1598	0.0458	-0.6645	-0.794	-0.3979	0.3933	-0.0106	-0.1502	0.4207	0.01	0.2791	26.7263	-4.0811	-66.4514
9	2.2847	0.2168	1.2769	1.1175	-0.1422	3.2369	-0.0308	-0.0135	0.0368	0.0964	-0.0099	-0.007	0.0867	0.1339	0.036	0.2371	0.0092	0.004	0.2544	0.0252	0.3061	43.1711	-10.3739	-20.0368
10	5.4459	-3.6202	-0.1313	4.4968	-0.0205	3.6877	0.116	-0.443	-0.3327	0.3018	-0.026	0.1193	0.2192	-0.2452	-0.1196	0.3209	-0.0824	0.0089	0.2661	0.0671	0.4049	28.8337	-20.1989	-16.1582
11	5.1643	1.8845	2.4248	3.0797	0.3065	1.9759	0.3347	-0.5414	-0.7904	0.3683	-0.1596	-0.4617	0.2791	0.375	-0.1323	0.5074	0.1201	0.0042	0.468	0.0294	0.393	50.0441	-14.6119	-11.6235

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 21 through 35 )	B
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 36 through 87 )	B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 88 through 101 )	B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 102 through 134 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 135 through 219 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 220 through 239 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 240 through 269 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 270 through 290 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 21 through 206 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 207 through 257 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 258 through 290 )	A

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