PDB-4ypv: High-resolution structure of a metagenome-derived esterase Est8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ypv

タイトル

High-resolution structure of a metagenome-derived esterase Est8

要素

Est8

キーワード

HYDROLASE / esterase / Est8 / metagenome / microbial consortium

機能・相同性

Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

Parvibaculum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Pereira, M.R. / Maester, C.T. / Macedo Lemos, E. / Hyvonen, M. / Balan, A.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Appl. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2017
タイトル: From a metagenomic source to a high-resolution structure of a novel alkaline esterase.
著者: Pereira, M.R. / Maester, T.C. / Mercaldi, G.F. / de Macedo Lemos, E.G. / Hyvonen, M. / Balan, A.

履歴

登録	2015年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月26日	Group: Database references
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ypv.cif.gz	137.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ypv.ent.gz	105.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ypv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ypv_validation.pdf.gz	419.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ypv_full_validation.pdf.gz	422.1 KB	表示
XML形式データ	4ypv_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	4ypv_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/4ypv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/4ypv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1evqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fai-2 3i48-2 1evq-d 2ddr-3 3ep8-d 5cw2-2 2bsz-1 3i46-2 1bda-2 6kf7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Est8

37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.496, 85.496, 98.665
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Est8 分子量: 37046.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Parvibaculum (バクテリア) / 遺伝子: est8 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: carboxylesterase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 1% PEG 8000, 1.4 M Triammonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.919 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→27.985 Å / Num. obs: 35630 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.47 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 14.44
反射シェル	解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 3.53 % / R_merge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EVQ

1evq

解像度: 1.85→27.985 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1806	1780	5 %
R_work	0.1498	-	-
obs	0.1513	35626	98.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→27.985 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2344	0	0	197	2541

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2396
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.986	3265
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.992	859
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	363
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	436

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.2372	131	0.2122	2584	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9-1.9559	0.1992	128	0.1944	2535	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9559-2.019	0.2269	137	0.1847	2544	X-RAY DIFFRACTION	98
2.019-2.0912	0.2234	151	0.1775	2557	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0912-2.1749	0.21	137	0.1647	2573	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1749-2.2738	0.1726	140	0.154	2557	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2738-2.3936	0.1783	153	0.1579	2596	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3936-2.5435	0.1882	118	0.166	2587	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5435-2.7397	0.1799	141	0.1692	2611	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7397-3.0152	0.2085	135	0.1666	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0152-3.4508	0.1992	164	0.1578	2599	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4508-4.345	0.1609	116	0.1309	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
4.345-27.9883	0.1494	129	0.1252	2776	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8085	0.46	1.6156	1.7875	1.1274	2.8853	0.0273	0.6835	-0.713	-0.0391	-0.1016	-0.2541	0.4568	0.3392	-0.0364	0.4583	0.0399	0.0498	0.6237	-0.2491	0.6372	12.7101	20.9501	20.2426
2	2.8583	-1.2206	0.0465	2.3366	-0.021	2.4649	0.2388	0.7407	0.0584	-0.23	-0.2893	-0.3484	-0.0734	0.3538	-0.0323	0.2519	-0.0181	0.0329	0.4942	0.0388	0.3595	9.8697	40.3208	22.7377
3	2.5141	-1.1265	-0.1459	2.7692	0.1069	2.5968	0.05	0.1784	0.0851	0.1757	-0.0315	-0.0804	-0.1753	-0.0236	0.0205	0.1708	-0.0263	-0.01	0.2141	-0.0002	0.1732	0.4497	43.0557	33.3564
4	2.3732	-0.8685	-0.3089	3.0898	0.4505	2.7199	-0.1724	0.1605	-0.8417	0.4265	-0.0476	0.3081	0.6419	-0.1168	0.1331	0.3408	-0.0375	0.0523	0.2493	-0.0338	0.423	-0.0798	25.0309	34.6773
5	4.2062	-2.1937	-1.8439	2.8422	0.4825	3.0599	-0.4193	-0.5167	-0.6511	0.9529	0.2245	-0.0107	0.6775	0.4757	0.0682	0.5045	0.0817	-0.0425	0.2912	0.0447	0.3739	9.496	26.3301	42.3257
6	2.1135	-0.7002	-0.2505	1.9398	0.3166	1.6811	-0.0045	0.4871	-0.7623	0.0402	-0.1314	0.5411	0.4138	-0.4597	0.1273	0.2819	-0.1174	0.0395	0.3967	-0.1406	0.495	-7.1894	27.8302	29.3816

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 56 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 57 through 175 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 176 through 209 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 210 through 232 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 233 through 311 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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