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- PDB-4yp7: Crystal structure of Methanobacterium thermoautotrophicum NMNAT i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yp7
タイトルCrystal structure of Methanobacterium thermoautotrophicum NMNAT in complex with NADP
要素Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase, archaeal type / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pfoh, R. / Christendat, D. / Pai, E.F. / Saridakis, V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: Nicotinamide mononucleotide adenylyltransferase displays alternate binding modes for nicotinamide nucleotides.
著者: Pfoh, R. / Pai, E.F. / Saridakis, V.
履歴
登録2015年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
B: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
C: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8406
ポリマ－61,6103
非ポリマー2,2303
水2,792155
1
A: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
B: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
C: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
B: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
C: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,68012
ポリマ－123,2206
非ポリマー4,4606
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_673x-y+1,-y+2,-z-4/31
Buried area19840 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area35820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.448, 124.448, 111.943
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA3 - 1703 - 170
21ALAALABB3 - 1703 - 170
12LEULEUAA3 - 1693 - 169
22LEULEUCC3 - 1693 - 169
13HISHISBB3 - 1683 - 168
23HISHISCC3 - 1683 - 168

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / NAD(+) diphosphorylase / NAD(+) pyrophosphorylase / NMN adenylyltransferase


分子量: 20536.648 Da / 分子数: 3 / 変異: R47E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (strain ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H) (古細菌)
株: ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H
遺伝子: MTH_150 / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3)
参照: UniProt: O26253, nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: ammonium sulfate, glycerol, TRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→14.99 Å / Num. obs: 41867 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 1.56 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 1.58 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 6.09 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EJ2

1ej2


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.2112 / WRfactor Rwork: 0.1982 / FOM work R set: 0.872 / SU B: 4.29 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.1997 / SU Rfree: 0.1646 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2083 2202 5.3 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.1909 39652 93.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.12 Å2 / Biso mean: 26.88 Å2 / Biso min: 12.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å2-0.31 Å20 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---2.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4000 0 144 155 4299
Biso mean--29.36 24.36 -
残基数----501
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194255
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.9925796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.35939231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4585499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.9322.932191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.17515713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9721540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6322.5182005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6322.5182004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4153.7672501
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A205800.1
12B205800.1
21A203720.1
22C203720.1
31B205820.09
32C205820.09
LS精密化 シェル解像度: 2.299→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 128 -
Rwork0.217 2869 -
all-2997 -
obs--92.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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