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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ej2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of methanobacterium thermoautotrophicum nicotinamide mononucleotide adenylyltransferase with bound NAD+ | ||||||
要素 | NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / DINUCLEOTIDE BINDING FOLD / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Saridakis, V. / Christendat, D. / Kimber, M.S. / Edwards, A.M. / Pai, E.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Insights into ligand binding and catalysis of a central step in NAD+ synthesis: structures of Methanobacterium thermoautotrophicum NMN adenylyltransferase complexes. 著者: Saridakis, V. / Christendat, D. / Kimber, M.S. / Dharamsi, A. / Edwards, A.M. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ej2.cif.gz | 51.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ej2.ent.gz | 36.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ej2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ej2_validation.pdf.gz | 477.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ej2_full_validation.pdf.gz | 481 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ej2_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ej2_validation.cif.gz | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/1ej2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/1ej2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
| x 6||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20596.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26253, nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.76 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.5 M LiSO4, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 20932 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 521.5 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 37 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 492526 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→28.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1082435.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: CNS 0.9 / 詳細: SIMULATED ANNEALING
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.04 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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